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Willkommen im Wiki der Vorlesung "Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik"

Nachrichten

  • 16.04.2013: Die Klausurergebnisse der 2. Klausur sind online.
  • 09.04.2013: Die Klausurergebnisse sind jetzt auch auf der Wiki-Seite online gestellt. Die Klausureinsicht ist am Donnerstag den 11.04. von 10:00 - 12:00 Uhr in Raum 018.
  • 08.04.2013: Termin der zweiten Klausur ist Dienstag der 16.04. von 10:00 - 12:00 Uhr im Raum 005 in der Takustraße 9.
  • 02.04.2013: Termin der zweiten Klausur ist voraussichtlich Dienstag der 16.04. von 10:00 - 12:00 Uhr im Raum 049 in der Takustraße 9. Der Termin ist noch nicht hundertprozentig fest!!! Bitte, schauen Sie regelmäßig nach Aktualisierungen auf der Wiki Seite.
  • 25.03.2013: Die zweite Klausur wird in der Woche ab dem 15.4. geschrieben werden. Exakte Zeit und Raum werden hier bekannt gegeben.
  • 12.02.2013: Der finale Punktestand des Praktikums ist online. Für diejenigen, denen noch Punkte aus den beiden Code Review und der Programmierung fehlen, wird es noch eine zusätzliche Programmieraufgabe geben.
  • 02.12.2012: Das Ersatztutorium für das am Mittwoch ausfallende Tutorium findet Montag, den 03.12. von 10-12 Uhr statt. Dies ergab eine eindeutige Mehrheit. Wir treffen uns in der T9 am SR 053.
  • 14.10.2012: Die ersten Tutorien finden am 23./24.10. statt. Bis dahin wird der 1.Übungszettel zur Vorlesung vom 18.10. erscheinen.
  • 12.10.2012: Schreiben Sie sich in die Mailingliste (siehe unten) zur Veranstaltung ein um News und Updates zu den Übungen und den Tutorien zu bekommen.
  • 12.10.2012: Die Programmieraufgaben des Praktikums sind in C/C++ zu lösen. Wir empfehlen die Skripte des C/C++ Blockkurses zu lesen um den Einstieg in die Sprache zu erleichtern.
  • 10.10.2012: Es sind jetzt alle Termine für die Übungen und das Praktikum bekannt.

Vorlesung

Daten

Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Veranstaltung Tag Zeit Gebäude Raum
Vorlesung Do 14-16 Takustr. 9 SR005
Übung I Di 10-12 Arnimallee 6 SR007/008
Übung II Di 14-16 Arnimallee 3 R130
Übung III Mi 14-16 Takustraße 9 SR053
Praktikum Do (ungerade) 08-10 Takustr. 9 SR005
Tutorium I Di (gerade) 12-14 Arnimallee 6 SR017
Tutorium II Di (gerade) 14-16 Arnimallee 6 SR017

Inhalte

Block Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden 18.10.-25.10
Sequenz Alignment 01.11.-15.11.
Filtering und Alignment Heuristiken 22.11.-06.12
Review 1 (Übung) Mi 05.12. tbd
Multiples Alignment 13.12-15.12.
Formale Sprachen 10.01.-17.01.
Hidden Markov Modelle 24.01.-31.01
Review 2 (Vorlesung) 07.02.2012
Klausur 14.2.2012

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

  • Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
  • Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
  • Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
  • Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
  • Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
  • Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe: Immer montags, spätestens 15:00 Uhr im Postfach "Tutoren" im Sekretariat Raum 013, Takustr. 9.

Praktikum

Daten

Das Praktikum besteht aus:
  • Praktikumsvorlesung
    • Alle 2 Wochen, Donnerstags 08-10 c.t. Erster Termin am 18.10.
  • Praktikumsaufgaben
    • Stehen auf jedem zweiten Übungszettel
    • Knapp 2 Wochen zur Bearbeitung
    • Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
    • 75% der Praktikumsaufgaben lösen
    • Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
  • Tutorien
    • Fakultativ, bei Fragen oder Problemen
    • Dienstags, 12-14 und 14-16 in den Wochen zwischen den P-VLs.
    • Tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein

Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden. Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten. Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden. Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.

Hinweise zur Abgabe

  • Jede Gruppe erhält ein SVN-Verzeichnis unter https://svn.imp.fu-berlin.de/aldabi/WS12/groupX
  • Die Lösung jeder Aufgabe muss als Datei mit dem Titel aufgabeY.cpp (Kleinschreibung beachten, keine Unterordner!) bis zum Abgabetermin eingecheckt werden
  • Ihr Programm muss u.a. auf einem Linux-Poolrechner (https://www.mi.fu-berlin.de/w/IT/ServicesStudentPools) kompilieren mit g++ -pedantic -Wall -ansi -fopenmp -O3 -o aufgabeY aufgabeY.cpp
  • Beachten Sie genau die Hinweise zum jeweiligen Ein- und Ausgabeformat auf den Aufgabenblättern
  • Zusätzliches Material zu den Aufgaben

Inhalte

Block Datum
Einführung, C++, Standard Template Library 18.10.
Templates vs. OOP 01.11.
Programmierwerkzeuge 15.11.
Parallelprogrammierung, OpenMP 29.11.
Code Review 1 11.12.
Parallelprogrammierung (II), q-gram Hashing und Index 13.12.
Speicheroptimierung, Effizientes Programmieren 10.01.
File-I/O 24.01.
Code Review 2 25.01.
Software Libraries 07.02.

Ergebnisse

Praktikum

Reviews

Klausur 2

Matrikelnummer Punkte Note
xxx2328 76.5 1.3
xxx2779 29.5 5.0
xxx1043 49 3.3
xxx5466 49 3.3
xxx2669 46 3.7
xxx142 58 2.7
xxx4587 31.5 5.0
xxx2897 29.5 5.0
xxx6359 66 2.3
xxx1912 73.5 1.7
xxx7690 21 5.0

Klausur

Matrikelnummer Punkte Note
xxx1684 60.5 2.7
xxx7061 52 3.3
xxx8685 44.5 3.7
xxx2328 1 5.0
xxx2779 38 5.0
xxx1043 3 5.0
xxx2816 64 2.3
xxx5466 0 5.0
xxx8390 73 1.7
xxx7418 63 2.3
xxx5467 33 5.0
xxx8263 0 5.0
xxx1198 53.5 3.0
xxx768 21 5.0
xxx602 51.5 3.3
xxx9375 59 2.7
xxx411 61 2.7
xxx8476 63 2.3
xxx8378 67 2.0
xxx2453 40 4.0
xxx3070 68 2.0
xxx2669 19 5.0
xxx142 38.5 5.0
xxx533 60 2.7
xxx974 49 3.3
xxx6182 0 5.0
xxx3802 59.5 2.7
xxx0439 52.5 3.3
xxx221 75 1.7
xxx4587 37 5.0
xxx2897 21 5.0
xxx5332 76.5 1.3
xxx6359 0 5.0
xxx1912 39 5.0
xxx062 42.5 4.0
xxx9669 75.5 1.7
xxx7173 46.5 3.7
xxx827 69 2.0
xxx2213 55 3.0
xxx7690 0 5.0
xxx2250 55.5 3.0
xxx6378 45 3.7
xxx3051 76.5 1.3

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS12/ einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
Topic revision: r35 - 28 Feb 2014, KnutReinert
 
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