Aufgabe 7: Kopplungen von Metaboliten

Deadline: Mittwoch, 22.04.2015

Schreibe ein Programm, dass:

• ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem .mat file, welches "network" heißt, wie in Aufgabe 1 beschrieben.

Das Programm soll folgendes berechnen:

• für jeden Metaboliten soll berechnet werden, ob und wenn ja, wie er zu den anderen Metaboliten gekoppelt ist (gerichtet, voll gekoppelt oder gar nicht)

Ausgabe-Format: Eine Matrix, die aus 0en, 1en und 2en besteht. An der Stelle (i,j) bedeutet eine

• 0, dass der Metabolit i nicht an den Metaboliten j gekoppelt ist
• 1, dass der Metabolit i an den Metaboliten j voll gekoppelt ist
• 2, dass der Metabolit j an den Metaboliten i gerichtet gekoppelt ist

Desweiteren sollen die benötigte Zeit, die Anzahl der voll gekoppelten Metaboliten und die Anzahl der gerichtet gekoppelten Metaboliten ausgegeben werden. (Hierzu: 1 → 2 → 3 werden als zwei gerichtete Kopplungen gezählt, auch wenn noch 1 → 3 gilt. 1 <-> 2 <-> 3 sind 2 volle Kopplungen (1 <-> 3 wird hier wieder ignoriert), aber sollen nicht zu den Gerichteten gezählt werden.)

Schreibe ein weiteres Programm, welches die blockierten Metaboliten berechnet:

• Modifiziere hierzu das Programm zur Suche von gekoppelten Reaktionen, so dass man als Input angeben kann, ob blockierte Reaktionen oder Metaboliten gesucht werden.
• Baue dieses Programm mit in das oben beschriebene, sodass die blockierten Metaboliten vor der Berechnung der Kopplungen entfernt werden