Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2014
(19588a und 19588b)

  • Einführung in Software Engineering am Freitag entfällt leider!

Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" - SeqAn - für BSc-Studenten.

Alle Zeiten sind s.t., also wie außerhalb der Uni zu verstehen. wink

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.
Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regelmäßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.

C++ Ressourcen

  • Die URL fuer das SeqAn Repository ist https://github.com/holtgrewe/seqan/branches/pmsb_2014

Teilnehmer

Name
Jonas Ditz
Irene Ziska
Jonathan Baumann
Deyan Dzhurov

Aufteilung auf die Teilprojekte

Name Teilprojekt
  0. Projektübersicht: Projektübersicht (Lies mich zuerst!)
Deyan 1. Read mapper: Einfacher, exakter read mapper (Rahn)
Jonas 2. SNP caller: Bayesian SNP caller nach realignment (Krakau)
Irene 3. Split read mapping: Split read mapping von nicht-alignierten reads mit small indels (Singer)
Jonathan 4. Insert assembly: Assemble larger inserts and anchor them (Holtgrewe)

Zeitplan

Datum Termin/Dauer Name Ort
Di, 01.04.2014 14-16 Uhr Vorbesprechung K40, Takustr. 9 (UG)
07.04.-11.04.2014 9-18 Uhr SeqAn-Tutorial, Aufteilung der Teilprojekte RR 017, Arnimallee 6
23.04.2014 09-12 Uhr Vorstellung der Projektpläne K40, Takustr. 9 (UG)
23.05.2014 23:59 Uhr Abgabe des Abschlussberichts (per Email)
28.05.2014 10-18 Uhr Vorstellung der Ergebnisse; 12-14 Uhr Mittagspause K40, Takustr. 9 (UG)

Zeitplan der Tutorial-Woche vom 07.04.-11.04.2014

Datum Termin/Dauer Titel Tutor
07.04.2014 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: First Steps Manuel Holtgrewe
  13-18 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Sequences, Iterators, Alphabets, StringSets Oliver Stolpe
08.04.2014 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Alignments Rene Rahn
  13-18 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Sequence I/O Manuel Holtgrewe
09.04.2014 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Pattern Matching Jochen Singer
  13-18 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Indices Jochen Singer
10.04.2014 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: FragmentStore Leon Kuchenbecker
  13-16 Uhr s.t. Test Driven Development Björn Kahlert, Manuel Holtgrewe
  16 Uhr s.t. Aufteilung der Teilprojekte alle
11.04.2014 09-12 Uhr s.t. ENTFÄLLT Einführung in Softwareengineering Björn Kahlert
  13-16 Uhr s.t. ENTFÄLLT Einführung in Softwareengineering Björn Kahlert

Entwicklungsumgebungen IDEs

Wir unterstützen im Rahmen dieses Praktikums die folgenden Entwicklungsumgebungen / Betriebssysteme.

Windows Visual Studio 2010, Download über MSDN Academic Alliance des Fachbereichs.
Linux Makefiles mit GCC oder LLVM/CLANG 3.0
Mac Os X Xcode

Subversion Repository

Einrichtung von SeqAn für das Praktikum in Kurzform:

  • SeqAn auschecken: https://github.com/holtgrewe/seqan/branches/pmsb_2014 nach SeqAn-Verzeichnis (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
  • Die Sandbox des Benutzers ${USER} auschecken nach SeqAn-Verzeichnis/sandbox/${USER}. (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
  • Build Verzeichnis build erstellen, z.B. parallel zu Seqan-Verzeichnis
  • Im build Verzeichnis das erste mal cmake ../Seqan-Verzeichnis ausführen. Danach reicht ein cmake . im build Verzeichnis.

Abhängigkeiten

Wir brauchen für SeqAn neben den Entwicklungsumgebungen (s.o.) die folgenden Softwarepakete: Subversion, CMake. Python wird empfohlen, wir brauchen Python 2.X, nicht Python 3.

Windows

Mac Os X

  • Install the XCode Tools through the App Store

Linux

  • z.B. auf aktuellem Ubuntu: sudo apt-get install subversion cmake python2.7

Vorlagen für Abschlussbericht und Präsentationen

Der Abschlussbericht soll detailliert auf 2-3 Seiten darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus? Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört eine kurze Einführung in die Thematik. Diese sollte sich jedoch auf das wesentliche beschränken, sodass Sie noch genug Zeit haben auf den Schwerpunkt Ihres Praktikums, also die Problemlösung und Implementierung, einzugehen. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Formular für regelmäßiges progress meeting

Links

  • Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
  • SeqAn Dokumentation: Die aktuellste Version der Doku.
  • SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
  • SeqAn Trac: System für Fehlerreports in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.
Topic revision: r23 - 23 Apr 2014, ManuelHoltgrewe
 
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