IT-Services::Evop

Informations- und Anleitungswebseite für die IT-Ausstattung (Hardware + Software) des EVOP 2019-Workshops work in progress

IT-Services::Evop - Loginserver

Der zur Verfügung gestellte Server ist erreichbar unter dem Namen evop2019login und läuft unter Linux (Debian "Stretch"). Sein lokaler Storagebereich für Daten hat eine Größe von 16 TB (davon sind zur Zeit noch 2,3 TB frei).

IT-Services::Evop - Fileserver - Sicherung

Folgende Sicherungssysteme sind aktiv:

• RAID - Schutz vor physikalischem Festplattenausfall
• Backup - nächtliches Kopieren des Inhaltes der Verzeichnisse unterhalb von /srv/ auf einen dezidierten Backup-Server

IT-Services::Evop - Desktop-PCs

• Neben dem Login-Server stehen im Workshop-Raum 30 Desktop-PCs jeweils mit folgender Ausstattung zur Verfügung:
  • Betriebssystem: Linux (Debian "Buster")
  • CPU: Intel i5 (8. Generation)
  • 16 GB RAM
  • Grafikkarte: NVidia GForce 730
  • lokaler Massenspeicher: 250 GB NVMe SSD
  • 27" TFT-Monitor
• Die Desktop-PCs heißen evop01.imp.fu-berlin.de , evop02.imp... , …, evop30.imp.fu-berlin.de

IT-Services::Evop - Desktop-PCs - Sicherung

Von den Desktop-PCs erfolgt keine Datensicherung.

IT-Services::Evop - WLAN-Zugang

Es stehen für mitgebrachte Geräte zwei Möglichkeiten zur Verfügung, wie diese per WLAN Internetzugang bekommen können: Für Workshop-Teilnehmende, deren Heimateinrichtung am eduroam -Verbund teilnimmt oder die für die Veranstaltung mit einem FU-Account ausgestattet wurden, kann das eduroam -Funknetz benutzt werden. Darüberhinaus steht den Workshop-Teilnehmern ein temporäres WLAN conference für die Zeit des Workshops zur Verfügung.

Alternative 1: WLAN-Zugang via eduroam

• Anleitung zur eduroam -Nutzung mit FU-Account
• Anleitung zur eduroam -Nutzung durch Gäste der Freien Universität

Alternative 2: WLAN-Zugang via conference -Netz

Einbuchen in das WLAN-Netz mit dem Namen (SSID) conference . Es muss dann ein Zugangs-Schlüssel eingegeben werden, der für 14 Tage gültig ist (und daher im Verlauf des Workshops einmal gewechselt werden muss!).

• 1. WLAN-Key gültig 04.03.-17.03.2019: …. (bitte beim Veranstalter erfragen)
• 1. WLAN-Key gültig 18.03.-29.03.2019: … (bitte beim Veranstalter erfragen)

Weitere Hinweise zur Benutzung des conference -WLANs finden Sie hier:

• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANKonferenz
• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANConference (englische Version)

IT-Services::Evop - Software-Ausstattung

Der Login-Server und die Desktop-PCs laufen unter Debian Linux. Auf ihnen steht folgende Software-Ausstattung zur Verfügung:

Software-Pakete

Software	Version	Source
abctoolbox		http://cmpg.unibe.ch/software/ABCtoolbox/
anaconda		https://www.anaconda.com/download/#linux
anaconda Python 3		Teil der anaconda-Installation
arlecore		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
arlsumstats		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
ASTRAL		https://github.com/smirarab/ASTRAL
augustus		http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
B dadi		https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi
bamaddrg		https://github.com/ekg/bamaddrg
Bayescan	2.1	http://cmpg.unibe.ch/software/BayeScan/download.html
bcftools	1.6	https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.6/bcftools-1.6.tar.bz2
beast2	2.4.8	http://www.beast2.org/
BioPython installed with conda		installiertes anaconda
blast		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
BLAST+		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
BMGE		ftp://ftp.pasteur.fr/pub/gensoft/projects/BMGE/
bokeh		https://bokeh.pydata.org/en/0.10.0/docs/user_guide/notebook.html
bowtie		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/
bowtie2		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
bwa		http://bio-bwa.sourceforge.net/
Canu (Assembler)	v1.8	https://github.com/marbl/canu
Canu (Assembler)		https://github.com/marbl/canu
cowsay		cowsay
Cufflinks		https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks
cutadapt		https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
Distruct		https://rosenberglab.stanford.edu/distruct.html
Docker CE		via SALT: classes:docker.ce
duk		http://duk.sourceforge.net/
exonerate		https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate
FastME	2.1.5	https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/
fastq-pair		https://github.com/linsalrob/fastq-pair
fastQC		http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
fastsimcoal26		http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/
fastStructure		https://github.com/rajanil/fastStructure
fastx-Toolkit		http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
freebayes		https://github.com/ekg/freebayes
GATK	3.6	https://software.broadinstitute.org/gatk/download/auth?package=GATK-archive&version=3.6-0-g89b7209
Genepop		https://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm
genscan		http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
get_homologues		https://github.com/eead-csic-compbio/get_homologues
igvtools + IGV Genome browser		https://software.broadinstitute.org/software/igv/
IQTREE		http://www.iqtree.org/#download
jmodeltest2		https://github.com/ddarriba/jmodeltest2
Jupyter notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/
Mafft		https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/linux.html
maker		http://yandell.topaz.genetics.utah.edu/maker_downloads/F625/EB04/C67D/326EDA5692CF4F71A69A161EBB81/maker-2.31.9.tgz
megahit		https://github.com/voutcn/megahit
metaphlan2		http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan2
MRBAYES		http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html
MultiQC	1.8.dev0	https://multiqc.info/
mummer4		https://github.com/mummer4/mummer
Orthofinder		http://www.stevekellylab.com/software/orthofinder
pear	0.9.11	https://www.h-its.org/downloads/pear-academic/ http://www.exelixis-lab.org/web/software/pear
PGDSpider		http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/
PHYLOBAYES MPI		https://github.com/bayesiancook/pbmpi (http://megasun.bch.umontreal.ca/People/lartillot/www/downloadmpi.html)
PICARD	2.8.2	https://broadinstitute.github.io/picard/
plink	1.9	https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
PREQUAL		https://github.com/simonwhelan/prequal
pyspark-notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/pyspark-notebook/
pyVCF		https://github.com/jamescasbon/PyVCF
Qgis		https://qgis.org/en/site/forusers/download.html
qiime2		https://qiime2.org/
R
RAxML		https://github.com/stamatak/standard-RAxML
ray meta		https://github.com/sebhtml/ray
Repeat Masker		http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
rnacount		https://github.com/qbicsoftware/rnacount
Rstudio		https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
samtools	1.7	http://www.htslib.org/, Sourcen: https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.7/samtools-1.7.tar.bz2
segemehl		http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/
seqret		https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/
SRA toolkit		https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
Stacks	v1.48	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/ http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-1.48.tar.gz
Stacks 2	2.3e	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
STAR		https://github.com/alexdobin/STAR
Structure	v2.3.4	https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/html/structure.html
subread package		http://subread.sourceforge.net/
transeq		http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/transeq.html
TreeMix		https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/wiki/Home
trimmomatic		http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
vcflib		https://github.com/vcflib/vcflib
vcftools		https://vcftools.github.io/man_latest.html
VEP		https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html
vsearch	2.12.0	https://github.com/torognes/vsearch

R packages

• acepack
• ade4
• adegenet
• agricolae
• ape
• assertthat
• base64enc
• Biostrings
• bitops
• boot
• catools
• chron
• class
• cluster
• coda
• codetools
• CoDiNA
• colorspace
• crayon
• data.table
• dbi
• deldir
• dichromat
• digest
• doparallel
• dplyr
• evaluate
• foreach
• foreign
• formula
• futile.logger
• futile.options
• gdata
• genepop
• getopt
• ggplot2
• gmodels
• gplots
• gridbase
• gridextra
• gtable
• gtools
• highr
• hmisc
• htmltable
• htmltools
• httpuv
• httr
• igraph
• irlba
• iterators
• jsonlite
• kernsmooth
• knitr
• labeling
• lambda.r
• lattice
• latticeextra
• lazyeval
• learnbayes
• littler
• magrittr
• markdown
• MASS
• matrix
• memoise
• mgcv
• mime
• munsell
• nlme
• nmf
• nnet
• ouch
• permute
• phytools
• pkgkitten
• pkgmaker
• plyr
• PopGenome
• r6
• rcolorbrewer
• rcpp
• rcurl
• registry
• reshape2
• rlist
• rngtools
• rpart
• rsqlite
• rstudioapi
• scales
• segmented
• seqinr
• shiny
• sm
• snow
• sourcetools
• sp
• spatial
• spdep
• stringi
• stringr
• survival
• tibble
• tidyverse
• vegan
• vioplot
• viridis
• wTO
• xml
• xml2
• xtable
• yaml

(all from https://cran.r-project.org/web/packages/)

Bioconductor packages

• annotate
• annotationdbi
• biobase
• biocgenerics
• biocparallel
• biomart
• biomaRt
• biostrings
• DESeq2
• EdgeR
• genefilter
• geneplotter
• genomeinfodb
• genomicranges
• iranges
• limma
• org.Hs.eg.db
• preprocessCore
• s4vectors
• summarizedexperiment
• topGO
• xvector

(all from https://bioconductor.org/packages/)