Willkommen im Wiki der Vorlesung "Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik"
Nachrichten
- 17.09.2010 (Reinert): Das Semester beginnt am 1. Oktober. Bitte bereiten Sie sich schon auf die erste Vorlesung vor (zwei Wochen vorher) Klicken Sie hier. Für den praktischen Teil ist es Pflicht den C++ Programmierkurs zu besuchen !!!
- 19.11.2010 (Weese): Die aktuellen Praktikumspunkte jeder Gruppe sind nun einsehbar, siehe Ergebnisse (unten).
- 03.12.2010 (Weese): Der Review 1 zur VL findet am Do, 09.12. zum VL-Termin statt. Der Code-Review 1 (Praktikum) findet am Di, 14.12., ab 12:30 bzw. 13:30 im Bio-Pool statt. Tragen Sie sich hier zu einem der beiden Termine ein.
- 03.02.2010 (Weese): Der Code-Review 2 (Praktikum) findet am Di, 08.02 im Bio-Pool statt. Tragen Sie sich hier zu einem Termin ein. Der Review 2 findet am Do, 10.02. zum VL-Termin statt.
Vorlesung
Daten
Dieses Jahr hat die Vorlesung zum ersten mal 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.
Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen
einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.
| Veranstaltung |
Tag |
Zeit |
Gebäude |
Raum |
| Vorlesung |
Do |
14-16 |
Takustr. 9 |
005 |
| Übung I |
Di |
10-12 |
Arnimallee 7 |
140 |
| Übung II |
Di |
14-16 |
Takustr. 9 |
055 |
| Übung III |
Mi |
10-12 |
Takustr. 9 |
055 |
| Praktikum |
Fr (ungerade) |
10-12 |
Takustr. 9 |
006 |
| Tutorium I |
Di (gerade) |
12-14 |
Arnimallee 6 |
017 |
| Tutorium II |
Di (gerade) |
14-16 |
Arnimallee 6 |
017 |
| Nachklausur |
Do |
16–18 |
Takustr. 9 |
006 |
Inhalte
Voraussetzungen für die aktive Teilnahme
Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:
- Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
- Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
- Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.
Übungen
Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise.
Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
- Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
- Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
- Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe: Immer montags, spätestens 15:00 Uhr im Postfach "Tutoren" im Sekretariat Raum 013, Takustr. 9.
Praktikum
Daten
Das Praktikum besteht aus:
- Praktikumsvorlesung
- alle 2 Wochen, freitags 10-12 c.t.
- Praktikumsaufgaben
- stehen auf jedem zweiten Übungszettel
- knapp 2 Wochen zur Bearbeitung
- Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
- 75% der Praktikumsaufgaben lösen
- Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
- Tutorien
- fakultativ, bei Fragen oder Problemen
- dienstags, 12-14 und 14-16 in den Wochen zwischen den P-VLs
- tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein
Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden.
Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten.
Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden.
Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.
Hinweise zur Abgabe
Inhalte
Ergebnisse
Praktikum
- Der aktuelle Punktestand jeder Gruppe: Punktestand.pdf
- Aufgabe 2 - Laufzeiten:
- Aufgabe 4 - Laufzeiten:
- Aufgabe 5 - Sensitivitäten:
