Willkommen im Vorlesungs-Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2011

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Klausurergebnisse

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Allgemeine Informationen

SWS: 3+1+2
Credits: 10 ECTS
Dozenten: Alexander Bockmayr, Martin Vingron, Roland Krause
Sprache: Deutsch

Inhalt

Modellierung, Simulation und Analyse molekularer und zellulärer Netzwerke;
kontinuierliche, diskrete, constraintbasierte und stochastische Modellierung

Termine

Vorlesung:	Mo 10-12h	Arnimallee 6 SR 025/026
Vorlesung 14-tägig:	Fr 10-12h	Arnimallee 6 SR 025/026	siehe auch Vorlesungsplan
Übung 14-tägig:	Fr 10-12h	Arnimallee 6 SR 025/026	siehe auch Vorlesungsplan
Seminar:	Mo 16-18h	Arnimallee 6 SR 025/026

Vorlesungsplan

Für eine detaillierte Übersicht der vom MPI gelesenen Vorlesungen gehen Sie bitte auf die MPI-Webseite

Datum	Veranstaltung	Thema	Vortragender	Materialien
01. Juli	Übung	Exam preparation	Bockmayr	Ex4.pdf Solution.pdf
02. Mai	Vorlesung	Unsupervised learning	Lasserre	siehe MPI-Webseite
02. Mai	Seminar	Clustering	Chefrai, Penzlin	siehe MPI-Webseite
03. Juni	Vorlesung	Discrete modeling	Bockmayr	Discr1.pdf
04. Juli	Vorlesung	Stochastic modeling	Bockmayr	Gillespie1.pdf Online-Lecture
04. Juli	Seminar	Hybrid modeling	Eckert, Matzig	SeminarHybrid.pdf
06. Mai	Vorlesung	Supervised learning	Lasserre	siehe MPI-Webseite
06. Juni	Vorlesung	Discrete modeling	Bockmayr
06. Juni	Seminar verschoben
08. Juli	Vorlesung	Stochastic modeling	Bockmayr	Gillespie2.pdf
09. Mai	Vorlesung	Graphical models	Lasserre	siehe MPI-Webseite
10. Juni	Übung	Continuous/discrete modeling	Bockmayr	Ex2.pdf
11. April	Vorlesung	Gene Expression	Vingron	siehe MPI-Webseite
11. April	Seminar	Gene Expression	Pommer, Bethune	siehe MPI-Webseite
11. Juli	Übung	Exam preparation	Bockmayr	Ex5.pdf
11. Juli	Seminar	Continuous modeling	Ozdoba, Wettig
13. Mai	Übung		Lasserre	siehe MPI-Webseite
13. Juni	keine Veranstaltung	Pfingstmontag
15. April	Vorlesung	Information Theory and networks	Vingron	siehe MPI-Webseite
15. Juli	Klausur
16. Mai	Vorlesung	Introduction/continuous modeling	Bockmayr	Intro.pdf Cont1.pdf
17. Juni	Vorlesung	Discrete modeling	Bockmayr	Discr2.pdf
18. April	Vorlesung	Protein protein interaction	Vingron	siehe MPI-Webseite
18. April	Seminar	Protein protein interaction	Krause	siehe MPI-Webseite
20. Mai	Vorlesung	Continuous modeling	Bockmayr	Cont2.pdf XPPAUT
20. Juni	Vorlesung	Discrete/constraint-based modeling	Bockmayr	Constr1.pdf
20. Juni	Seminar	Discrete modeling	Liebers, Mayer	SeminarDiscrete.pdf
22. April	keine Veranstaltung	Karfreitag
23. Mai	Vorlesung	Continuous modeling	Bockmayr	Sontag-Chap.1.6
24. Juni	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	Bockmayr	FBA_FVA.pdf
25. April	keine Veranstaltung	Ostermontag
27. Mai	Übung	Continuous modeling	Bockmayr	Ex1.pdf
27. Juni	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	Bockmayr	FCA.pdf Ex3.pdf
27. Juni	Seminar	Constraint-based modeling	Kuhring, Stolpe	SeminarConstrBas.pdf
29. April	Übung		Roland Krause	siehe MPI-Webseite
30. Mai	Vorlesung	Continuous modeling	Bockmayr	Cont3.pdf

Literatur

Übersicht der Materialien zu den vom MPI gelesenen Vorlesungen auf der MPI-Webseite

• Sontag ED. Lecture Notes on Mathematical Systems Biology. Rutgers Univ., Dec. 2010
• Tyson JJ, Chen K, Novak B. Network dynamics and cell physiology Nat Rev Mol Cell Biol. 2001 Dec;2(12):908-916

• Thomas R, Kaufman M. Multistationarity, the basis of cell differentiation and memory. II. Logical analysis of regulatory networks in terms of feedback circuits Chaos. 2001 Mar;11(1):180-195
• Bernot G, Comet JP, Richard A, Guespin J. Application of formal methods to biological regulatory networks: extending Thomas' asynchronous logical approach with temporal logic J Theor Biol. 2004 Aug 7;229(3):339-47
• Terzer M, Maynard ND, Covert MW, Stelling J. Genome-scale metabolic networks Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. 2009 Nov-Dec;1(3):285-97
• Marashi, SA, Bockmayr, A. Flux coupling analysis of metabolic networks is sensitive to missing reactions Biosystems. 2011 Jan;103(1):57-66
• Gillespie D. Numerical simulation for biochemical kinetics. In: Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology, Chapter 16, 2006 (Bibliothek)
• Gillespie D. A rigorous derivation of the chemical master equation Physica A 1992; 188: 404-425

In der FB-Bibliothek

• Braun M. Differential Equations and Their Applications. 4th ed, Springer, 1993.
• Strogatz SH. Nonlinear Dynamics and Chaos, Westview Press, 2001.
• Thomas R, D'Ari R. Biological Feedback. CRC Press, 1990. Online version
• Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology. MIT Press, 2006
• Wilkinson DJ. Stochastic Modelling for Systems Biology. Chapman & Hall/CRC, 2006

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