Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2010/2011

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Klausurergebnisse

General Information

SWS/credit hrs: 3, credits: 6 ECTS
Lecturers: Alexander Bockmayr (AB), Heike Siebert (HS)
Language: German/English

Content

Fortgeschrittene Kenntnisse in der Modellierung und Simulation biochemischer, biophysikalischer oder biologischer Eigenschaften molekularer Netzwerke, insbesondere in Hinsicht der Verknüpfung von experimentellen Ergebnissen, mathematischem Modell und algorithmischer Umsetzung. Die Studentinnen und Studenten werden in die Lage versetzt, Modelle für molekulare Netzwerke zu entwerfen und kritisch zu bewerten; sie lernen algorithmische Methoden zur Analyse solcher Modelle kennen, können ihre Aussagekraft einschätzen und gewinnen eigene Anwendungserfahrungen. Der Schwerpunkt in diesem Semester liegt in der diskreten Modellierung metabolischer und regulatorischer Netzwerke.

Dates

lecture:	Fri 10-12h	Arnimallee 3 SR 119
exercise:	Fri 12-14h	Arnimallee 3 SR 119

Lecture Schedule

Date	Topic	Lecturer	Lecture Material	Additional Material
14.01.11	Combination of metabolic and regulatory networks	HS	PNII.pdf
24.02.11	Exam/Klausur	AB/HS
28.01.11	Integrated Flux Balance Analysis	AB	iFBA	CovertXiaoChenKarr08
11.02.11	Integrated Dynamic Flux Balance Analysis	AB	idFBA	Lee et al. 08, Supplement
29.10.10	Metabolic Networks: Flux Cone, Flux Balance Analysis, Flux Variability	AB	Intro, Reminder, FBA_FVA
05.11.10	Metabolic Networks: Flux Coupling Analysis	AB	FCA1, FCA2	MarashiBockmayr10
12.11.10	Metabolic Networks: Minimal Cut Sets	AB	MCS	Klamt06
18.02.11	Questions	AB/HS
21.01.11	Regulatory Flux Balance Analysis	AB	rFBA	CovertSchillingPalsson01
19.11.10	Regulatory Networks	HS	Boolean_models.pdf	Ex1.pdf
26.11.10	Regulatory Networks	HS	BN_DN.pdf	Ex2.pdf
03.12.10	Regulatory Networks	HS	DN_RBN.pdf	Ex3.pdf
10.12.10	Regulatory Networks	HS	mod.pdf	Ex4.pdf
17.12.10	Regulatory Networks	HS
07.01.11	Regulatory Networks	HS	PetriNets.pdf
04.02.11	Steady-State Regulatory Flux Balance Analysis	AB	SR-FBA	Shlomi et al. 07

Literature

Topic	Article
Survey network modeling	Karlebach and Shamir '08
Graph theoretical concepts for structure analysis	Christensen and Albert '07
Local interaction graphs (Boolean, see mainly Sect. 2)	Remy et al. '08
Background async. modeling	Thomas and Kaufman '01
Random Boolean networks	Drossel '08
Networks motifs	Milo et al. '02
Petri nets	Chaouiya '07
Survey integrated modeling	Tenazinha and Vinga'10

Credit requirements

(to be completed)

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