Projektmanagement im Softwarebereich - SeqAn 2013
Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum
Projektmanagement im Softwarebereich - SeqAn.
Alle Zeiten sind s.t. also wie ausserhalb der Uni zu verstehen
Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht.
Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbstständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.
Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regeläßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.
Teilnehmer
Aufteilung auf die Teilprojekte
| Name |
Teilprojekt |
| Lars & Stephan |
1. Mini-PEMer: Nachimplementierung des Kerns von PEMer (Holtgrewe) |
| Antje & Daniel |
2. Mini-FASTQC: NGS Quality Control (Holtgrewe) |
| Sebastian & Benjamin |
3. NGS Data Postprocessing: Entfernen technischer Artefakte und Barcode Demultiplexing von NGS Daten (Kuchenbecker) |
| Dennis & Moritz |
4. Lagan: Nachimplementierung des Lagan-Algorithmus zum Alignieren genomischer Sequenzen (Rahn) |
| Marjan & Annkatrin |
5. BlastX: Implementierung einer BlastX Variante (Singer) |
| Hannes & Jakob |
6. Blast & Clustering: Implementierung eines Algorithmus zum Clustern und Vergleichen von DNA-Sequenzen (Kuchenbecker) |
Zeitplan
| Datum |
Termin/Dauer |
Name |
Ort |
| 02.04.2013 |
14 Uhr |
Vorbesprechung |
R053, Takustr. 9 |
| 08.04.-12.04.2013 |
9-18 Uhr |
SeqAn-Tutorial, Aufteilung der Teilprojekte |
R017, Arnimallee 6 |
| 24.04.2013 |
14 Uhr |
Vorstellung der Projektpläne |
R017, Arnimallee 6 |
| 24.05.2013 |
23:59 Uhr |
Abgabe des Abschlussberichts |
R017, Arnimallee 6 |
| 29.05.2013 |
10-18 Uhr |
Vorstellung der Ergebnisse; 12-14 Uhr Mittagspause |
R009, Arnimallee 6 |
Zeitplan der Tutorial-Woche vom 8.4.-12.4.
| Datum |
Termin/Dauer |
Titel |
Tutor |
| 08.04.2013 |
09-12 Uhr s.t. |
Einführung in Softwareengineering |
Björn Kahlert |
| |
13-16 Uhr s.t. |
Einführung in Softwareengineering |
Björn Kahlert |
| |
16-18 Uhr s.t. |
SeqAn Setup |
David Weese, Manuel Holtgrewe |
| 09.04.2013 |
09-12 Uhr s.t. |
SeqAn Tutorial: First Steps |
Manuel Holtgrewe |
| |
13-18 Uhr s.t. |
SeqAn Tutorial: Sequences, Iterators, Alphabets, StringSets |
Sabrina Krakau |
| 10.04.2013 |
09-12 Uhr s.t. |
SeqAn Tutorial: Alignments |
Rene Rahn |
| |
13-18 Uhr s.t. |
SeqAn Tutorial: Sequence I/O |
Manuel Holtgrewe |
| 11.04.2013 |
09-12 Uhr s.t. |
SeqAn Tutorial: Pattern Matching |
Jochen Singer |
| |
13-18 Uhr s.t. |
SeqAn Tutorial: Indices |
Jochen Singer |
| 12.04.2013 |
09-12 Uhr s.t. |
SeqAn Tutorial: Graphs |
Kathrin Trappe |
| |
13-16 Uhr s.t. |
Test Driven Development |
Björn Kahlert, Manuel Holtgrewe |
| |
16 Uhr s.t. |
Aufteilung der Teilprojekte |
alle |
Entwicklungsumgebungen IDEs
Wir unterstützen im Rahmen dieses Praktikums die folgenden Entwicklungsumgebungen / Betriebssysteme.
| Windows |
Visual Studio 2010, Download über MSDN Academic Alliance des Fachbereichs. |
| Linux |
Makefiles mit GCC oder LLVM/CLANG 3.0 |
| Mac Os X |
Xcode |
Subversion Repository
Einrichtung von SeqAn für das Praktikum in Kurzform:
- SeqAn auschecken: http://svn.seqan.de/seqan/trunk/seqan nach
SeqAn-Verzeichnis (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
- Die Sandbox des Benutzers
${USER} auschecken nach SeqAn-Verzeichnis/sandbox/${USER}. (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
- Build Verzeichnis
build erstellen, z.B. parallel zu Seqan-Verzeichnis
- Im build Verzeichnis das erste mal
cmake ../Seqan-Verzeichnis ausführen. Danach reicht ein cmake . im build Verzeichnis.
Abhängigkeiten
Wir brauchen für SeqAn neben den Entwicklungsumgebungen (s.o.) die folgenden Softwarepakete:
Subversion, CMake.
Python wird empfohlen, wir brauchen Python 2.X,
nicht Python 3.
Windows
Mac Os X
- Install the XCode Tools through the App Store
Linux
- z.B. auf aktuellem Ubuntu:
sudo apt-get install subversion cmake python2.7
Vorlagen für Abschlussbericht und Präsentationen
Der Abschlussbericht soll detailliert auf 2-3 Seiten darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?
Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört eine kurze Einführung in die Thematik. Diese sollte sich jedoch auf das wesentliche beschränken, sodass Sie noch genug Zeit haben auf den Schwerpunkt Ihres Praktikums, also die Problemlösung und Implementierung, einzugehen. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?
Links
- Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
- SeqAn Dokumentation: Die Doku des letzten SeqAn-Releases.
- SeqAn Nightly-Dokumentation: Die aktuellste Version der Doku.
- SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
- SeqAn Trac: System für Fehlerreports in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.
Material
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