Willkommen im Wiki der Vorlesung "Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik"
Nachrichten
- 16.04.2013: Die Klausurergebnisse der 2. Klausur sind online.
- 09.04.2013: Die Klausurergebnisse sind jetzt auch auf der Wiki-Seite online gestellt. Die Klausureinsicht ist am Donnerstag den 11.04. von 10:00 - 12:00 Uhr in Raum 018.
- 08.04.2013: Termin der zweiten Klausur ist Dienstag der 16.04. von 10:00 - 12:00 Uhr im Raum 005 in der Takustraße 9.
- 02.04.2013: Termin der zweiten Klausur ist voraussichtlich Dienstag der 16.04. von 10:00 - 12:00 Uhr im Raum 049 in der Takustraße 9. Der Termin ist noch nicht hundertprozentig fest!!! Bitte, schauen Sie regelmäßig nach Aktualisierungen auf der Wiki Seite.
- 25.03.2013: Die zweite Klausur wird in der Woche ab dem 15.4. geschrieben werden. Exakte Zeit und Raum werden hier bekannt gegeben.
- 12.02.2013: Der finale Punktestand des Praktikums ist online. Für diejenigen, denen noch Punkte aus den beiden Code Review und der Programmierung fehlen, wird es noch eine zusätzliche Programmieraufgabe geben.
- 02.12.2012: Das Ersatztutorium für das am Mittwoch ausfallende Tutorium findet Montag, den 03.12. von 10-12 Uhr statt. Dies ergab eine eindeutige Mehrheit. Wir treffen uns in der T9 am SR 053.
- 14.10.2012: Die ersten Tutorien finden am 23./24.10. statt. Bis dahin wird der 1.Übungszettel zur Vorlesung vom 18.10. erscheinen.
- 12.10.2012: Schreiben Sie sich in die Mailingliste (siehe unten) zur Veranstaltung ein um News und Updates zu den Übungen und den Tutorien zu bekommen.
- 12.10.2012: Die Programmieraufgaben des Praktikums sind in C/C++ zu lösen. Wir empfehlen die Skripte des C/C++ Blockkurses zu lesen um den Einstieg in die Sprache zu erleichtern.
- 10.10.2012: Es sind jetzt alle Termine für die Übungen und das Praktikum bekannt.
Vorlesung
Daten
Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.
Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen
einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.
| Veranstaltung |
Tag |
Zeit |
Gebäude |
Raum |
| Vorlesung |
Do |
14-16 |
Takustr. 9 |
SR005 |
| Übung I |
Di |
10-12 |
Arnimallee 6 |
SR007/008 |
| Übung II |
Di |
14-16 |
Arnimallee 3 |
R130 |
| Übung III |
Mi |
14-16 |
Takustraße 9 |
SR053 |
| Praktikum |
Do (ungerade) |
08-10 |
Takustr. 9 |
SR005 |
| Tutorium I |
Di (gerade) |
12-14 |
Arnimallee 6 |
SR017 |
| Tutorium II |
Di (gerade) |
14-16 |
Arnimallee 6 |
SR017 |
Inhalte
Voraussetzungen für die aktive Teilnahme
Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:
- Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
- Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
- Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.
Übungen
Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise.
Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
- Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
- Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
- Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe: Immer montags, spätestens 15:00 Uhr im Postfach "Tutoren" im Sekretariat Raum 013, Takustr. 9.
Praktikum
Daten
Das Praktikum besteht aus:
- Praktikumsvorlesung
- Alle 2 Wochen, Donnerstags 08-10 c.t. Erster Termin am 18.10.
- Praktikumsaufgaben
- Stehen auf jedem zweiten Übungszettel
- Knapp 2 Wochen zur Bearbeitung
- Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
- 75% der Praktikumsaufgaben lösen
- Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
- Tutorien
- Fakultativ, bei Fragen oder Problemen
- Dienstags, 12-14 und 14-16 in den Wochen zwischen den P-VLs.
- Tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein
Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden.
Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten.
Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden.
Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.
