IT-Services::Evop

Informations- und Anleitungswebseite für die IT-Ausstattung (Hardware + Software) des EVOP 2019-Workshops work in progress

IT-Services::Evop - Loginserver

Der zur Verfügung gestellte Server ist erreichbar unter dem Namen evop2019login und läuft unter Linux (Debian "Stretch"). Sein lokaler Storagebereich für Daten hat eine Größe von 16 TB (davon sind zur Zeit noch 2,3 TB frei).

IT-Services::Evop - Fileserver - Sicherung

Folgende Sicherungssysteme sind aktiv:

• RAID - Schutz vor physikalischem Festplattenausfall
• Backup - nächtliches Kopieren des Inhaltes der Verzeichnisse unterhalb von /srv/ auf einen dezidierten Backup-Server

IT-Services::Evop - Desktop-PCs

• Neben dem Login-Server stehen im Workshop-Raum 30 Desktop-PCs jeweils mit folgender Ausstattung zur Verfügung:
  • Betriebssystem: Linux (Debian "Buster")
  • CPU: Intel i5 (8. Generation)
  • 16 GB RAM
  • Grafikkarte: NVidia GForce 730
  • lokaler Massenspeicher: 250 GB NVMe SSD
  • 27" TFT-Monitor
• Die Desktop-PCs heißen evop01.imp.fu-berlin.de , evop02.imp... , …, evop30.imp.fu-berlin.de

IT-Services::Evop - Desktop-PCs - Sicherung

Von den Desktop-PCs erfolgt keine Datensicherung.

IT-Services::Evop - WLAN-Zugang

Es stehen für mitgebrachte Geräte zwei Möglichkeiten zur Verfügung, wie diese per WLAN Internetzugang bekommen können: Für Workshop-Teilnehmende, deren Heimateinrichtung am eduroam -Verbund teilnimmt oder die für die Veranstaltung mit einem FU-Account ausgestattet wurden, kann das eduroam -Funknetz benutzt werden. Darüberhinaus steht den Workshop-Teilnehmern ein temporäres WLAN conference für die Zeit des Workshops zur Verfügung.

Alternative 1: WLAN-Zugang via eduroam

• Anleitung zur eduroam -Nutzung mit FU-Account
• Anleitung zur eduroam -Nutzung durch Gäste der Freien Universität

Alternative 2: WLAN-Zugang via conference -Netz

Einbuchen in das WLAN-Netz mit dem Namen (SSID) conference . Es muss dann ein Zugangs-Schlüssel eingegeben werden, der für 14 Tage gültig ist (und daher im Verlauf des Workshops einmal gewechselt werden muss!).

• 1. WLAN-Key gültig 04.03.-17.03.2019: …. (bitte beim Veranstalter erfragen)
• 1. WLAN-Key gültig 18.03.-29.03.2019: … (bitte beim Veranstalter erfragen)

Weitere Hinweise zur Benutzung des conference -WLANs finden Sie hier:

• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANKonferenz
• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANConference (englische Version)

IT-Services::Evop - Software-Ausstattung

Der Login-Server und die Desktop-PCs laufen unter Debian Linux. Auf ihnen steht folgende Software-Ausstattung zur Verfügung:

