Aufgabe 3: Flux Variability Analysis
Deadline: Mittwoch, 25.03.2015
Schreibe ein Programm, dass:
- ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem .mat file, welches "network" heißt, wie in Aufgabe 1 beschrieben.
- ein zweites Argument einliest, welches entweder BIOMASS oder der Namen einer Reaktion ist
- ein drittes Argument einliest, welches der Name des Outputfiles ist.
Das Programm soll die Fluss-Variabilität jeder Reaktion berechnen.
Ausgabe-Format:
- Ausgegeben werden sollen drei .txt Files die den Namen des Outputfiles haben und als Ergänzung
_variable
, _notvariable
oder _notused
.
- Der
variable
file soll aus drei Spalten bestehen:
- in der ersten stehen die Namen der Reaktionen, geordnet nach ihrem Index
- in der zweiten Spalte steht der maximale Fluss der durch die entsprechende Reaktion gehen kann
- in der dritten Spalte steht der minimale Fluss der durch die entsprechende Reaktion gehen kann
- Überschrift der Spalten soll entsprechend sein:
- Der
notvariable
file soll aus zwei Spalten bestehen:
- in der ersten stehen die Namen der Reaktionen, geordnet nach ihrem Index. In der ersten Zeile steht die Biomasse-Reaktion oder die Reaktion die maximiert werden sollte
- in der zweiten Spalte steht der Fluss, der durch die entsprechende Reaktion geht
- Der
notused
file soll aus einer Spalte bestehen, indem die Reaktionen nach ihrem Index aufgelistet sind, die nie Fluss im betrachteten Fall haben.