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Willkommen im Vorlesungs-Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2011

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Klausurergebnisse

Ergebnisse Nachklausur

Allgemeine Informationen

SWS: 3+1+2
Credits: 10 ECTS
Dozenten: Alexander Bockmayr, Martin Vingron, Roland Krause
Sprache: Deutsch

Inhalt

Modellierung, Simulation und Analyse molekularer und zellulärer Netzwerke;
kontinuierliche, diskrete, constraintbasierte und stochastische Modellierung

Termine

Vorlesung: Mo 10-12h Arnimallee 6 SR 025/026  
Vorlesung 14-tägig: Fr 10-12h Arnimallee 6 SR 025/026 siehe auch Vorlesungsplan
Übung 14-tägig: Fr 10-12h Arnimallee 6 SR 025/026 siehe auch Vorlesungsplan
Seminar: Mo 16-18h Arnimallee 6 SR 025/026  

Vorlesungsplan

Für eine detaillierte Übersicht der vom MPI gelesenen Vorlesungen gehen Sie bitte auf die MPI-Webseite

Datum Veranstaltung Thema VortragenderSorted ascending Materialien
22. April keine Veranstaltung Karfreitag    
25. April keine Veranstaltung Ostermontag    
06. Juni Seminar verschoben      
13. Juni keine Veranstaltung Pfingstmontag    
16. Mai Vorlesung Introduction/continuous modeling Bockmayr Intro.pdf Cont1.pdf
20. Mai Vorlesung Continuous modeling Bockmayr Cont2.pdf XPPAUT
23. Mai Vorlesung Continuous modeling Bockmayr Sontag-Chap.1.6
27. Mai Übung Continuous modeling Bockmayr Ex1.pdf
30. Mai Vorlesung Continuous modeling Bockmayr Cont3.pdf
03. Juni Vorlesung Discrete modeling Bockmayr Discr1.pdf
06. Juni Vorlesung Discrete modeling Bockmayr  
10. Juni Übung Continuous/discrete modeling Bockmayr Ex2.pdf
17. Juni Vorlesung Discrete modeling Bockmayr Discr2.pdf
20. Juni Vorlesung Discrete/constraint-based modeling Bockmayr Constr1.pdf
24. Juni Vorlesung/Übung Constraint-based modeling Bockmayr FBA_FVA.pdf
27. Juni Vorlesung/Übung Constraint-based modeling Bockmayr FCA.pdf Ex3.pdf
01. Juli Übung Exam preparation Bockmayr Ex4.pdf Solution.pdf
04. Juli Vorlesung Stochastic modeling Bockmayr Gillespie1.pdf Online-Lecture
08. Juli Vorlesung Stochastic modeling Bockmayr Gillespie2.pdf
11. Juli Übung Exam preparation Bockmayr Ex5.pdf
02. Mai Seminar Clustering Chefrai, Penzlin siehe MPI-Webseite
04. Juli Seminar Hybrid modeling Eckert, Matzig SeminarHybrid.pdf
15. Juli Klausur  
18. April Seminar Protein protein interaction Krause siehe MPI-Webseite
27. Juni Seminar Constraint-based modeling Kuhring, Stolpe SeminarConstrBas.pdf
02. Mai Vorlesung Unsupervised learning Lasserre siehe MPI-Webseite
06. Mai Vorlesung Supervised learning Lasserre siehe MPI-Webseite
09. Mai Vorlesung Graphical models Lasserre siehe MPI-Webseite
13. Mai Übung   Lasserre siehe MPI-Webseite
20. Juni Seminar Discrete modeling Liebers, Mayer SeminarDiscrete.pdf
11. Juli Seminar Continuous modeling Ozdoba, Wettig  
11. April Seminar Gene Expression Pommer, Bethune siehe MPI-Webseite
29. April Übung   Roland Krause siehe MPI-Webseite
11. April Vorlesung Gene Expression Vingron siehe MPI-Webseite
15. April Vorlesung Information Theory and networks Vingron siehe MPI-Webseite
18. April Vorlesung Protein protein interaction Vingron siehe MPI-Webseite

Literatur

Übersicht der Materialien zu den vom MPI gelesenen Vorlesungen auf der MPI-Webseite

In der FB-Bibliothek

  • Braun M. Differential Equations and Their Applications. 4th ed, Springer, 1993.
  • Strogatz SH. Nonlinear Dynamics and Chaos, Westview Press, 2001.
  • Thomas R, D'Ari R. Biological Feedback. CRC Press, 1990. Online version
  • Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology. MIT Press, 2006
  • Wilkinson DJ. Stochastic Modelling for Systems Biology. Chapman & Hall/CRC, 2006

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