IT-Services::Evop

Informations- und Anleitungswebseite für die IT-Ausstattung (Hardware + Software) des EVOP 2019-Workshops work in progress

IT-Services::Evop - Loginserver

Der zur Verfügung gestellte Server ist erreichbar unter dem Namen evop2019login und läuft unter Linux (Debian "Stretch"). Sein lokaler Storagebereich für Daten hat eine Größe von 16 TB (davon sind zur Zeit noch 2,3 TB frei).

IT-Services::Evop - Fileserver - Sicherung

Folgende Sicherungssysteme sind aktiv:

• RAID - Schutz vor physikalischem Festplattenausfall
• Backup - nächtliches Kopieren des Inhaltes der Verzeichnisse unterhalb von /srv/ auf einen dezidierten Backup-Server

IT-Services::Evop - Desktop-PCs

• Neben dem Login-Server stehen im Workshop-Raum 30 Desktop-PCs jeweils mit folgender Ausstattung zur Verfügung:
  • Betriebssystem: Linux (Debian "Buster")
  • CPU: Intel i5 (8. Generation)
  • 16 GB RAM
  • Grafikkarte: NVidia GForce 730
  • lokaler Massenspeicher: 250 GB NVMe SSD
  • 27" TFT-Monitor
• Die Desktop-PCs heißen evop01.imp.fu-berlin.de , evop02.imp... , …, evop30.imp.fu-berlin.de

IT-Services::Evop - Desktop-PCs - Sicherung

Von den Desktop-PCs erfolgt keine Datensicherung.

IT-Services::Evop - WLAN-Zugang

Es stehen für mitgebrachte Geräte zwei Möglichkeiten zur Verfügung, wie diese per WLAN Internetzugang bekommen können: Für Workshop-Teilnehmende, deren Heimateinrichtung am eduroam -Verbund teilnimmt oder die für die Veranstaltung mit einem FU-Account ausgestattet wurden, kann das eduroam -Funknetz benutzt werden. Darüberhinaus steht den Workshop-Teilnehmern ein temporäres WLAN conference für die Zeit des Workshops zur Verfügung.

Alternative 1: WLAN-Zugang via eduroam

• Anleitung zur eduroam -Nutzung mit FU-Account
• Anleitung zur eduroam -Nutzung durch Gäste der Freien Universität

Alternative 2: WLAN-Zugang via conference -Netz

Einbuchen in das WLAN-Netz mit dem Namen (SSID) conference . Es muss dann ein Zugangs-Schlüssel eingegeben werden, der für 14 Tage gültig ist (und daher im Verlauf des Workshops einmal gewechselt werden muss!).

• 1. WLAN-Key gültig 04.03.-17.03.2019: …. (bitte beim Veranstalter erfragen)
• 1. WLAN-Key gültig 18.03.-29.03.2019: … (bitte beim Veranstalter erfragen)

Weitere Hinweise zur Benutzung des conference -WLANs finden Sie hier:

• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANKonferenz
• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANConference (englische Version)

IT-Services::Evop - Software-Ausstattung

Der Login-Server und die Desktop-PCs laufen unter Debian Linux. Auf ihnen steht folgende Software-Ausstattung zur Verfügung:

Software-Pakete

Software	Version	Source
vsearch	2.12.0	https://github.com/torognes/vsearch
VEP		https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html
vcftools		https://vcftools.github.io/man_latest.html
vcflib		https://github.com/vcflib/vcflib
trimmomatic		http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
TreeMix		https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/wiki/Home
transeq		http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/transeq.html
subread package		http://subread.sourceforge.net/
Structure	v2.3.4	https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/html/structure.html
STAR		https://github.com/alexdobin/STAR
Stacks 2	2.3e	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
Stacks	v1.48	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/ http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-1.48.tar.gz
SRA toolkit		https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
seqret		https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/
segemehl		http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/
samtools	1.7	http://www.htslib.org/, Sourcen: https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.7/samtools-1.7.tar.bz2
Rstudio		https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
rnacount		https://github.com/qbicsoftware/rnacount
Repeat Masker		http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
ray meta		https://github.com/sebhtml/ray
RAxML		https://github.com/stamatak/standard-RAxML
R
qiime2		https://qiime2.org/
Qgis		https://qgis.org/en/site/forusers/download.html
pyVCF		https://github.com/jamescasbon/PyVCF
pyspark-notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/pyspark-notebook/
PREQUAL		https://github.com/simonwhelan/prequal
plink	1.9	https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
PICARD	2.8.2	https://broadinstitute.github.io/picard/
PHYLOBAYES MPI		https://github.com/bayesiancook/pbmpi (http://megasun.bch.umontreal.ca/People/lartillot/www/downloadmpi.html)
PGDSpider		http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/
pear	0.9.11	https://www.h-its.org/downloads/pear-academic/ http://www.exelixis-lab.org/web/software/pear
Orthofinder		http://www.stevekellylab.com/software/orthofinder
mummer4		https://github.com/mummer4/mummer
MultiQC	1.8.dev0	https://multiqc.info/
MRBAYES		http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html
metaphlan2		http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan2
megahit		https://github.com/voutcn/megahit
maker		http://yandell.topaz.genetics.utah.edu/maker_downloads/F625/EB04/C67D/326EDA5692CF4F71A69A161EBB81/maker-2.31.9.tgz
Mafft		https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/linux.html
Jupyter notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/
jmodeltest2		https://github.com/ddarriba/jmodeltest2
IQTREE		http://www.iqtree.org/#download
igvtools + IGV Genome browser		https://software.broadinstitute.org/software/igv/
get_homologues		https://github.com/eead-csic-compbio/get_homologues
genscan		http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
Genepop		https://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm
GATK	3.6	https://software.broadinstitute.org/gatk/download/auth?package=GATK-archive&version=3.6-0-g89b7209
freebayes		https://github.com/ekg/freebayes
fastx-Toolkit		http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
fastStructure		https://github.com/rajanil/fastStructure
fastsimcoal26		http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/
fastQC		http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
fastq-pair		https://github.com/linsalrob/fastq-pair
FastME	2.1.5	https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/
exonerate		https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate
duk		http://duk.sourceforge.net/
Docker CE		via SALT: classes:docker.ce
Distruct		https://rosenberglab.stanford.edu/distruct.html
cutadapt		https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
Cufflinks		https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks
cowsay		cowsay
Canu (Assembler)	v1.8	https://github.com/marbl/canu
Canu (Assembler)		https://github.com/marbl/canu
bwa		http://bio-bwa.sourceforge.net/
bowtie2		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
bowtie		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/
bokeh		https://bokeh.pydata.org/en/0.10.0/docs/user_guide/notebook.html
BMGE		ftp://ftp.pasteur.fr/pub/gensoft/projects/BMGE/
BLAST+		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
blast		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
BioPython installed with conda		installiertes anaconda
beast2	2.4.8	http://www.beast2.org/
bcftools	1.6	https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.6/bcftools-1.6.tar.bz2
Bayescan	2.1	http://cmpg.unibe.ch/software/BayeScan/download.html
bamaddrg		https://github.com/ekg/bamaddrg
B dadi		https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi
augustus		http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
ASTRAL		https://github.com/smirarab/ASTRAL
arlsumstats		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
arlecore		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
anaconda Python 3		Teil der anaconda-Installation
anaconda		https://www.anaconda.com/download/#linux
abctoolbox		http://cmpg.unibe.ch/software/ABCtoolbox/

R packages

• acepack
• ade4
• adegenet
• agricolae
• ape
• assertthat
• base64enc
• Biostrings
• bitops
• boot
• catools
• chron
• class
• cluster
• coda
• codetools
• CoDiNA
• colorspace
• crayon
• data.table
• dbi
• deldir
• dichromat
• digest
• doparallel
• dplyr
• evaluate
• foreach
• foreign
• formula
• futile.logger
• futile.options
• gdata
• genepop
• getopt
• ggplot2
• gmodels
• gplots
• gridbase
• gridextra
• gtable
• gtools
• highr
• hmisc
• htmltable
• htmltools
• httpuv
• httr
• igraph
• irlba
• iterators
• jsonlite
• kernsmooth
• knitr
• labeling
• lambda.r
• lattice
• latticeextra
• lazyeval
• learnbayes
• littler
• magrittr
• markdown
• MASS
• matrix
• memoise
• mgcv
• mime
• munsell
• nlme
• nmf
• nnet
• ouch
• permute
• phytools
• pkgkitten
• pkgmaker
• plyr
• PopGenome
• r6
• rcolorbrewer
• rcpp
• rcurl
• registry
• reshape2
• rlist
• rngtools
• rpart
• rsqlite
• rstudioapi
• scales
• segmented
• seqinr
• shiny
• sm
• snow
• sourcetools
• sp
• spatial
• spdep
• stringi
• stringr
• survival
• tibble
• tidyverse
• vegan
• vioplot
• viridis
• wTO
• xml
• xml2
• xtable
• yaml

(all from https://cran.r-project.org/web/packages/)

Bioconductor packages

• annotate
• annotationdbi
• biobase
• biocgenerics
• biocparallel
• biomart
• biomaRt
• biostrings
• DESeq2
• EdgeR
• genefilter
• geneplotter
• genomeinfodb
• genomicranges
• iranges
• limma
• org.Hs.eg.db
• preprocessCore
• s4vectors
• summarizedexperiment
• topGO
• xvector

(all from https://bioconductor.org/packages/)