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Willkommen im Wiki der Vorlesung "Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik"

Nachrichten

  • 16.4.2012 (Reinert): Die Ergbnisse der zweiten Klausur stehen weiter unten
  • 20.3.2012 (Reinert): Die zweite Klausur findet am Donnerstag, dem 12. April 2012, von 14.15 bis 15.45, in SR 032 Arnimallee 6 statt. Bitte bringen Sie einen Taschenrechner mit.
  • Die Klausurergebnisse sind online
  • Hier können Sie das Ergebnis der Evaluation sehen: Evaluationsergebnis
  • Termin Klausureinsicht: Montag, 5. März, Büro Reinert (T9 012), 11 Uhr.

Vorlesung

Daten

Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Veranstaltung Tag Zeit Gebäude Raum
Vorlesung Do 14-16 Takustr. 9 SR005
Übung I Di 10-12 Arnimallee 7 SR140
Übung II Di 14-16 Takustr. 9 K40
Übung III bis 7.12. Mi 12-14 Arnimalle 6 SR031
Übung III ab 15.12. Do 8-10 Takustr. 9 K40
Praktikum Do (ungerade) 12-14 Takustr. 9 SR006
Tutorium I Di (gerade) 12-14 Arnimallee 6 SR017
Tutorium II Di (gerade) 14-16 Arnimallee 6 SR017

Inhalte

Block Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden 20.10.-27.10
Sequenz Alignment 03.11.-17.11.
Filtering und Alignment Heuristiken 24.11.-08.12
Review 1 (Übung) Mi 07.12. A6, SR031
Multiples Alignment 15.12.
Formale Sprachen 05.01.-12.01.
Hidden Markov Modelle 19.01.-26.01
Review 2 (Vorlesung) 02.02.2012
Wiederholung 09.02.2012
Examination 16.2.2012

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

  • Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
  • Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
  • Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
  • Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
  • Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
  • Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe: Immer montags, spätestens 15:00 Uhr im Postfach "Tutoren" im Sekretariat Raum 013, Takustr. 9.

Praktikum

Daten

Das Praktikum besteht aus:
  • Praktikumsvorlesung
    • Alle 2 Wochen, donnerstags 12-14 c.t. Erster Termin am 20.10.
  • Praktikumsaufgaben
    • Stehen auf jedem zweiten Übungszettel
    • Knapp 2 Wochen zur Bearbeitung
    • Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
    • 75% der Praktikumsaufgaben lösen
    • Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
  • Tutorien
    • Fakultativ, bei Fragen oder Problemen
    • Dienstags, 12-14 und 14-16 in den Wochen zwischen den P-VLs.
    • Tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein

Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden. Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten. Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden. Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.

Hinweise zur Abgabe

  • Jede Gruppe erhält ein SVN-Verzeichnis unter https://svn.mi.fu-berlin.de/agbio/aldabi/ws11/gruppeX
  • Die Lösung jeder Aufgabe muss als Datei mit dem Titel aufgabeY.cpp (Kleinschreibung beachten, keine Unterordner!) bis zum Abgabetermin eingecheckt werden
  • Ihr Programm muss u.a. auf einem Linux-Poolrechner (https://wiki.mi.fu-berlin.de/w/IT/ServicesStudentPools) kompilieren mit g++ -pedantic -Wall -ansi -fopenmp -O3 -o aufgabeY aufgabeY.cpp
  • Beachten Sie genau die Hinweise zum jeweiligen Ein- und Ausgabeformat auf den Aufgabenblättern
  • Zusätzliches Material zu den Aufgaben

Inhalte

Block Datum
Einführung, Subversion, Standard Template Library 20.10.
Debugger, Profiler, Zeitmessung 03.11.
Speicherhierarchie, Speicheroptimierung 17.11.
Parallelprogrammierung, OpenMP 01.12.
Code Review 1 13.12.
Parallelprogrammierung (II), q-gram Hashing und Index 15.12.
OOP 12.01.
Templates 26.01.
Code Review 2 10.02.
Software Libraries 09.02.

Ergebnisse

Praktikum

Reviews

Mtr.nr. Review 1 (80) Review 2 (80) Summe
2601739 36 59 95
4308973 35 54 89
4360068 41 55 96
4377616 63,5 61 124,5
4398427 49 39 88
4401135 48 53 101
4422710 49 57 106
4425606 72 72 144
4448054 48 75 123
4448306 32 59 91
4448435 68 73 141
4449063 53 63 116
4449223 49 62 111
4450178 70 74 144
4450560 47 54 101
4450719 58 67 125
4452669 47 63 110
4453144 57 77 134
4453224 38 56 94
4453445 42 66 108
4453598 53 66 119
4454398 39 62 101
4455186 45,5 63 108,5
4455280 60 69 129
4455402 40,5 20 60,5
4456435 53 61 114
4458232 35 60 95
4458963 32 55 87
4460196 35 28 63
4463057 52 69 121
4464484 47 53 100
4464969 40 63 103
4465235 45 61 106
4466742 43,5 66 109,5
4466846 66 56 122
4467173 34 44 78
4468784 66 55 121
4469399 40 60 100
4469744 67 58 125
4473468 64,5 59 123,5
4474140 58 56 114
4474686 52 69 121
4476041 61 60 121
4477511 45 48 93
4478949 55 48 103
4478998 42,5 63 115,5

Fall Ihr Ergebnis nicht in der Liste auftaucht, Sie nicht mitgeschrieben haben und/oder Ihnen Punkte fehlen, melden Sie sich bitte bei einem der Tutoren.

Klausur

Die Klausur wurde ausgewertet. Unten die vorläufigen Ergebnisse.
xxx3149 58 2.7
xxx1739 42.5 4.0
xxx9063 42 4.0
xxx1135 58.5 2.7
xxx0196 29 5.0
xxx5235 58.5 2.7
xxx6742 53 3.0
xxx3598 67.5 2.0
xxx3144 62.5 2.3
xxx7511 25.5 5.0
xxx8232 64 2.3
xxx4398 44.5 3.7
xxx4484 40 4.0
xxx8784 54.5 3.0
xxx9744 66.5 2.0
xxx0719 66.5 2.0
xxx4969 58 2.7
xxx0068 46.5 3.7
xxx3057 64.5 2.3
xxx2710 50 3.3
xxx8427 41.5 4.0
xxx3224 46 3.7
xxx6041 51 3.3
xxx5606 71.5 1.7
xxx6846 74.5 1.3
xxx2669 26 5.0
xxx8306 59.5 2.7
xxx6435 45 3.7
xxx5402 42 4.0
xxx5280 72 1.7
xxx4140 56 3.0
xxx8435 68 2.0
xxx8973 59 2.7
xxx8949 46 3.7
xxx3445 55.5 3.0
xxx3468 46.5 3.7
xxx4686 59 2.7
xxx9223 41 4.0
xxx5186 66 2.0
xxx5174 74.5 1.3
xxx8963 36 5.0
xxx0560 54.5 3.0
xxx7173 38.5 5.0
xxx9399 47.5 3.7
xxx9384 52 3.3
xxx2052 62.5 2.3
xxx4895 17 5.0
xxx2952 62.5 2.3

2. Klausur

xxx0196 15.5 5.0
xxx7511 17 5.0
xxx0178 83 1.0
xxx8054 62 2.3
xxx7260 82 1.0
xxx8963 54 3.0
xxx7173 34 5.0
xxx7616 71 1.7

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS11/ einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
Topic revision: r26 - 16 Apr 2012, KnutReinert
 
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