Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2010/2011

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Klausurergebnisse

General Information

SWS/credit hrs: 3, credits: 6 ECTS
Lecturers: Alexander Bockmayr (AB), Heike Siebert (HS)
Language: German/English

Content

Fortgeschrittene Kenntnisse in der Modellierung und Simulation biochemischer, biophysikalischer oder biologischer Eigenschaften molekularer Netzwerke, insbesondere in Hinsicht der Verknüpfung von experimentellen Ergebnissen, mathematischem Modell und algorithmischer Umsetzung. Die Studentinnen und Studenten werden in die Lage versetzt, Modelle für molekulare Netzwerke zu entwerfen und kritisch zu bewerten; sie lernen algorithmische Methoden zur Analyse solcher Modelle kennen, können ihre Aussagekraft einschätzen und gewinnen eigene Anwendungserfahrungen. Der Schwerpunkt in diesem Semester liegt in der diskreten Modellierung metabolischer und regulatorischer Netzwerke.

Dates

lecture: Fri 10-12h Arnimallee 3 SR 119
exercise: Fri 12-14h Arnimallee 3 SR 119

Lecture Schedule

Date Topic Lecturer Lecture Material Additional Material
29.10.10 Metabolic Networks: Flux Cone,
Flux Balance Analysis, Flux Variability
AB Intro, Reminder,
FBA_FVA
 
05.11.10 Metabolic Networks: Flux Coupling Analysis AB FCA1, FCA2
MarashiBockmayr10
12.11.10 Metabolic Networks: Minimal Cut Sets AB MCS Klamt06
19.11.10 Regulatory Networks HS Boolean_models.pdf
Ex1.pdf
26.11.10 Regulatory Networks HS BN_DN.pdf Ex2.pdf
03.12.10 Regulatory Networks HS DN_RBN.pdf Ex3.pdf
10.12.10 Regulatory Networks HS mod.pdf Ex4.pdf
17.12.10 Regulatory Networks HS    
07.01.11 Regulatory Networks HS PetriNets.pdf  
14.01.11 Combination of metabolic and regulatory networks HS PNII.pdf  
21.01.11 Regulatory Flux Balance Analysis AB rFBA CovertSchillingPalsson01
28.01.11 Integrated Flux Balance Analysis AB iFBA CovertXiaoChenKarr08
04.02.11 Steady-State Regulatory Flux Balance Analysis AB SR-FBA Shlomi et al. 07
11.02.11 Integrated Dynamic Flux Balance Analysis AB idFBA Lee et al. 08, Supplement
18.02.11 Questions AB/HS    
24.02.11 Exam/Klausur AB/HS    

Literature

Topic Article
Survey network modeling Karlebach and Shamir '08
Graph theoretical concepts for structure analysis Christensen and Albert '07
Local interaction graphs
(Boolean, see mainly Sect. 2)
Remy et al. '08
Background async. modeling Thomas and Kaufman '01
Random Boolean networks Drossel '08
Networks motifs Milo et al. '02
Petri nets Chaouiya '07
Survey integrated modeling Tenazinha and Vinga'10

Credit requirements

(to be completed)

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