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GpuBenchmark

GPU benchmark

1. Das beigelegte Tar-Archive mit dem Befehl tar -xvf 15.01.2018_openmm_benchmark.tar.gz in das gewünschte Verzeichnis entpacken.

2. In die Verzeichnisstruktur wechseln mittels cd openMM_benchmark.

3. Den Benchmarktest mit sbatch run.sh ausführen.

4. Nach Abschluss des Benchmarktest können die Daten aller Grafikkarten im Ordner logs/ gefunden werden.

Weitere Informationen sind in der Datei 'README' zu finden.

Leistungswerte

System Beschreibung Wert
gpu036 X9DRG-QF, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 0 (=8 Cores@2.40GHz),32GB Ram, local HDD (7200rpm) ,Quad GTX780 579ns/day
gpu077 ESC4000 G3S, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 v3 (=12 Cores@1,9GHz), 64GB Ram, local SSD, Quad GTX980 927ns/day
gpu080 SYS-7048GR-TR, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 v3 (=12 Cores@1,9GHz), 64GB Ram, local SSD, Quad GTX980 936ns/day
gpu063 ESC4000 G3S, Dual Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2609 v3 (=12 Cores@1.90GHz), 64GB Ram, local SSD, Quad GTX1080Ti 1585ns/day
TestSystem SuperServer SYS-1028GQ-TRT 2x Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2637 v4 @ 3.50GHz 64 GB RAM ECC Reg @ 2400Mhz 2 Intel DC S4500 240GB im RAID0 für OS; Quad GTX1080Ti >1950ns/day

höhere Werte sind besser. Es werden 4 Benchmarks gleichzeitig in einen Job gestartet. Die Werte(ns per day) vom Test 'Protein in waterbox, Verlet integrator, NPT, heavy Hydrogens' werden dann aus den Dateien im logs/ Verzeichnis zusammenaddiert. Die 'Step size' beträgt 0.005 ps. Ein Durchlauf mit vier Karten benötigt ca. 15 Minuten effektive Laufzeit.

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