IT-Services::Evop

Informations- und Anleitungswebseite für die IT-Ausstattung (Hardware + Software) des EVOP 2019-Workshops work in progress

IT-Services::Evop - Loginserver

Der zur Verfügung gestellte Server ist erreichbar unter dem Namen evop2019login und läuft unter Linux (Debian "Stretch"). Sein lokaler Storagebereich für Daten hat eine Größe von 16 TB (davon sind zur Zeit noch 2,3 TB frei).

IT-Services::Evop - Fileserver - Sicherung

Folgende Sicherungssysteme sind aktiv:

• RAID - Schutz vor physikalischem Festplattenausfall
• Backup - nächtliches Kopieren des Inhaltes der Verzeichnisse unterhalb von /srv/ auf einen dezidierten Backup-Server

IT-Services::Evop - Desktop-PCs

• Neben dem Login-Server stehen im Workshop-Raum 30 Desktop-PCs jeweils mit folgender Ausstattung zur Verfügung:
  • Betriebssystem: Linux (Debian "Buster")
  • CPU: Intel i5 (8. Generation)
  • 16 GB RAM
  • Grafikkarte: NVidia GForce 730
  • lokaler Massenspeicher: 250 GB NVMe SSD
  • 27" TFT-Monitor
• Die Desktop-PCs heißen evop01.imp.fu-berlin.de , evop02.imp... , …, evop30.imp.fu-berlin.de

IT-Services::Evop - Desktop-PCs - Sicherung

Von den Desktop-PCs erfolgt keine Datensicherung.

IT-Services::Evop - WLAN-Zugang

Es stehen für mitgebrachte Geräte zwei Möglichkeiten zur Verfügung, wie diese per WLAN Internetzugang bekommen können: Für Workshop-Teilnehmende, deren Heimateinrichtung am eduroam -Verbund teilnimmt oder die für die Veranstaltung mit einem FU-Account ausgestattet wurden, kann das eduroam -Funknetz benutzt werden. Darüberhinaus steht den Workshop-Teilnehmern ein temporäres WLAN conference für die Zeit des Workshops zur Verfügung.

Alternative 1: WLAN-Zugang via eduroam

• Anleitung zur eduroam -Nutzung mit FU-Account
• Anleitung zur eduroam -Nutzung durch Gäste der Freien Universität

Alternative 2: WLAN-Zugang via conference -Netz

Einbuchen in das WLAN-Netz mit dem Namen (SSID) conference . Es muss dann ein Zugangs-Schlüssel eingegeben werden, der für 14 Tage gültig ist (und daher im Verlauf des Workshops einmal gewechselt werden muss!).

• 1. WLAN-Key gültig 04.03.-17.03.2019: …. (bitte beim Veranstalter erfragen)
• 1. WLAN-Key gültig 18.03.-29.03.2019: … (bitte beim Veranstalter erfragen)

Weitere Hinweise zur Benutzung des conference -WLANs finden Sie hier:

• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANKonferenz
• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANConference (englische Version)

IT-Services::Evop - Software-Ausstattung

Der Login-Server und die Desktop-PCs laufen unter Debian Linux. Auf ihnen steht folgende Software-Ausstattung zur Verfügung:

