Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2018

Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" - SeqAn - für BSc-Studenten.

Alle Zeiten sind s.t., also wie außerhalb der Uni zu verstehen. wink

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.
Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regelmäßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.

Viele der Projekte lassen sich auch als Bachelor-Arbeiten fortführen!

Anmeldung: siehe http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/studienablauf/projektmanagement.html

Ansprechpartner: hannes.hauswedell [ät] fu-berlin.de

C++ Ressourcen

Voraussetzungen

Mit Ausnahme einzelner Projekte sollte man Erfahrung oder zumindest sehr viel Begeisterung mitbringen für:

  • C++
  • Knifflige Programmierprobleme und Debugging
  • Performance-Optimierungen

Aufteilung auf die Teilprojekte

Teilprojekt StudentIn BetreuerIn
1. Transforming SeqAn-C++ into WebAssembly   - fällt aus -
2. A simple Motif finder based on random projections   Christopher Pockrandt
3. Genome sized alignment (LAGAN)   Jörg Winkler
4. Evaluation of an Interleaved Bloom Filter on random sequences   Enrico Seiler  
5. Detection of homologous regions with FFT   Marie Hoffmann  

Zeitplan

Datum Termin/Dauer Ort Inhalt
9.4-13.4. 2018 10-18Uhr t9/046 Tutorials
... ... ... Ausarbeitung der Projektpläne (selbstständig)
25.4.2018 10-13h 019 Vorstellung der Projektpläne
... ... ... Programmieren und Anfertigen des Berichts (selbständig mit regelmäßigen Treffen)
1.6.2018 13-16h K40 Vorstellung der Ergebnisse

Die Tutorials finden alle in der Takustraße 9, Raum 046 statt. Der vorläufige Zeitplan ist wie folgt:

Datum Termin/Dauer Inhalt Lehrperson
9.4. 10:00 - 10:30 Organisatorisches Hannes
9.4. 10:30 - 13:00 C++ Crashkurs Hannes
9.4. 13:00 - 14:00 Mittagspause  
9.4. 14:00 - 15:00 C++ Crashkurs Hannes
9.4. 15:00 - 18:00 CMake, Git, GitHub Marcel
10.4. 10:00 - 13:00 Debugger nutzen Rene
10.4. 13:00 - 14:00 Mittagspause  
10.4. 14:00 - 18:00 SeqAn-Basics/Sequenzen Hannes
11.4. 10:00 - 13:00 SeqAn-ArgParser Svenja
11.4. 13:00 - 14:00 Mittagspause  
11.4. 14:00 - 18:00 SeqAn-IndexFM/SA Chris
12.4. 10:00 - 13:00 SeqAn-Alignments Rene
12.4. 13:00 - 14:00 Mittagspause  
12.4. 14:00 - 15:00 SeqAn-Alignments Rene
12.4. 15:00 - 18:00 Projektplanung Jörg
13.4. 10:00 - 13:00 SeqAn-SeqI/O Marie
13.4. 13:00 - 14:00 Mittagspause  
13.4. 14:00 - 18:00 Festlegung-Projekte Hannes,Chris, Enrico,Rene, Marie

Der Abschlussbericht

Die Form des Abschlussberichtes soll ein Projektbericht sein. Als Orientierung dient die folgende Gliederung:

1. Projektziele: Projektbeschreibung, Ziele (obligatorische, fakultative)

2. Risikoanalyse: (optional) Erfassung & Klassifizierung von Projektrisiken, Maßnahmen

3. Phasenplanung: Beschreibung der Projektphasen und Meilensteine

4. Projektstruktur: Darstellung des Projektstrukturplans, Beschreibung der Arbeitspakete

5. Ablauf- und Terminplanung: Projektablaufplan, Kritischer Pfad

6. Durchführung: Lösungsweg, aufgetretene Probleme

7. Projektabschluss: Abgleich Ziele/Ergebnisse, Ausblick, Reflexion des Projektes

Der Abschlussbericht soll detailliert darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Die Abschlusspräsentation (1. Juni)

Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört u.a. eine kurze Einführung in die Thematik, die Problemlösung und Implementierung. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Vergleichen Sie, welche Ziele Sie sich vorgenommen haben und welche davon erreicht wurden. (Orientieren Sie sich an den Kapiteln 1, 6 und 7 der oben genannten Gliederung.)

Die Präsentation der Projektpläne (25. April)

beinhaltet im Wesentlichen Kapitel 1 bis 5 der oben genannten Gliederung, möglicherweise ergänzt durch Ideen/Ansätze zur Lösung der Aufgabe.

Formular für den Jour fixe (wöchentlich)

Links

  • Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
  • SeqAn GitHub: SeqAn's GitHub repository mit allen aktuellen Informationen, Entwicklung sowie Bug Tracker und vieles mehr.
  • SeqAn Dokumentation: Die Dokumentation von dem SeqAn master branch.
  • SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
  • SeqAn Issues: Bug Tracker in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.
Topic revision: r16 - 28 May 2018, HannesHauswedell
 
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