Software-Pakete

Software	Version	Source
Docker CE		via SALT: classes:docker.ce
anaconda Python 3		Teil der anaconda-Installation
BioPython installed with conda		installiertes anaconda
Rstudio		https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
pear	0.9.11	https://www.h-its.org/downloads/pear-academic/ http://www.exelixis-lab.org/web/software/pear
VEP		https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html
seqret		https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/
exonerate		https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate
plink	1.9	https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
anaconda		https://www.anaconda.com/download/#linux
Structure	v2.3.4	https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/html/structure.html
vcftools		https://vcftools.github.io/man_latest.html
SRA toolkit		https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
igvtools + IGV Genome browser		https://software.broadinstitute.org/software/igv/
Distruct		https://rosenberglab.stanford.edu/distruct.html
qiime2		https://qiime2.org/
Qgis		https://qgis.org/en/site/forusers/download.html
MultiQC	1.8.dev0	https://multiqc.info/
Mafft		https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/linux.html
Genepop		https://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm
pyspark-notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/pyspark-notebook/
Jupyter notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/
megahit		https://github.com/voutcn/megahit
vcflib		https://github.com/vcflib/vcflib
vsearch	2.12.0	https://github.com/torognes/vsearch
RAxML		https://github.com/stamatak/standard-RAxML
ASTRAL		https://github.com/smirarab/ASTRAL
PREQUAL		https://github.com/simonwhelan/prequal
ray meta		https://github.com/sebhtml/ray
bcftools	1.6	https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.6/bcftools-1.6.tar.bz2
fastStructure		https://github.com/rajanil/fastStructure
rnacount		https://github.com/qbicsoftware/rnacount
mummer4		https://github.com/mummer4/mummer
Canu (Assembler)	v1.8	https://github.com/marbl/canu
Canu (Assembler)		https://github.com/marbl/canu
fastq-pair		https://github.com/linsalrob/fastq-pair
pyVCF		https://github.com/jamescasbon/PyVCF
freebayes		https://github.com/ekg/freebayes
bamaddrg		https://github.com/ekg/bamaddrg
get_homologues		https://github.com/eead-csic-compbio/get_homologues
jmodeltest2		https://github.com/ddarriba/jmodeltest2
Cufflinks		https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks
PHYLOBAYES MPI		https://github.com/bayesiancook/pbmpi (http://megasun.bch.umontreal.ca/People/lartillot/www/downloadmpi.html)
STAR		https://github.com/alexdobin/STAR
FastME	2.1.5	https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/
cutadapt		https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
PICARD	2.8.2	https://broadinstitute.github.io/picard/
bokeh		https://bokeh.pydata.org/en/0.10.0/docs/user_guide/notebook.html
blast		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
BLAST+		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
TreeMix		https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/wiki/Home
B dadi		https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi
maker		http://yandell.topaz.genetics.utah.edu/maker_downloads/F625/EB04/C67D/326EDA5692CF4F71A69A161EBB81/maker-2.31.9.tgz
trimmomatic		http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
Orthofinder		http://www.stevekellylab.com/software/orthofinder
Repeat Masker		http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
IQTREE		http://www.iqtree.org/#download
samtools	1.7	http://www.htslib.org/, Sourcen: https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.7/samtools-1.7.tar.bz2
PGDSpider		http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/
fastQC		http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
segemehl		http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/
beast2	2.4.8	http://www.beast2.org/
subread package		http://subread.sourceforge.net/
MRBAYES		http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html
metaphlan2		http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan2
fastx-Toolkit		http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
genscan		http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
transeq		http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/transeq.html
duk		http://duk.sourceforge.net/
fastsimcoal26		http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/
Bayescan	2.1	http://cmpg.unibe.ch/software/BayeScan/download.html
arlecore		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
arlsumstats		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
abctoolbox		http://cmpg.unibe.ch/software/ABCtoolbox/
Stacks	v1.48	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/ http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-1.48.tar.gz
Stacks 2	2.3e	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
bowtie2		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
bowtie		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/
augustus		http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
bwa		http://bio-bwa.sourceforge.net/
BMGE		ftp://ftp.pasteur.fr/pub/gensoft/projects/BMGE/
cowsay		cowsay
GATK	3.6	https://software.broadinstitute.org/gatk/download/auth?package=GATK-archive&version=3.6-0-g89b7209
R

R packages

• acepack
• ade4
• adegenet
• agricolae
• ape
• assertthat
• base64enc
• Biostrings
• bitops
• boot
• catools
• chron
• class
• cluster
• coda
• codetools
• CoDiNA
• colorspace
• crayon
• data.table
• dbi
• deldir
• dichromat
• digest
• doparallel
• dplyr
• evaluate
• foreach
• foreign
• formula
• futile.logger
• futile.options
• gdata
• genepop
• getopt
• ggplot2
• gmodels
• gplots
• gridbase
• gridextra
• gtable
• gtools
• highr
• hmisc
• htmltable
• htmltools
• httpuv
• httr
• igraph
• irlba
• iterators
• jsonlite
• kernsmooth
• knitr
• labeling
• lambda.r
• lattice
• latticeextra
• lazyeval
• learnbayes
• littler
• magrittr
• markdown
• MASS
• matrix
• memoise
• mgcv
• mime
• munsell
• nlme
• nmf
• nnet
• ouch
• permute
• phytools
• pkgkitten
• pkgmaker
• plyr
• PopGenome
• r6
• rcolorbrewer
• rcpp
• rcurl
• registry
• reshape2
• rlist
• rngtools
• rpart
• rsqlite
• rstudioapi
• scales
• segmented
• seqinr
• shiny
• sm
• snow
• sourcetools
• sp
• spatial
• spdep
• stringi
• stringr
• survival
• tibble
• tidyverse
• vegan
• vioplot
• viridis
• wTO
• xml
• xml2
• xtable
• yaml

(all from https://cran.r-project.org/web/packages/)

Bioconductor packages

• annotate
• annotationdbi
• biobase
• biocgenerics
• biocparallel
• biomart
• biomaRt
• biostrings
• DESeq2
• EdgeR
• genefilter
• geneplotter
• genomeinfodb
• genomicranges
• iranges
• limma
• org.Hs.eg.db
• preprocessCore
• s4vectors
• summarizedexperiment
• topGO
• xvector

(all from https://bioconductor.org/packages/)