Hinweise zur Abgabe
- Jede Gruppe erhält ein SVN-Verzeichnis unter https://svn.imp.fu-berlin.de/aldabi/WS12/groupX
- Die Lösung jeder Aufgabe muss als Datei mit dem Titel aufgabeY.cpp (Kleinschreibung beachten, keine Unterordner!) bis zum Abgabetermin eingecheckt werden
- Ihr Programm muss u.a. auf einem Linux-Poolrechner (https://www.mi.fu-berlin.de/w/IT/ServicesStudentPools) kompilieren mit g++ -pedantic -Wall -ansi -fopenmp -O3 -o aufgabeY aufgabeY.cpp
- Beachten Sie genau die Hinweise zum jeweiligen Ein- und Ausgabeformat auf den Aufgabenblättern
- Zusätzliches Material zu den Aufgaben
Inhalte
Ergebnisse
Praktikum
- Der aktuelle Punktestand jeder Gruppe: Punktestand.pdf
- Aufgabe 5
- quasar_random10M_reads50x10k_sensitivity.pdf
- quasar_random100M_reads50x100k_sensitivity.pdf
- Laufzeiten (10M Genom und 10k x 50bp Reads):
| Gruppe | Laufzeit (s) | Not-Found | Found | 1-Less | 2-Less | 3-Less | 4-Less |
| 1 | 32,145 | 2644 | 7011 | 207 | 95 | 43 | 0 |
| 5 | 7.836 | 6729 | 3271 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 7 | 42.898 | 66 | 9855 | 62 | 17 | 0 | 0 |
| 11 | 7.428 | 0 | 10000 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 13 | 2.414 | 0 | 10000 | 0 | 0 | 0 | 0 |
- Laufzeiten (100M Genom und 100k x 50bp Reads):
| Gruppe | Laufzeit (s) | Not-Found | Found | 1-Less | 2-Less | 3-Less | 4-Less |
| 1 | 2373.04 | 26212 | 70336 | 1814 | 1066 | 572 | 0 |
| 11 | 256.492 | 0 | 99999 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| 13 | 324.268 | 0 | 100000 | 0 | 0 | 0 | 0 |
Reviews
Klausur 2
| Matrikelnummer |
Punkte |
Note |
| xxx2328 |
76.5 |
1.3 |
| xxx2779 |
29.5 |
5.0 |
| xxx1043 |
49 |
3.3 |
| xxx5466 |
49 |
3.3 |
| xxx2669 |
46 |
3.7 |
| xxx142 |
58 |
2.7 |
| xxx4587 |
31.5 |
5.0 |
| xxx2897 |
29.5 |
5.0 |
| xxx6359 |
66 |
2.3 |
| xxx1912 |
73.5 |
1.7 |
| xxx7690 |
21 |
5.0 |
Klausur
| Matrikelnummer |
Punkte |
Note |
| xxx1684 |
60.5 |
2.7 |
| xxx7061 |
52 |
3.3 |
| xxx8685 |
44.5 |
3.7 |
| xxx2328 |
1 |
5.0 |
| xxx2779 |
38 |
5.0 |
| xxx1043 |
3 |
5.0 |
| xxx2816 |
64 |
2.3 |
| xxx5466 |
0 |
5.0 |
| xxx8390 |
73 |
1.7 |
| xxx7418 |
63 |
2.3 |
| xxx5467 |
33 |
5.0 |
| xxx8263 |
0 |
5.0 |
| xxx1198 |
53.5 |
3.0 |
| xxx768 |
21 |
5.0 |
| xxx602 |
51.5 |
3.3 |
| xxx9375 |
59 |
2.7 |
| xxx411 |
61 |
2.7 |
| xxx8476 |
63 |
2.3 |
| xxx8378 |
67 |
2.0 |
| xxx2453 |
40 |
4.0 |
| xxx3070 |
68 |
2.0 |
| xxx2669 |
19 |
5.0 |
| xxx142 |
38.5 |
5.0 |
| xxx533 |
60 |
2.7 |
| xxx974 |
49 |
3.3 |
| xxx6182 |
0 |
5.0 |
| xxx3802 |
59.5 |
2.7 |
| xxx0439 |
52.5 |
3.3 |
| xxx221 |
75 |
1.7 |
| xxx4587 |
37 |
5.0 |
| xxx2897 |
21 |
5.0 |
| xxx5332 |
76.5 |
1.3 |
| xxx6359 |
0 |
5.0 |
| xxx1912 |
39 |
5.0 |
| xxx062 |
42.5 |
4.0 |
| xxx9669 |
75.5 |
1.7 |
| xxx7173 |
46.5 |
3.7 |
| xxx827 |
69 |
2.0 |
| xxx2213 |
55 |
3.0 |
| xxx7690 |
0 |
5.0 |
| xxx2250 |
55.5 |
3.0 |
| xxx6378 |
45 |
3.7 |
| xxx3051 |
76.5 |
1.3 |
Mailingliste
Bitte in die Mailingliste unter
https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS12/ einschreiben.
Allgemeine, relevante Bücher
- Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
- David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
- Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4