Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik
In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, Endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, Multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.
In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.
Im Praktikum wird zunächst eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Programmiersprache gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt.
Wichtiger Hinweis: Das Modul "Programmierkurs C++" (19615) ist Teil dieses Kurses.
(19700)
| Type | Vorlesung + Übung+Praktikum | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Instructor | Knut Reinert, Enrico Siragusa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Homepage | https://www.mi.fu-berlin.de/w/ABI/AlDaBiWS11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Credit Points | 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Start | Oct 20, 2010 | 02:00 PM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Student Profile
Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester.
Literature
Generelle Bücher:
- Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
- David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
- Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
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