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Nächste planmäßige Wartung:

Mittwoch, 6. November 2019


IT-Services::Evop

Informations- und Anleitungswebseite für die IT-Ausstattung (Hardware + Software) des EVOP 2019-Workshops wip work in progress


IT-Services::Evop - Loginserver

Der zur Verfügung gestellte Server ist erreichbar unter dem Namen evop2019login und läuft unter Linux (Debian "Stretch"). Sein lokaler Storagebereich für Daten hat eine Größe von 16 TB (davon sind zur Zeit noch 2,3 TB frei).

IT-Services::Evop - Fileserver - Sicherung

Folgende Sicherungssysteme sind aktiv:
  • RAID - Schutz vor physikalischem Festplattenausfall
  • Backup - nächtliches Kopieren des Inhaltes der Verzeichnisse unterhalb von /srv/ auf einen dezidierten Backup-Server

IT-Services::Evop - Desktop-PCs

  • Neben dem Login-Server stehen im Workshop-Raum 30 Desktop-PCs jeweils mit folgender Ausstattung zur Verfügung:
    • Betriebssystem: Linux (Debian "Buster")
    • CPU: Intel i5 (8. Generation)
    • 16 GB RAM
    • Grafikkarte: NVidia GForce 730
    • lokaler Massenspeicher: 250 GB NVMe SSD
    • 27" TFT-Monitor
  • Die Desktop-PCs heißen evop01.imp.fu-berlin.de , evop02.imp... , ..., evop30.imp.fu-berlin.de

IT-Services::Evop - Desktop-PCs - Sicherung

Von den Desktop-PCs erfolgt keine Datensicherung.

IT-Services::Evop - WLAN-Zugang

Es stehen für mitgebrachte Geräte zwei Möglichkeiten zur Verfügung, wie diese per WLAN Internetzugang bekommen können: Für Workshop-Teilnehmende, deren Heimateinrichtung am eduroam -Verbund teilnimmt oder die für die Veranstaltung mit einem FU-Account ausgestattet wurden, kann das eduroam -Funknetz benutzt werden. Darüberhinaus steht den Workshop-Teilnehmern ein temporäres WLAN conference für die Zeit des Workshops zur Verfügung.

Alternative 1: WLAN-Zugang via eduroam

Alternative 2: WLAN-Zugang via conference -Netz

Einbuchen in das WLAN-Netz mit dem Namen (SSID) conference . Es muss dann ein Zugangs-Schlüssel eingegeben werden, der für 14 Tage gültig ist (und daher im Verlauf des Workshops einmal gewechselt werden muss!).
  • 1. WLAN-Key gültig 04.03.-17.03.2019: .... (bitte beim Veranstalter erfragen)
  • 1. WLAN-Key gültig 18.03.-29.03.2019: ... (bitte beim Veranstalter erfragen)

Weitere Hinweise zur Benutzung des conference -WLANs finden Sie hier:

IT-Services::Evop - Software-Ausstattung

Der Login-Server und die Desktop-PCs laufen unter Debian Linux. Auf ihnen steht folgende Software-Ausstattung zur Verfügung:

Software-Pakete

SoftwareSorted descending Version Source
vsearch 2.12.0 https://github.com/torognes/vsearch
VEP   https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html
vcftools   https://vcftools.github.io/man_latest.html
vcflib   https://github.com/vcflib/vcflib
trimmomatic   http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
TreeMix   https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/wiki/Home
transeq   http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/transeq.html
subread package   http://subread.sourceforge.net/
Structure v2.3.4 https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/html/structure.html
STAR   https://github.com/alexdobin/STAR
Stacks 2 2.3e http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
Stacks v1.48 http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-1.48.tar.gz
SRA toolkit   https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
seqret   https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/
segemehl   http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/
samtools 1.7 http://www.htslib.org/, Sourcen: https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.7/samtools-1.7.tar.bz2
Rstudio   https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
rnacount   https://github.com/qbicsoftware/rnacount
Repeat Masker   http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
ray meta   https://github.com/sebhtml/ray
RAxML   https://github.com/stamatak/standard-RAxML
R    
qiime2   https://qiime2.org/
Qgis   https://qgis.org/en/site/forusers/download.html
pyVCF   https://github.com/jamescasbon/PyVCF
pyspark-notebook   https://hub.docker.com/r/jupyter/pyspark-notebook/
PREQUAL   https://github.com/simonwhelan/prequal
plink 1.9 https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
PICARD 2.8.2 https://broadinstitute.github.io/picard/
PHYLOBAYES MPI   https://github.com/bayesiancook/pbmpi
(http://megasun.bch.umontreal.ca/People/lartillot/www/downloadmpi.html)
PGDSpider   http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/
pear 0.9.11 https://www.h-its.org/downloads/pear-academic/
http://www.exelixis-lab.org/web/software/pear
Orthofinder   http://www.stevekellylab.com/software/orthofinder
mummer4   https://github.com/mummer4/mummer
MultiQC 1.8.dev0 https://multiqc.info/
MRBAYES   http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html
metaphlan2   http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan2
megahit   https://github.com/voutcn/megahit
maker   http://yandell.topaz.genetics.utah.edu/maker_downloads/F625/EB04/C67D/326EDA5692CF4F71A69A161EBB81/maker-2.31.9.tgz
Mafft   https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/linux.html
Jupyter notebook   https://hub.docker.com/r/jupyter/
jmodeltest2   https://github.com/ddarriba/jmodeltest2
IQTREE   http://www.iqtree.org/#download
igvtools + IGV Genome browser   https://software.broadinstitute.org/software/igv/
get_homologues   https://github.com/eead-csic-compbio/get_homologues
genscan   http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
Genepop   https://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm
GATK 3.6 https://software.broadinstitute.org/gatk/download/auth?package=GATK-archive&version=3.6-0-g89b7209
freebayes   https://github.com/ekg/freebayes
fastx-Toolkit   http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
fastStructure   https://github.com/rajanil/fastStructure
fastsimcoal26   http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/
fastQC   http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
fastq-pair   https://github.com/linsalrob/fastq-pair
FastME 2.1.5 https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/
exonerate   https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate
duk   http://duk.sourceforge.net/
Docker CE   via SALT: classes:docker.ce
Distruct   https://rosenberglab.stanford.edu/distruct.html
cutadapt   https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
Cufflinks   https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks
cowsay   cowsay
Canu (Assembler) v1.8 https://github.com/marbl/canu
Canu (Assembler)   https://github.com/marbl/canu
bwa   http://bio-bwa.sourceforge.net/
bowtie2   http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
bowtie   http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/
bokeh   https://bokeh.pydata.org/en/0.10.0/docs/user_guide/notebook.html
BMGE   ftp://ftp.pasteur.fr/pub/gensoft/projects/BMGE/
BLAST+   https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
blast   https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
BioPython installed with conda   installiertes anaconda
beast2 2.4.8 http://www.beast2.org/
bcftools 1.6 https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.6/bcftools-1.6.tar.bz2
Bayescan 2.1 http://cmpg.unibe.ch/software/BayeScan/download.html
bamaddrg   https://github.com/ekg/bamaddrg
B dadi   https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi
augustus   http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
ASTRAL   https://github.com/smirarab/ASTRAL
arlsumstats   http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
arlecore   http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
anaconda Python 3   Teil der anaconda-Installation
anaconda   https://www.anaconda.com/download/#linux
abctoolbox   http://cmpg.unibe.ch/software/ABCtoolbox/

R packages

  • acepack
  • ade4
  • adegenet
  • agricolae
  • ape
  • assertthat
  • base64enc
  • Biostrings
  • bitops
  • boot
  • catools
  • chron
  • class
  • cluster
  • coda
  • codetools
  • CoDiNA
  • colorspace
  • crayon
  • data.table
  • dbi
  • deldir
  • dichromat
  • digest
  • doparallel
  • dplyr
  • evaluate
  • foreach
  • foreign
  • formula
  • futile.logger
  • futile.options
  • gdata
  • genepop
  • getopt
  • ggplot2
  • gmodels
  • gplots
  • gridbase
  • gridextra
  • gtable
  • gtools
  • highr
  • hmisc
  • htmltable
  • htmltools
  • httpuv
  • httr
  • igraph
  • irlba
  • iterators
  • jsonlite
  • kernsmooth
  • knitr
  • labeling
  • lambda.r
  • lattice
  • latticeextra
  • lazyeval
  • learnbayes
  • littler
  • magrittr
  • markdown
  • MASS
  • matrix
  • memoise
  • mgcv
  • mime
  • munsell
  • nlme
  • nmf
  • nnet
  • ouch
  • permute
  • phytools
  • pkgkitten
  • pkgmaker
  • plyr
  • PopGenome
  • r6
  • rcolorbrewer
  • rcpp
  • rcurl
  • registry
  • reshape2
  • rlist
  • rngtools
  • rpart
  • rsqlite
  • rstudioapi
  • scales
  • segmented
  • seqinr
  • shiny
  • sm
  • snow
  • sourcetools
  • sp
  • spatial
  • spdep
  • stringi
  • stringr
  • survival
  • tibble
  • tidyverse
  • vegan
  • vioplot
  • viridis
  • wTO
  • xml
  • xml2
  • xtable
  • yaml

(all from https://cran.r-project.org/web/packages/)

Bioconductor packages

  • annotate
  • annotationdbi
  • biobase
  • biocgenerics
  • biocparallel
  • biomart
  • biomaRt
  • biostrings
  • DESeq2
  • EdgeR
  • genefilter
  • geneplotter
  • genomeinfodb
  • genomicranges
  • iranges
  • limma
  • org.Hs.eg.db
  • preprocessCore
  • s4vectors
  • summarizedexperiment
  • topGO
  • xvector

(all from https://bioconductor.org/packages/)
Topic revision: r8 - 27 Mar 2019, IngmarCamphausen
 
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