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Willkommen im Vorlesungs-Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2011

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Klausurergebnisse

Ergebnisse Nachklausur

Allgemeine Informationen

SWS: 3+1+2
Credits: 10 ECTS
Dozenten: Alexander Bockmayr, Martin Vingron, Roland Krause
Sprache: Deutsch

Inhalt

Modellierung, Simulation und Analyse molekularer und zellulärer Netzwerke;
kontinuierliche, diskrete, constraintbasierte und stochastische Modellierung

Termine

Vorlesung: Mo 10-12h Arnimallee 6 SR 025/026  
Vorlesung 14-tägig: Fr 10-12h Arnimallee 6 SR 025/026 siehe auch Vorlesungsplan
Übung 14-tägig: Fr 10-12h Arnimallee 6 SR 025/026 siehe auch Vorlesungsplan
Seminar: Mo 16-18h Arnimallee 6 SR 025/026  

Vorlesungsplan

Für eine detaillierte Übersicht der vom MPI gelesenen Vorlesungen gehen Sie bitte auf die MPI-Webseite

Datum Veranstaltung Thema Vortragender Materialien
11. April Vorlesung Gene Expression Vingron siehe MPI-Webseite
11. April Seminar Gene Expression Pommer, Bethune siehe MPI-Webseite
15. April Vorlesung Information Theory and networks Vingron siehe MPI-Webseite
18. April Vorlesung Protein protein interaction Vingron siehe MPI-Webseite
18. April Seminar Protein protein interaction Krause siehe MPI-Webseite
22. April keine Veranstaltung Karfreitag    
25. April keine Veranstaltung Ostermontag    
29. April Übung   Roland Krause siehe MPI-Webseite
02. Mai Vorlesung Unsupervised learning Lasserre siehe MPI-Webseite
02. Mai Seminar Clustering Chefrai, Penzlin siehe MPI-Webseite
06. Mai Vorlesung Supervised learning Lasserre siehe MPI-Webseite
09. Mai Vorlesung Graphical models Lasserre siehe MPI-Webseite
13. Mai Übung   Lasserre siehe MPI-Webseite
16. Mai Vorlesung Introduction/continuous modeling Bockmayr Intro.pdf Cont1.pdf
20. Mai Vorlesung Continuous modeling Bockmayr Cont2.pdf XPPAUT
23. Mai Vorlesung Continuous modeling Bockmayr Sontag-Chap.1.6
27. Mai Übung Continuous modeling Bockmayr Ex1.pdf
30. Mai Vorlesung Continuous modeling Bockmayr Cont3.pdf
03. Juni Vorlesung Discrete modeling Bockmayr Discr1.pdf
06. Juni Vorlesung Discrete modeling Bockmayr  
06. Juni Seminar verschoben      
10. Juni Übung Continuous/discrete modeling Bockmayr Ex2.pdf
13. Juni keine Veranstaltung Pfingstmontag    
17. Juni Vorlesung Discrete modeling Bockmayr Discr2.pdf
20. Juni Vorlesung Discrete/constraint-based modeling Bockmayr Constr1.pdf
20. Juni Seminar Discrete modeling Liebers, Mayer SeminarDiscrete.pdf
24. Juni Vorlesung/Übung Constraint-based modeling Bockmayr FBA_FVA.pdf
27. Juni Vorlesung/Übung Constraint-based modeling Bockmayr FCA.pdf Ex3.pdf
27. Juni Seminar Constraint-based modeling Kuhring, Stolpe SeminarConstrBas.pdf
01. Juli Übung Exam preparation Bockmayr Ex4.pdf Solution.pdf
04. Juli Vorlesung Stochastic modeling Bockmayr Gillespie1.pdf Online-Lecture
04. Juli Seminar Hybrid modeling Eckert, Matzig SeminarHybrid.pdf
08. Juli Vorlesung Stochastic modeling Bockmayr Gillespie2.pdf
11. Juli Übung Exam preparation Bockmayr Ex5.pdf
11. Juli Seminar Continuous modeling Ozdoba, Wettig  
15. Juli Klausur  

Literatur

Übersicht der Materialien zu den vom MPI gelesenen Vorlesungen auf der MPI-Webseite

In der FB-Bibliothek

  • Braun M. Differential Equations and Their Applications. 4th ed, Springer, 1993.
  • Strogatz SH. Nonlinear Dynamics and Chaos, Westview Press, 2001.
  • Thomas R, D'Ari R. Biological Feedback. CRC Press, 1990. Online version
  • Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology. MIT Press, 2006
  • Wilkinson DJ. Stochastic Modelling for Systems Biology. Chapman & Hall/CRC, 2006

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