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Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2011/12

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Results Exam

General Information

SWS/credit hrs: 3, credits: 6 ECTS
Lecturers: Alexander Bockmayr (AB), Heike Siebert (HS)
Language: German/English

Content

Fortgeschrittene Kenntnisse in der Modellierung und Simulation biochemischer, biophysikalischer oder biologischer Eigenschaften
molekularer Netzwerke, insbesondere in Hinsicht der Verknüpfung von experimentellen Ergebnissen, mathematischem Modell
und algorithmischer Umsetzung. Die Studentinnen und Studenten werden in die Lage versetzt, Modelle für molekulare Netzwerke
zu entwerfen und kritisch zu bewerten; sie lernen algorithmische Methoden zur Analyse solcher Modelle kennen, können ihre Aussagekraft
einschätzen und gewinnen eigene Anwendungserfahrungen.
Der Schwerpunkt in diesem Semester liegt in der diskreten Modellierung metabolischer und regulatorischer Netzwerke.

Dates

lecture: Fri 14-16h Arnimallee 3 SR 119
exercise: Di 12-14h Arnimallee 3 SR 210

Schedule

Date Type Lecturer Topic Lecture Material Additional Material
21.10.11 Lecture AB Metabolic networks, FBA Slides OrthThielePalsson10
25.10.11 Exercise AB      
28.10.11 Lecture AB FVA, Elementary flux modes Slides MahadevanSchilling03
04.11.11 Lecture AB Flux cone, MMBs Slides LarhlimiBockmayr09
08.11.11 Exercise AB      
11.11.11 Lecture AB Reaction classification, Flux coupling Slides David et al.11
18.11.11 Lecture HS Regulatory networks, PLDE models Slides  
25.11.11 Lecture HS Qualitative PLDE-based models   DeJong et al.04
29.11.11 Exercise HS   problem sheet  
02.12.11 Lecture HS Discrete models Slides Slides ChristensenAlbert07
09.12.11 Lecture HS Network modules Slides Milo et al. 02
13.12.11 Exercise HS   problem sheet DavidichBornholdt08, Musterloesung
16.12.11 Lecture HS FDS modules Slides Siebert11
06.01.12 Lecture HS FDS modules for input networks    
10.01.12 Exercise HS   problem sheet  
13.01.12 Lecture HS FDS contraction Slides, Slides Veliz-Cuba11
20.01.12 Lecture AB Regulatory FBA Slides CovertSchillingPalsson01
27.01.12 Lecture AB Petri net modeling Slides  
31.01.12 Exercise AB Example network   Chapter
03.02.12 Lecture AB Petri net modeling II Slides Article
10.02.12 Lecture AB Petri net modeling III Slides Article Snoopy
14.02.12 Exercise AB      
17.02.12 Klausur        

Literature

Topic Article Supplementary Material
Survey Metabolic Networks TerzerMaynardCovertStelling09  
Flux Balance Analysis OrthThielePalsson10 Supplementary Tutorial
COBRA Toolbox Schellenberger et al.11 COBRA
Flux Variability Analysis MahadevanSchilling03  
Elementary Flux Modes deFiguieredo et al.09 efmtool
Minimal Metabolic Behaviors LarhlimiBockmayr09, Rezola et al.09  
Inner and Outer Descriptions LarhlimiBockmayr08  
Flux Coupling Analysis David et al.11 FFCA
Piecewise Linear Models DeJong et al.04  
Boolean yeast cell cycle model DavidichBornholdt08  
Graphtheoretical notions ChristensenAlbert07  
Network Motifs Milo et al. 02, Kashani et al. 09 (Algorithms) Alon's page, Mavisto
FDS modules Siebert11  
FDS contraction Veliz-Cuba11  
Petri net modeling I SimaoRemyThieffryChaouiya05  
Petri net modeling II BockmayrPalinkas11  

Credit requirements

(to be completed)

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