SLURM statt TORQUE

Simple Linux Utility for Resource Management

SLURM ist wie TORQUE ein 'Ressource Manager' zum Betrieb von Clustern, aber weitaus variabler und weiter entwickelt.

SLUM betreibt TASKs statt Cores/CPUs oder NODEs

Slurm erlaubt eine viel exaktere Zuordnung von Ressourcen zu Berechnungen als Torqe es kann.

Die wichtigste Größe ist ein 'Task', allgemein und wörtlich gemeint als 'eine zusammenhängende Aufgabe'.

Erst darum herum ergeben sich die Festlegungen von Cores/CPUS, Nodes (Maschinen), und weitere.

Die klassischen Fälle sind daher:

• n=1 Task c=1 CPU (egal wo)
• n=t Tasks auf N=1 Node (so viel, wie der Node kann)

Es lassen sich in einem Job auch mehrere Steps der Reihe nach anordnen, innerhalb der Ressourcen des Jobs verschieden angeordnet.

Wobei man dann X Jobs der jeweiligen Art queued, eventuell auch als Jobarray.

Da Slurm selber per mpi Tasks bis auf auf die CPUs verteilen kann, sind nun aber auch komplexere Jobs möglich, die mpi oder normales Threading berücksichtigen, ohne deswegen gleich ganze Nodes anzufordern:

• n=t Tasks auf c=nThreads per Task (irgendwo)
  • das sind immer n Threads oder per mpi gekoppelte CPUs, die einen Task zusammen bearbeiten
  • dabei entspricht ein Task einem Torque Job.
  • die Tasks laufen aber wie ein Schwarm parallel.
• n=t Tasks auf N=x Nodes mit c=nThreads per Task
  • exakte Kontrolle, wieviele Berechnungen pro Node
  • mit wieviel CPUs pro laufendem Programm
  • Mit Zusatzangaben noch feiner festlegbar.

Die typischen Fälle

Wie auch in Torque legt man ein Jobscript an, in dem man Parameter festlegt und Aufgaben/Progamme startet. Extrem vereinfachtes Beispiel:

#!/bin/bash
# ^^^^^^^^^---<<< must be a 'script'
#
# 'n' Tasks (hier EINE cpu)
#SBATCH -n 1
#
# Memory pro cpu in MegaBytes
#SBATCH --mem-per-cpu=512
#
# (wall)time
#SBATCH -t 00:00:59
#
# this job will crash ...
sleep 64
#

und startet den job mit sbatch jobscript.

Per Default startet der Job dort, wo sbatch gerufen wurde, und dort wird auch der Output des Jobs per Default in slurm-$SLURM_JOB_ID.log abgelegt.

Für viele, aber unabhängige Jobs ist das schon alles.

Einige Mögkichkeiten sind aber total neu:

• Es gibt srun, das etwas sofort ausführt
  • als interaktiven Aufruf - nicht sehr erwünscht
  • als Aufruf innerhalb eines Jobscripts für mpi
• mit sview kann man das ganze Cluster beobachten

Simple Jobs, direkt gequeued

Analog zu bisher, aus #PBS... wird #SBATCH...

Job Specification	PBS/Torque	Slurm	Anmerkung
???	???	-n ###	Zählt Tasks = CPUs
Node Count	-l nodes=n	-N min-max
Output Files	-o [file] -e [file]	-o [file] e [file]
Queue/Partition	-q name	-p name
Script directive	#PBS	#SBATCH
Wall Clock Limit	-l walltime=nn:nn:nn	-t [min] OR -t [days-hh:mm:ss]

#!/bin/bash
#
# 'n' Tasks (hier EINE cpu)
#SBATCH -n 6
#
# Memory pro cpu in MegaBytes
#SBATCH --mem-per-cpu=2048
#
# (wall)time
#SBATCH -t 00:12:00
#
# this job will crash ...
mpirun -np 6 mein_eigenes_programm p1 p2 p3
#

Jobs mit vorgegebenen Ressourcen, direkt gequeued

#PBS... #SBATCH... (analog zu bisher, Parameter teils umrechnen)

'mpirun' wird 'srun'

(analog zu bisher: #PBS... #SBATCH... srun --mpi-openmpi)

to be continued …

Die ganze Tabelle siehe http://slurm.schedmd.com/rosetta.pdf

-- Cluster.stucki - 27 Apr 2014