Projektplanung und Umsetzung zur Implementierung von LAGAN
Projektplan und Aufteilung
| 1. Start: Einlesen von FastA-Dateien (Moritz) |
| 2. Diese soll stellar und das global banded alignment verwenden (Moritz) |
| 3. Aus Stellar erhalten wir Seeds als Textdatei (Moritz) |
| 4. Diese Datei einlesen (Dennis) |
| 5. In Fenster springen wo keine Seeds sind und mittels q-Gramm neue seeds berechnen und mit Chaos chainen (also verlängern)(Dennis) |
| 6. Global Chaining um in den kleinen Fenstern die optimalen Seeds zu erhalten(Dennis) |
| 7. Rekursiv weitermachen bis die Räume wo keine Seeds sind klein genug sind um zu alignieren (Dennis) |
| 8.Global Chaining auf dass gesamte Fenster (Dennis) |
| 9. banded chain alignment |
| 10. Ergebnis ausgeben |
Meilensteine
| Tag |
Moritz |
Dennis |
| 26.04 |
Einlesen der Stellar-Ausgabe und FASTA Sequenzen |
beispielhafte App zur Berechnung von Seeds |
| 03.05 |
Einbindung des CHAOS-Chaining/q-Gram Index |
Einbindung des Chaining Algorithm"; Aufruf zum Banded Chain Alignment" |
| 10.05 |
Parameterübergabe |
Ausgabe des Alignments |
| 17.05 |
Laufzeitanalyse |
Dokumentation |
| 24.05 |
Testing&Bugfixes, Abgabe des Abschlussberichts |
Testing&Bugfixes, Abgabe des Abschlussberichts |
Tagesprotokoll
| Tag |
Moritz |
Dennis |
| 25.04. |
Nachbearbeitung der Präsentation. Umsetzung von Kritikpunkten. |
Nachbearbeitung der Präsentation. Umsetzung von Kritikpunkten |
| 26.04. |
Meeting zur Vorbereitung der Besprechung, zusammentragen von Ideen, Ergebnissen, Vorschlägen und Fragen. |
Meeting zur Vorbereitung der Besprechung, zusammentragen von Ideen, Ergebnissen, Vorschlägen und Fragen. |
| 27.04. |
Gestaltung Projektplan, Zusammenbringen von Fragen, Ergebnisse |
Gestaltung Projektplan, Zusammenbringen von Fragen, Ergebnisse |
| 29.04. |
Besprechung/Klären von Details, qGram Index |
Besprechung/Klären von Details, Arbeiten an der Funktion zum globalChaining |
| 30.04. |
Beendigung des Algo zum Finden von common qGrams |
Weiterarbeiten am globalChaining |
| 01.05. |
Feiertag! yay! |
Feiertag! yay! |
| 02.05. |
Einsortieren der Ausgabe vom globalChaining (für die Fenster) in die globalSeedChain |
Beending der Funktion zum globalChaining der Fenster |
| 03.05. |
Lauffähiges Programm erstellt. Globales Alignment über Konsole. Überlegungen zum Erstellen von Testdaten. SVN commit |
Erarbeiten einer Funktion zum Output des Alignments in eine Datei |
| 06.05. |
Einbinden von Stellar und ArgParse (noch nicht fertig) |
Ausgabe fertig |
| 07.05. |
Manuelles Testen mit Bakterien-DNA, Beheben von Bugs |
wie Moritz |
| 08.05. |
wie gestern |
wie gestern |
| 09.05. |
Programm läuft mit Stellar und ArgParse; lange Laufzeiten bei Bakterien-DNA; weiteres Testen |
Testen, Testen, Testen |
| 10.05. |
Refactoring |
Kompilieren auf Windows: Errors; erfolglose Problemsuche… |
| 13.05. |
Besprechung |
Besprechung |
| 14.05. |
Einfügen von clock() und thread Option |
Parallelisierung der Gaps |
| 15.05. |
Schreiben von Tests |
Schreiben von Tests |
| 16.05. |
Tests schreiben und Kompilierung in Release-Mode |
wie gestern |
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