Transition Path Theory of Protein:Ligand Binding Processes

Goal

Ziel: Modellierung der Bildung eines Kollisionskomplexes und des darauf folgenden Bindungvorgangs bei ausgewählten Protein:Ligand und Protein:Protein Paaren. Etablierung von TransitionPathTheoryHeld für solche Prozesse.

Overview

Solventmethoden (PB, GB, charge fitting, ...) und Modelle zur Bindungskinetik. noch nicht vorhanden) sauber implementiert werden ("phase profiler").
  • Etablierung eines methodischen Rahmens für die Bildung des
Kollisionskomplexes. Hierfür werden wahrscheinlich implizite-solvent Methoden in Verbindung mit TransitionPathTheoryHeld benutzt. Die Methode soll möglichst schnell und akkurat Bindungs- und Dissoziationspfade sowie -raten für Protein:Protein und Protein:Ligand paare vorhersagen.
  • Evtl. Implementierung auf der PS3 (falls effizient möglich)
  • Untersuchung des Phänomens "superdiffusive binding".
  • Simulation des Bindevorgangs aus dem Kollisionskomplex heraus mit MD und
explizitem Wasser. Untersuchung der metastabilen Zustände, "selective binding" vs. "induced fit".
  • Möglichkeiten zur Ausweitung auf drug design abklären.

What has been done?

  • calculation of electrotatic potential grid for 5 proteins (1MBN, 1YCQ, 3CLN, 1OLG, 1D2S) with APBS using different grid sizes (1.2, 1.0, 0.8, 0.6, 0.4, 0.3 A)
  • linear interpolation of grid to next finer grid (1.2 interpolated to 1.0, 1.0 -> 0.8, ...)
  • calculation of mean difference between interpolated grid and standard grid $ \frac{\|(interpol\_grid - grid)\|_2}{(numer of grid points)} $

  • relative distance:
    summary.jpg
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summary.jpgjpg summary.jpg manage 14.4 K 27 Aug 2007 - 12:08 MartinHeld relative distance
Topic revision: r5 - 15 Jun 2012, AntoniaMey
 
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