Aufgabe 3: Flux Variability Analysis

Deadline: Mittwoch, 25.03.2015

Schreibe ein Programm, dass:

• ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem .mat file, welches "network" heißt, wie in Aufgabe 1 beschrieben.
• ein zweites Argument einliest, welches entweder BIOMASS oder der Namen einer Reaktion ist
• ein drittes Argument einliest, welches der Name des Outputfiles ist.

Das Programm soll die Fluss-Variabilität jeder Reaktion berechnen.
Ausgabe-Format:

• Ausgegeben werden sollen drei .txt Files die den Namen des Outputfiles haben und als Ergänzung _variable, _notvariable oder _notused.
• Der variable file soll aus drei Spalten bestehen:
  • in der ersten stehen die Namen der Reaktionen, geordnet nach ihrem Index
  • in der zweiten Spalte steht der maximale Fluss der durch die entsprechende Reaktion gehen kann
  • in der dritten Spalte steht der minimale Fluss der durch die entsprechende Reaktion gehen kann
• Überschrift der Spalten soll entsprechend sein:
  • Name
  • Max Value
  • Min Value
• Der notvariable file soll aus zwei Spalten bestehen:
  • in der ersten stehen die Namen der Reaktionen, geordnet nach ihrem Index. In der ersten Zeile steht die Biomasse-Reaktion oder die Reaktion die maximiert werden sollte
  • in der zweiten Spalte steht der Fluss, der durch die entsprechende Reaktion geht
• Der notused file soll aus einer Spalte bestehen, indem die Reaktionen nach ihrem Index aufgelistet sind, die nie Fluss im betrachteten Fall haben.