Software-Pakete

Software	Version	Source
R
GATK	3.6	https://software.broadinstitute.org/gatk/download/auth?package=GATK-archive&version=3.6-0-g89b7209
cowsay		cowsay
BMGE		ftp://ftp.pasteur.fr/pub/gensoft/projects/BMGE/
bwa		http://bio-bwa.sourceforge.net/
augustus		http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
bowtie		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/
bowtie2		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
Stacks 2	2.3e	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
Stacks	v1.48	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/ http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-1.48.tar.gz
abctoolbox		http://cmpg.unibe.ch/software/ABCtoolbox/
arlecore		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
arlsumstats		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
Bayescan	2.1	http://cmpg.unibe.ch/software/BayeScan/download.html
fastsimcoal26		http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/
duk		http://duk.sourceforge.net/
transeq		http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/transeq.html
genscan		http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
fastx-Toolkit		http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
metaphlan2		http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan2
MRBAYES		http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html
subread package		http://subread.sourceforge.net/
beast2	2.4.8	http://www.beast2.org/
segemehl		http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/
fastQC		http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
PGDSpider		http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/
samtools	1.7	http://www.htslib.org/, Sourcen: https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.7/samtools-1.7.tar.bz2
IQTREE		http://www.iqtree.org/#download
Repeat Masker		http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
Orthofinder		http://www.stevekellylab.com/software/orthofinder
trimmomatic		http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
maker		http://yandell.topaz.genetics.utah.edu/maker_downloads/F625/EB04/C67D/326EDA5692CF4F71A69A161EBB81/maker-2.31.9.tgz
B dadi		https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi
TreeMix		https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/wiki/Home
blast		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
BLAST+		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
bokeh		https://bokeh.pydata.org/en/0.10.0/docs/user_guide/notebook.html
PICARD	2.8.2	https://broadinstitute.github.io/picard/
cutadapt		https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
FastME	2.1.5	https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/
STAR		https://github.com/alexdobin/STAR
PHYLOBAYES MPI		https://github.com/bayesiancook/pbmpi (http://megasun.bch.umontreal.ca/People/lartillot/www/downloadmpi.html)
Cufflinks		https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks
jmodeltest2		https://github.com/ddarriba/jmodeltest2
get_homologues		https://github.com/eead-csic-compbio/get_homologues
bamaddrg		https://github.com/ekg/bamaddrg
freebayes		https://github.com/ekg/freebayes
pyVCF		https://github.com/jamescasbon/PyVCF
fastq-pair		https://github.com/linsalrob/fastq-pair
Canu (Assembler)	v1.8	https://github.com/marbl/canu
Canu (Assembler)		https://github.com/marbl/canu
mummer4		https://github.com/mummer4/mummer
rnacount		https://github.com/qbicsoftware/rnacount
fastStructure		https://github.com/rajanil/fastStructure
bcftools	1.6	https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.6/bcftools-1.6.tar.bz2
ray meta		https://github.com/sebhtml/ray
PREQUAL		https://github.com/simonwhelan/prequal
ASTRAL		https://github.com/smirarab/ASTRAL
RAxML		https://github.com/stamatak/standard-RAxML
vsearch	2.12.0	https://github.com/torognes/vsearch
vcflib		https://github.com/vcflib/vcflib
megahit		https://github.com/voutcn/megahit
Jupyter notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/
pyspark-notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/pyspark-notebook/
Genepop		https://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm
Mafft		https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/linux.html
MultiQC	1.8.dev0	https://multiqc.info/
Qgis		https://qgis.org/en/site/forusers/download.html
qiime2		https://qiime2.org/
Distruct		https://rosenberglab.stanford.edu/distruct.html
igvtools + IGV Genome browser		https://software.broadinstitute.org/software/igv/
SRA toolkit		https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
vcftools		https://vcftools.github.io/man_latest.html
Structure	v2.3.4	https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/html/structure.html
anaconda		https://www.anaconda.com/download/#linux
plink	1.9	https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
exonerate		https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate
seqret		https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/
VEP		https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html
pear	0.9.11	https://www.h-its.org/downloads/pear-academic/ http://www.exelixis-lab.org/web/software/pear
Rstudio		https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
BioPython installed with conda		installiertes anaconda
anaconda Python 3		Teil der anaconda-Installation
Docker CE		via SALT: classes:docker.ce

R packages

• acepack
• ade4
• adegenet
• agricolae
• ape
• assertthat
• base64enc
• Biostrings
• bitops
• boot
• catools
• chron
• class
• cluster
• coda
• codetools
• CoDiNA
• colorspace
• crayon
• data.table
• dbi
• deldir
• dichromat
• digest
• doparallel
• dplyr
• evaluate
• foreach
• foreign
• formula
• futile.logger
• futile.options
• gdata
• genepop
• getopt
• ggplot2
• gmodels
• gplots
• gridbase
• gridextra
• gtable
• gtools
• highr
• hmisc
• htmltable
• htmltools
• httpuv
• httr
• igraph
• irlba
• iterators
• jsonlite
• kernsmooth
• knitr
• labeling
• lambda.r
• lattice
• latticeextra
• lazyeval
• learnbayes
• littler
• magrittr
• markdown
• MASS
• matrix
• memoise
• mgcv
• mime
• munsell
• nlme
• nmf
• nnet
• ouch
• permute
• phytools
• pkgkitten
• pkgmaker
• plyr
• PopGenome
• r6
• rcolorbrewer
• rcpp
• rcurl
• registry
• reshape2
• rlist
• rngtools
• rpart
• rsqlite
• rstudioapi
• scales
• segmented
• seqinr
• shiny
• sm
• snow
• sourcetools
• sp
• spatial
• spdep
• stringi
• stringr
• survival
• tibble
• tidyverse
• vegan
• vioplot
• viridis
• wTO
• xml
• xml2
• xtable
• yaml

(all from https://cran.r-project.org/web/packages/)

Bioconductor packages

• annotate
• annotationdbi
• biobase
• biocgenerics
• biocparallel
• biomart
• biomaRt
• biostrings
• DESeq2
• EdgeR
• genefilter
• geneplotter
• genomeinfodb
• genomicranges
• iranges
• limma
• org.Hs.eg.db
• preprocessCore
• s4vectors
• summarizedexperiment
• topGO
• xvector

(all from https://bioconductor.org/packages/)