GPU benchmark
1. Das beigelegte Tar-Archive mit dem Befehl
tar -xvf 15.01.2018_openmm_benchmark.tar.gz in das gewünschte Verzeichnis entpacken.
2. In die Verzeichnisstruktur wechseln mittels
cd openMM_benchmark.
3. Den Benchmarktest mit
sbatch run.sh ausführen.
4. Nach Abschluss des Benchmarktest können die Daten aller Grafikkarten im Ordner
logs/ gefunden werden.
Weitere Informationen sind in der Datei 'README' zu finden.
Leistungswerte
System |
Beschreibung |
Wert |
gpu080 |
SYS-7048GR-TR, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 v3 (=12 Cores@1,9GHz), 64GB Ram, local SSD, Quad GTX980 |
936ns/day |
gpu063 |
ESC4000 G3S, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 v3 (=12 Cores@1.90GHz), 64GB Ram, local SSD, Quad GTX1080Ti |
1585ns/day |
gpu077 |
ESC4000 G3S, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 v3 (=12 Cores@1,9GHz), 64GB Ram, local SSD, Quad GTX980 |
927ns/day |
gpu036 |
X9DRG-QF, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 0 (=8 Cores@2.40GHz),32GB Ram, local HDD (7200rpm) ,Quad GTX780 |
579ns/day |
TestSystem |
SuperServer SYS-1028GQ-TRT 2x Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2637 v4 @ 3.50GHz 64 GB RAM ECC Reg @ 2400Mhz 2 Intel DC S4500 240GB im RAID0 für OS; Quad GTX1080Ti |
>1950ns/day |
höhere Werte sind besser.
Es werden 4 Benchmarks gleichzeitig in einen Job gestartet. Die Werte(ns per day) vom Test 'Protein in waterbox, Verlet integrator, NPT, heavy Hydrogens' werden dann aus den Dateien im
logs/ Verzeichnis zusammenaddiert. Die 'Step size' beträgt 0.005 ps. Ein Durchlauf mit vier Karten benötigt ca. 15 Minuten effektive Laufzeit.
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