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Willkommen im Wiki der Vorlesung "Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik"

Nachrichten

  • 17.09.2010 (Reinert): Das Semester beginnt am 1. Oktober. Bitte bereiten Sie sich schon auf die erste Vorlesung vor (zwei Wochen vorher) Klicken Sie hier. Für den praktischen Teil ist es Pflicht den C++ Programmierkurs zu besuchen !!!
  • 19.11.2010 (Weese): Die aktuellen Praktikumspunkte jeder Gruppe sind nun einsehbar, siehe Ergebnisse (unten).
  • 03.12.2010 (Weese): Der Review 1 zur VL findet am Do, 09.12. zum VL-Termin statt. Der Code-Review 1 (Praktikum) findet am Di, 14.12., ab 12:30 bzw. 13:30 im Bio-Pool statt. Tragen Sie sich hier zu einem der beiden Termine ein.
  • 03.02.2010 (Weese): Der Code-Review 2 (Praktikum) findet am Di, 08.02 im Bio-Pool statt. Tragen Sie sich hier zu einem Termin ein. Der Review 2 findet am Do, 10.02. zum VL-Termin statt.

Vorlesung

Daten

Dieses Jahr hat die Vorlesung zum ersten mal 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Veranstaltung Tag Zeit Gebäude Raum
Vorlesung Do 14-16 Takustr. 9 005
Übung I Di 10-12 Arnimallee 7 140
Übung II Di 14-16 Takustr. 9 055
Übung III Mi 10-12 Takustr. 9 055
Praktikum Fr (ungerade) 10-12 Takustr. 9 006
Tutorium I Di (gerade) 12-14 Arnimallee 6 017
Tutorium II Di (gerade) 14-16 Arnimallee 6 017
Nachklausur Do 16–18 Takustr. 9 006

Inhalte

Block Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden 21.10.-28.10
Sequenz Alignment 04.11.-18.11.
Filtering und Alignment Heuristiken 25.11.-16.12
Review 1 09.12.
Multiples Alignment 06.01.
Formale Sprachen 13.01.-20.01.
Hidden Markov Modelle 27.01.-03.02
Review 2 10.2.2011
Examination 17.2.2011
Nachklausur 14.4.2011

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

  • Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
  • Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
  • Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
  • Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
  • Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
  • Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe: Immer montags, spätestens 15:00 Uhr im Postfach "Tutoren" im Sekretariat Raum 013, Takustr. 9.

Praktikum

Daten

Das Praktikum besteht aus:
  • Praktikumsvorlesung
    • alle 2 Wochen, freitags 10-12 c.t.
  • Praktikumsaufgaben
    • stehen auf jedem zweiten Übungszettel
    • knapp 2 Wochen zur Bearbeitung
    • Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
    • 75% der Praktikumsaufgaben lösen
    • Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
  • Tutorien
    • fakultativ, bei Fragen oder Problemen
    • dienstags, 12-14 und 14-16 in den Wochen zwischen den P-VLs
    • tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein

Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden. Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten. Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden. Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.

Hinweise zur Abgabe

  • Jede Gruppe erhält ein SVN-Verzeichnis unter https://svn.mi.fu-berlin.de/agbio/aldabi/ws10/gruppeX
  • Die Lösung jeder Aufgabe muss als Datei mit dem Titel aufgabeY.cpp (Kleinschreibung beachten, keine Unterordner!) bis zum Abgabetermin eingecheckt werden
  • Ihr Programm muss u.a. auf einem Linux-Poolrechner (https://wiki.mi.fu-berlin.de/w/IT/ServicesStudentPools) kompilieren mit g++ -pedantic -Wall -ansi -fopenmp -O3 -o aufgabeY aufgabeY.cpp
  • Beachten Sie genau die Hinweise zum jeweiligen Ein- und Ausgabeformat auf den Aufgabenblättern
  • Zusätzliches Material zu den Aufgaben

Inhalte

Block Datum
Einführung, Subversion, Standard Template Library 22.10.
Debugger, Profiler, Zeitmessung 05.11.
Speicherhierarchie, Speicheroptimierung 19.11.
Parallelprogrammierung, OpenMP 03.12.
Code Review 1 14.12.
Parallelprogrammierung (II), q-gram Hashing und Index 17.12.
Templates 14.01.
File I/O 28.01.
Code Review 2 08.02.
Software Libraries 11.02.

Ergebnisse

Praktikum

Review 1

Matrikelnummer Punkte
9370 57.5
6620 83
5525 68.5
7130 85
9371 72.5
2305 80
5137 11
0938 73.5
4220 71
3221 65.5
3617 69
0902 32
8476 43
4853 58
4362 44.5
7171 47
8427 35
1779 63.5
2467 88
2142 66
6546 57
4257 86.5
6903 79
1220 39
5789 90
9252 73
0964 79
2117 79
1530 40
1640 70
1789 89
3588 72.5
5887 82.5
0371 51
7500 72.5
9991 81
9905 89
2427 48
8508 82
8791 65

Review 2

Matrikelnummer Punkte
0371 24*
0902 0
0938 48
0964 57
1220 35*
1530 13*
1640 46
1779 63.5
1789 68
2117 58
2142 60
2305 65
2427 59
2467 66.5
3221 66
3588 48
3617 48.5
4220 38
4257 78
4362 45.5
4853 0
5137 12*
5525 82
5789 82
5887 55
6546 47
6620 73
6903 58
7130 83.5
7171 60
7500 53
8427 38*
8476 0
8508 45
8791 44
9252 63
9370 0
9371 81
9905 80
9991 50

Leute mit einem Stern (*) haben insgesamt nicht bestanden.

Klausur

Matrikelnummer Note
xxx6620 2.0
xxx5525 2.7
xxx7130 2.0
xxx9371 2.3
xxx3971 3.7
xxx2305 2.3
xxx0938 4.0
xxx4220 3.3
xxx3221 3.7
xxx3617 4.0
xxx4362 5.0
xxx7171 4.0
xxx8427 5.0
xxx1779 4.0
xxx1051 3.7
xxx2467 3.3
xxx2142 3.3
xxx6546 3.3
xxx4257 1.7
xxx6903 3.3
xxx1220 4.0
xxx5789 1.3
xxx9252 3.0
xxx0964 2.7
xxx2117 2.3
xxx1530 3.7
xxx1640 4.0
xxx1789 1.0
xxx3588 3.7
xxx5887 2.7
xxx0371 3.3
xxx7500 3.0
xxx9991 3.0
xxx9905 1.3
xxx2427 4.0
xxx8508 2.0
xxx8791 3.3
xxx9185 3.3
xxx8704 2.3
xxx8301 4.0
xxx2910 4.0

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS10/ einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4

 
Topic revision: r52 - 28 Mar 2011, KonradRudolph
 
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