Computing masses of modified peptides
(Email Hartmut Schlüter)
Das Tool soll in der Lage sein die Massen von tryptischen Peptiden zu berechnen, die definierte Modifizierungen tragen. Das Tool soll dafür mit definierten Proteinsequenzen (bzw mit den Sequenzen der tryptischen Peptide eines Proteins) und mit potentiellen Modifizierungen gefüttert werden können und anschließend eine Liste von Massen auswerfen für alle theoretisch möglichen Peptide: Example for P08574 (CY1_HUMAN)Ergebnis Gespräch mit Hartmut Schlüter (22.10.2010)
Wir gehen in der ersten Version davon aus, dass es sich um bekannte Modifikationen handelt. Folglich reicht die Eingabe einer Unimod-ID aus um die Modifikationen zu selektieren.
Eingabe: Protein Sequenz, Liste mit UniMod Ids, Name der Ausgabe Datei Ausgabe: Wie bei v1.0 als CSVErste Version fertig (22.10.2010)
Unter
http://page.mi.fu-berlin.de/aiche/PeptideDigester.zipgibt es eine erste Version (win32) zum Download.
Erweiterungen
- Einzelne Modifikationen wieder entfernen
- Auswahl zwischen monoisotopischer und average Masse
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