Aufgabe 6, Gruppe 3: Toolbox zur Untersuchung von metabolischen Netzwerken

• ein metabolisches Netzwerk einliest: Entweder einen struct in einem .mat file, welches "network" heißt, mit:
  • S: die stöichiometrische Matrix
  • rev: der Reversibilitäts-Vektor (rev(i) = 0: Reaktion i ist nicht reversibel, rev(i) = 1: Reaktion i ist reversibel)
  • rxns: Namen der Reaktionen
  • lb: untere Schranken
  • ub: obere Schranken
  • description: Name des Netzwerks oder einen SBML-File
• Der_die Nutzer_in soll nun entscheiden können, was mit dem Netzwerk geschieht.
  • Per Ausgabe soll aufgezeigt werden welche Möglichkeiten es gibt:
    • Blockierte Reaktionen berechnen und aus dem Netzwerk entfernen
    • Eine FBA wird durchgeführt. Entweder mit der Biomasse Reaktion, oder mit einer vorgegebenen. Der_die Nutzer_in soll gefragt werden, welche Reaktion benutzt werden soll.
    • Eine FCA wird durchgeführt
    • Eine FVA wird durchgeführt. Entweder mit der Biomasse Reaktion, oder mit einer vorgegebenen. Der_die Nutzer_in soll gefragt werden, welche Reaktion benutzt werden soll.
    • EFMs werden berechnet. Hierbei wird zum einen die gewünschte Anzahl abgefragt, als auch gegebenenfalls eine Zielreaktion.
    • Ein Hassediagramm erstellt werden
    • Essenzielle Reaktionen berechnet werden oder essenzielle Mengen an Reaktionen
    • Minimale Flüsse mit maximalem Wachstum berechnet werden

• Für alle Programme soll vorher nachgefragt werden, ob die blockierten Reaktionen nach den Berechnungen wieder hinzugefügt werden sollen (z. B. bei Berechnung der EFMs).
• Alle Ergebnisse sollen wie in den einzelnen Aufgaben zuvor beschrieben, gespeichert werden. Wie die Ergebnisse und wo gespeichert werden, sollen dem_r Nutzer_in mitgeteilt werden.
• Für alle Programme sollen die schnelleren Programme genutzt werden.