AlDaBiWS13Praktikum

Diese Seite behandelt das Praktikum zu Algorithmen und Datenstrukturen WS13 (hier geht es zur Vorlesungsseite).

Übersicht

Das Praktikum besteht aus:

• Praktikumsvorlesung
  • Donnerstags 08-10 c.t. im SR005, Takustr. 9.
  • Termine entnehmen Sie der Tabelle
  • Erster Termin am 24.10.
• Praktikumsaufgaben
  • Erscheinen montags in den Wochen der P-VL in nachfolgender Tabelle.
  • 2 Wochen zur Bearbeitung.
  • Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
  • Vor Beginn hier ihre Gruppe eintragen
  • 75% der Praktikumsaufgaben lösen
  • Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
• Tutorien
  • Fakultativ, bei Fragen oder Problemen
  • Dienstags, 12-14 und 14-16 entsprechend der Tabelle. Raum 017 in der Arnimallee 6 (Pi-Gebäude)
  • Tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein

Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden. Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten. Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden.

Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.

Inhalte und Termine

	Datum	Inhalt
Mo	21.10.	Ausgabe der 1. Programmieraufgabe
Do	24.10.	P-VL 1: Einführung, C++, Standard Template Library
Di	29.10.	Tutorium
Mo	04.11.	Ausgabe der 2. Programmieraufgabe
Do	07.11.	P-VL 2: Templates vs. OOP
		Fehler auf Folie 51: Es muss std::sort(sa.begin(), sa.end(), less) heissen
Di	12.11.	Tutorium
Mo	18.11.	Ausgabe der 3. Programmieraufgabe
Do	21.11.	P-VL 3: Programmierwerkzeuge
Di	26.11.	Tutorium
Mo	02.12.	Ausgabe der 4. Programmieraufgabe
Do	05.12.	P-VL 4: Parallelprogrammierung, OpenMP
Di	10.12.	Tutorium
Mo	16.12.	Ausgabe der Weihnachtsaufgabe
Do	19.12.	P-VL 5: Parallelprogrammierung (II), q-gram Hashing und Index
		Fehler auf Folie 22: Anstatt der Addition sollte ein bitweises Oder, kein bitweises Und benutzt werden
Di	07.01.	Zusatz-Tutorium, bei Bedarf
Do	09.01.	P-VL 6: Speicheroptimierung, Effizientes Programmieren
Di	14.01.	Tutorium
Mo	20.01.	Ausgabe der 6. Programmieraufgabe
Do	23.01.	P-VL 7: File-I/O
Di	28.01.	Tutorium
Mo	03.02.	Ausgabe der letzten und freiwilligen Programmieraufgabe
Di	04.02.	Code-Review: Bitte ihre Gruppe hier anmelden
Do	06.02.	P-VL 8: Software Libraries

Hinweise zur Abgabe

• Jede Gruppe erhält ein SVN-Verzeichnis unter https://svn.imp.fu-berlin.de/aldabi/WS13/groupX
• Die Lösung jeder Aufgabe muss als Datei mit dem Titel aufgabeY.cpp (Kleinschreibung beachten, keine Unterordner!) bis zum Abgabetermin eingecheckt werden
• Ihr Programm muss u.a. auf einem Linux-Poolrechner (https://www.mi.fu-berlin.de/w/IT/ServicesStudentPools) kompilieren mit g++ -pedantic -Wall -ansi -fopenmp -O3 -o aufgabeY aufgabeY.cpp
• Beachten Sie genau die Hinweise zum jeweiligen Ein- und Ausgabeformat auf den Aufgabenblättern
• Zusätzliches Material zu den Aufgaben

Ergebnisse

Aufgabe 5 (Quasar)

Laufzeiten um 100k Reads der Länge 50 mit bis zu 3 Fehlern gegen ein 100Mbp Zufallsgenom zu mappen. Zur Verfügung standen 16 Kerne.

Gruppe	Laufzeit	nicht gefunden	korrket gefunden	+1 Fehler	+2 Fehler	+3 Fehler	+4 Fehler
4	803.29s	99994	6	0	0	0	0
6	13.42s	0	100000	0	0	0	0
11	408.49s	162	97244	1544	1050	0	0
12	142.36s	98	99863	39	0	0	0
13	110.55s	64447	21845	13065	643	0	0
18	4.51s	0	100000	0	0	0	0
1	102.56s	39645	57302	1563	979	511	0
8	357.49s	3704	65924	2037	2029	2056	2080

Ergebnisse des Praktikums (noch nicht vollständig)

Die aktive Teilnahme setzt sich zusammen aus

• 75% der Punkte der Praktikumsaufgaben
• bestandenem Code Review
• bestandenen Reviews

Matrikelnummer	Code Review bestanden	Punkte
3626756	ja	81,48%
4300902	ja	85,19%
4369296	ja	81,48%
4454374	ja	85,19%
4464761	ja	75,93%
4657116	ja	77,78%
4657177	ja	81,48%
4657927	ja	77,78%
4658230	ja	88,89%
4658672	ja	85,19%
4658950	nein	81,48%
4659527	ja	79,63%
4659539	ja	79,63%
4659877	nein	81,48%
4660422	nein	40,74%
4660827	ja	85,19%
4661897	ja	81,48%
4663227	ja	88,89%
4664181	ja	88,89%
4664330	nein	9,26%
4665480	nein	1,85%
4667080	nein	83,33%
4669416	nein	1,85%
4672168	nein	44,44%
4672605	ja	81,48%
4674414	ja	83,33%
4674844	nein	44,44%
4678751	nein	44,44%
4679735	ja	81,48%
4681189	ja	79,63%
4681350	ja	75,93%
4681362	ja	79,63%
4682395	ja	79,63%
4689267	nein	75,93%
4691484	ja	83,33%
4695815	ja	85,19%
4695993	nein	31,48%
4696406	nein	81,48%
4705388	nein	9,26%