Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2011/12

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Results Exam

General Information

SWS/credit hrs: 3, credits: 6 ECTS
Lecturers: Alexander Bockmayr (AB), Heike Siebert (HS)
Language: German/English

Content

Fortgeschrittene Kenntnisse in der Modellierung und Simulation biochemischer, biophysikalischer oder biologischer Eigenschaften
molekularer Netzwerke, insbesondere in Hinsicht der Verknüpfung von experimentellen Ergebnissen, mathematischem Modell
und algorithmischer Umsetzung. Die Studentinnen und Studenten werden in die Lage versetzt, Modelle für molekulare Netzwerke
zu entwerfen und kritisch zu bewerten; sie lernen algorithmische Methoden zur Analyse solcher Modelle kennen, können ihre Aussagekraft
einschätzen und gewinnen eigene Anwendungserfahrungen.
Der Schwerpunkt in diesem Semester liegt in der diskreten Modellierung metabolischer und regulatorischer Netzwerke.

Dates

lecture:	Fri 14-16h	Arnimallee 3 SR 119
exercise:	Di 12-14h	Arnimallee 3 SR 210

Schedule

Date	Type	Lecturer	Topic	Lecture Material	Additional Material
21.10.11	Lecture	AB	Metabolic networks, FBA	Slides	OrthThielePalsson10
25.10.11	Exercise	AB
28.10.11	Lecture	AB	FVA, Elementary flux modes	Slides	MahadevanSchilling03
04.11.11	Lecture	AB	Flux cone, MMBs	Slides	LarhlimiBockmayr09
08.11.11	Exercise	AB
11.11.11	Lecture	AB	Reaction classification, Flux coupling	Slides	David et al.11
18.11.11	Lecture	HS	Regulatory networks, PLDE models	Slides
25.11.11	Lecture	HS	Qualitative PLDE-based models		DeJong et al.04
29.11.11	Exercise	HS		problem sheet
02.12.11	Lecture	HS	Discrete models	Slides Slides	ChristensenAlbert07
09.12.11	Lecture	HS	Network modules	Slides	Milo et al. 02
13.12.11	Exercise	HS		problem sheet	DavidichBornholdt08, Musterloesung
16.12.11	Lecture	HS	FDS modules	Slides	Siebert11
06.01.12	Lecture	HS	FDS modules for input networks
10.01.12	Exercise	HS		problem sheet
13.01.12	Lecture	HS	FDS contraction	Slides, Slides	Veliz-Cuba11
20.01.12	Lecture	AB	Regulatory FBA	Slides	CovertSchillingPalsson01
27.01.12	Lecture	AB	Petri net modeling	Slides
31.01.12	Exercise	AB	Example network		Chapter
03.02.12	Lecture	AB	Petri net modeling II	Slides	Article
10.02.12	Lecture	AB	Petri net modeling III	Slides	Article Snoopy
14.02.12	Exercise	AB
17.02.12	Klausur

Literature

Topic	Article	Supplementary Material
Survey Metabolic Networks	TerzerMaynardCovertStelling09
Flux Balance Analysis	OrthThielePalsson10	Supplementary Tutorial
COBRA Toolbox	Schellenberger et al.11	COBRA
Flux Variability Analysis	MahadevanSchilling03
Elementary Flux Modes	deFiguieredo et al.09	efmtool
Minimal Metabolic Behaviors	LarhlimiBockmayr09, Rezola et al.09
Inner and Outer Descriptions	LarhlimiBockmayr08
Flux Coupling Analysis	David et al.11	FFCA
Piecewise Linear Models	DeJong et al.04
Boolean yeast cell cycle model	DavidichBornholdt08
Graphtheoretical notions	ChristensenAlbert07
Network Motifs	Milo et al. 02, Kashani et al. 09 (Algorithms)	Alon's page, Mavisto
FDS modules	Siebert11
FDS contraction	Veliz-Cuba11
Petri net modeling I	SimaoRemyThieffryChaouiya05
Petri net modeling II	BockmayrPalinkas11

Credit requirements

(to be completed)

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