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Projektmanagement im Softwarebereich - SeqAn 2013

Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum Projektmanagement im Softwarebereich - SeqAn.

Alle Zeiten sind s.t. also wie ausserhalb der Uni zu verstehen wink

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbstständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers. Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regeläßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.

Teilnehmer

Name mail
Lars Zerbe larszerbe@live.de
Antje Oldenburg antje.oldenburg@fu-berlin.de
Hannes Blumenthal hannes.blumenthal@gmx.net
Jakob Schulze jakob.schulze@fu-berlin.de
Dennis Kusch kusch1990@hotmail.de
Sebastian Roskosch serosko@zedat.fu-berlin.de
Marjan Faizi marjan@zedat.fu-berlin.de
Annkatrin Bressin AnnkatrinBressin@gmx.de
Stephan Peter s.peter@fu-berlin.de
Daniel Kersting dkersting@zedat.fu-berlin.de

Aufteilung auf die Teilprojekte

Name Teilprojekt
Lars & Stephan 1. Mini-PEMer: Nachimplementierung des Kerns von PEMer (Holtgrewe)
Antje & Daniel 2. Mini-FASTQC: NGS Quality Control (Holtgrewe)
Sebastian & Benjamin 3. NGS Data Postprocessing: Entfernen technischer Artefakte und Barcode Demultiplexing von NGS Daten (Kuchenbecker)
Dennis & Moritz 4. Lagan: Nachimplementierung des Lagan-Algorithmus zum Alignieren genomischer Sequenzen (Rahn)
Marjan & Annkatrin 5. BlastX: Implementierung einer BlastX Variante (Singer)
Hannes & Jakob 6. Blast & Clustering: Implementierung eines Algorithmus zum Clustern und Vergleichen von DNA-Sequenzen (Kuchenbecker)

Zeitplan

Datum Termin/Dauer Name Ort
02.04.2013 14 Uhr Vorbesprechung R053, Takustr. 9
08.04.-12.04.2013 9-18 Uhr SeqAn-Tutorial, Aufteilung der Teilprojekte R017, Arnimallee 6
24.04.2013 14 Uhr Vorstellung der Projektpläne R017, Arnimallee 6
24.05.2013 23:59 Uhr Abgabe des Abschlussberichts R017, Arnimallee 6
29.05.2013 10-18 Uhr Vorstellung der Ergebnisse; 12-14 Uhr Mittagspause R009, Arnimallee 6

Zeitplan der Tutorial-Woche vom 8.4.-12.4.

Datum Termin/Dauer Titel Tutor
08.04.2013 09-12 Uhr s.t. Einführung in Softwareengineering Björn Kahlert
  13-16 Uhr s.t. Einführung in Softwareengineering Björn Kahlert
  16-18 Uhr s.t. SeqAn Setup David Weese, Manuel Holtgrewe
09.04.2013 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: First Steps Manuel Holtgrewe
  13-18 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Sequences, Iterators, Alphabets, StringSets Sabrina Krakau
10.04.2013 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Alignments Rene Rahn
  13-18 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Sequence I/O Manuel Holtgrewe
11.04.2013 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Pattern Matching Jochen Singer
  13-18 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Indices Jochen Singer
12.04.2013 09-12 Uhr s.t. SeqAn Tutorial: Graphs Kathrin Trappe
  13-16 Uhr s.t. Test Driven Development Björn Kahlert, Manuel Holtgrewe
  16 Uhr s.t. Aufteilung der Teilprojekte alle

Entwicklungsumgebungen IDEs

Wir unterstützen im Rahmen dieses Praktikums die folgenden Entwicklungsumgebungen / Betriebssysteme.

Windows Visual Studio 2010, Download über MSDN Academic Alliance des Fachbereichs.
Linux Makefiles mit GCC oder LLVM/CLANG 3.0
Mac Os X Xcode

Subversion Repository

Einrichtung von SeqAn für das Praktikum in Kurzform:

  • SeqAn auschecken: http://svn.seqan.de/seqan/trunk/seqan nach SeqAn-Verzeichnis (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
  • Die Sandbox des Benutzers ${USER} auschecken nach SeqAn-Verzeichnis/sandbox/${USER}. (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
  • Build Verzeichnis build erstellen, z.B. parallel zu Seqan-Verzeichnis
  • Im build Verzeichnis das erste mal cmake ../Seqan-Verzeichnis ausführen. Danach reicht ein cmake . im build Verzeichnis.

Abhängigkeiten

Wir brauchen für SeqAn neben den Entwicklungsumgebungen (s.o.) die folgenden Softwarepakete: Subversion, CMake. Python wird empfohlen, wir brauchen Python 2.X, nicht Python 3.

Windows

Mac Os X

  • Install the XCode Tools through the App Store

Linux

  • z.B. auf aktuellem Ubuntu: sudo apt-get install subversion cmake python2.7

Vorlagen für Abschlussbericht und Präsentationen

Der Abschlussbericht soll detailliert auf 2-3 Seiten darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus? Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört eine kurze Einführung in die Thematik. Diese sollte sich jedoch auf das wesentliche beschränken, sodass Sie noch genug Zeit haben auf den Schwerpunkt Ihres Praktikums, also die Problemlösung und Implementierung, einzugehen. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Formular für regelmäßiges progress meeting

Links

  • Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
  • SeqAn Dokumentation: Die Doku des letzten SeqAn-Releases.
  • SeqAn Nightly-Dokumentation: Die aktuellste Version der Doku.
  • SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
  • SeqAn Trac: System für Fehlerreports in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.

Material

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2013-02-01-PMSB-VorstellungProjekte.pdfpdf 2013-02-01-PMSB-VorstellungProjekte.pdf manage 480.7 K 01 Feb 2013 - 14:30 ManuelHoltgrewe Folien zur Projektvorstellung am 1. Feburar 2013
Topic revision: r47 - 11 May 2015, kiekemo
 
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