- Aufgabe 5 - Laufzeiten (100M Genom und 100k x 50bp Reads):
| Gruppe | Laufzeit (s) | Not-Found | Found | 1-Less | 2-Less | 3-Less | 4-Less |
| 1 | 122,53 | 1270 | 97160 | 549 | 959 | 62 | 0 |
| 2 | 43,58 | 96 | 99862 | 42 | 0 | 0 | 0 |
| 3 | 188,00 | 96 | 99862 | 42 | 0 | 0 | 0 |
| 5 | 266,93 | 56493 | 41995 | 1075 | 437 | 0 | 0 |
| 8 | 115,17 | 96 | 99862 | 42 | 0 | 0 | 0 |
| 10 | 503,11 | 2036 | 97964 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 11 | 90,24 | 375 | 99323 | 302 | 0 | 0 | 0 |
| 12 | 166,55 | 38683 | 40520 | 20325 | 469 | 1 | 0 |
| 14 | 538,18 | 96 | 99862 | 42 | 0 | 0 | 0 |
| 15 | 514,86 | 96 | 99862 | 42 | 0 | 0 | 0 |
| 17 | 551,83 | 82 | 99872 | 46 | 0 | 0 | 0 |
Review 1
| Matrikelnummer |
Punkte |
| 5789 |
90 |
| 1789 |
89 |
| 9905 |
89 |
| 2467 |
88 |
| 4257 |
86.5 |
| 7130 |
85 |
| 6620 |
83 |
| 5887 |
82.5 |
| 8508 |
82 |
| 9991 |
81 |
| 2305 |
80 |
| 6903 |
79 |
| 0964 |
79 |
| 2117 |
79 |
| 0938 |
73.5 |
| 9252 |
73 |
| 9371 |
72.5 |
| 3588 |
72.5 |
| 7500 |
72.5 |
| 4220 |
71 |
| 1640 |
70 |
| 3617 |
69 |
| 5525 |
68.5 |
| 2142 |
66 |
| 3221 |
65.5 |
| 8791 |
65 |
| 1779 |
63.5 |
| 4853 |
58 |
| 9370 |
57.5 |
| 6546 |
57 |
| 0371 |
51 |
| 2427 |
48 |
| 7171 |
47 |
| 4362 |
44.5 |
| 8476 |
43 |
| 1530 |
40 |
| 1220 |
39 |
| 8427 |
35 |
| 0902 |
32 |
| 5137 |
11 |
Review 2
| Matrikelnummer |
Punkte |
| 0371 |
24* |
| 0902 |
0 |
| 0938 |
48 |
| 0964 |
57 |
| 1220 |
35* |
| 1530 |
13* |
| 1640 |
46 |
| 1779 |
63.5 |
| 1789 |
68 |
| 2117 |
58 |
| 2142 |
60 |
| 2305 |
65 |
| 2427 |
59 |
| 2467 |
66.5 |
| 3221 |
66 |
| 3588 |
48 |
| 3617 |
48.5 |
| 4220 |
38 |
| 4257 |
78 |
| 4362 |
45.5 |
| 4853 |
0 |
| 5137 |
12* |
| 5525 |
82 |
| 5789 |
82 |
| 5887 |
55 |
| 6546 |
47 |
| 6620 |
73 |
| 6903 |
58 |
| 7130 |
83.5 |
| 7171 |
60 |
| 7500 |
53 |
| 8427 |
38* |
| 8476 |
0 |
| 8508 |
45 |
| 8791 |
44 |
| 9252 |
63 |
| 9370 |
0 |
| 9371 |
81 |
| 9905 |
80 |
| 9991 |
50 |
Leute mit einem Stern (
*) haben insgesamt
nicht bestanden.
Klausur
| Matrikelnummer |
Note |
| xxx6620 |
2.0 |
| xxx5525 |
2.7 |
| xxx7130 |
2.0 |
| xxx9371 |
2.3 |
| xxx3971 |
3.7 |
| xxx2305 |
2.3 |
| xxx0938 |
4.0 |
| xxx4220 |
3.3 |
| xxx3221 |
3.7 |
| xxx3617 |
4.0 |
| xxx4362 |
5.0 |
| xxx7171 |
4.0 |
| xxx8427 |
5.0 |
| xxx1779 |
4.0 |
| xxx1051 |
3.7 |
| xxx2467 |
3.3 |
| xxx2142 |
3.3 |
| xxx6546 |
3.3 |
| xxx4257 |
1.7 |
| xxx6903 |
3.3 |
| xxx1220 |
4.0 |
| xxx5789 |
1.3 |
| xxx9252 |
3.0 |
| xxx0964 |
2.7 |
| xxx2117 |
2.3 |
| xxx1530 |
3.7 |
| xxx1640 |
4.0 |
| xxx1789 |
1.0 |
| xxx3588 |
3.7 |
| xxx5887 |
2.7 |
| xxx0371 |
3.3 |
| xxx7500 |
3.0 |
| xxx9991 |
3.0 |
| xxx9905 |
1.3 |
| xxx2427 |
4.0 |
| xxx8508 |
2.0 |
| xxx8791 |
3.3 |
| xxx9185 |
3.3 |
| xxx8704 |
2.3 |
| xxx8301 |
4.0 |
| xxx2910 |
4.0 |
Mailingliste
Bitte in die Mailingliste unter
https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS10/ einschreiben.
Allgemeine, relevante Bücher
- Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
- David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
- Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
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