The data for this project comes from the company febit. The goal is to:

1. Develop a local read mapper for color-spaced reads.
2. To apply it to find viral integration sites in the human genome

For the local read mapper the goal is to use the the sequence space local aligner in SeqAn for all 4 possible color-space translations. Errors in the genome (sequence space) will be accounted for by the local sequence space mapper. Errors in the colorspace read will result in a discontinuous chain of local alignments in the 4 translated reads.

Steps

• Import the data → Done
• Convert color-spaced reads → Done
• Local readmapping with SWIFT-local → Done
• Take all the reads that did not map completely → 2 reasons:
  • Error in color-space
    • Convert the color-spaced read in all 4 possibilities
    • Map again
    • Construct a new read with the 4 possibilities
  • Read not in the genome
• Take all the reads that have parts which doesn't occur in the human genome → Done
• Map them to the viral genome → Done
• Find integration sites → Done
• Output file

LOG

2. Juni:	Teffen mit Birte → Einarbeitung in Seqan
6. Juni:	Seqan-Einarbeitung
9. Juni:	Einlesen des Files Umschreiben der color-spaced Reads
26./27. Juni:	Verstehen und Ausprobieren des SWIFT-locals, Integration des Konstrukor und ersten Teilen des SWIFT-locals
29. Juni:	Einbau des SWIFT-Local Aufrufes Problem: leere Ausgabefiles
30. Juni:	Aufruf des SWIFT-Local mit Testsequenzen → Speicherung der Matches
3./4. Juli:	Lokalisation der Matches Problem: Unklar, was die einzelnen Ausgaben bedeutet
5. Juli:	Treffen mit Birte → Klärung der Probleme neue Testdatensätze
6. Juli:	Erstellung der gewünschten Ausgabefiles mit den Alignments Herausfiltern, welche Reads bereits komplett gemapped werden
10. Juli	Umstrukturierung des Programms Umschreiben der nicht gemappten, color_spaced Reads in alle 4 möglichen Reads
17. Juli	Mappen auf beide Genome Speicherung der Reads, die nicht komplett gemappet haben
18. Juli	Finden von zusammengebauten Reads Aufbau des Ausgabefiles