Willkommen im Wiki der Vorlesung "Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik"
Nachrichten
- 16.4.2012 (Reinert): Die Ergbnisse der zweiten Klausur stehen weiter unten
- 20.3.2012 (Reinert): Die zweite Klausur findet am Donnerstag, dem 12. April 2012, von 14.15 bis 15.45, in SR 032 Arnimallee 6 statt. Bitte bringen Sie einen Taschenrechner mit.
- Die Klausurergebnisse sind online
- Hier können Sie das Ergebnis der Evaluation sehen: Evaluationsergebnis
- Termin Klausureinsicht: Montag, 5. März, Büro Reinert (T9 012), 11 Uhr.
Vorlesung
Daten
Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.
Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen
einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.
Veranstaltung |
Tag |
Zeit |
Gebäude |
Raum |
Vorlesung |
Do |
14-16 |
Takustr. 9 |
SR005 |
Übung I |
Di |
10-12 |
Arnimallee 7 |
SR140 |
Übung II |
Di |
14-16 |
Takustr. 9 |
K40 |
Übung III bis 7.12. |
Mi |
12-14 |
Arnimalle 6 |
SR031 |
Übung III ab 15.12. |
Do |
8-10 |
Takustr. 9 |
K40 |
Praktikum |
Do (ungerade) |
12-14 |
Takustr. 9 |
SR006 |
Tutorium I |
Di (gerade) |
12-14 |
Arnimallee 6 |
SR017 |
Tutorium II |
Di (gerade) |
14-16 |
Arnimallee 6 |
SR017 |
Inhalte
Voraussetzungen für die aktive Teilnahme
Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:
- Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
- Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
- Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.
Übungen
Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise.
Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
- Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
- Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
- Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe: Immer montags, spätestens 15:00 Uhr im Postfach "Tutoren" im Sekretariat Raum 013, Takustr. 9.
Praktikum
Daten
Das Praktikum besteht aus:
- Praktikumsvorlesung
- Alle 2 Wochen, donnerstags 12-14 c.t. Erster Termin am 20.10.
- Praktikumsaufgaben
- Stehen auf jedem zweiten Übungszettel
- Knapp 2 Wochen zur Bearbeitung
- Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
- 75% der Praktikumsaufgaben lösen
- Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
- Tutorien
- Fakultativ, bei Fragen oder Problemen
- Dienstags, 12-14 und 14-16 in den Wochen zwischen den P-VLs.
- Tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein
Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden.
Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten.
Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden.
Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.
Hinweise zur Abgabe
Inhalte
Ergebnisse
Praktikum
Reviews
Mtr.nr. |
Review 1 (80) |
Review 2 (80) |
Summe |
2601739 |
36 |
59 |
95 |
4308973 |
35 |
54 |
89 |
4360068 |
41 |
55 |
96 |
4377616 |
63,5 |
61 |
124,5 |
4398427 |
49 |
39 |
88 |
4401135 |
48 |
53 |
101 |
4422710 |
49 |
57 |
106 |
4425606 |
72 |
72 |
144 |
4448054 |
48 |
75 |
123 |
4448306 |
32 |
59 |
91 |
4448435 |
68 |
73 |
141 |
4449063 |
53 |
63 |
116 |
4449223 |
49 |
62 |
111 |
4450178 |
70 |
74 |
144 |
4450560 |
47 |
54 |
101 |
4450719 |
58 |
67 |
125 |
4452669 |
47 |
63 |
110 |
4453144 |
57 |
77 |
134 |
4453224 |
38 |
56 |
94 |
4453445 |
42 |
66 |
108 |
4453598 |
53 |
66 |
119 |
4454398 |
39 |
62 |
101 |
4455186 |
45,5 |
63 |
108,5 |
4455280 |
60 |
69 |
129 |
4455402 |
40,5 |
20 |
60,5 |
4456435 |
53 |
61 |
114 |
4458232 |
35 |
60 |
95 |
4458963 |
32 |
55 |
87 |
4460196 |
35 |
28 |
63 |
4463057 |
52 |
69 |
121 |
4464484 |
47 |
53 |
100 |
4464969 |
40 |
63 |
103 |
4465235 |
45 |
61 |
106 |
4466742 |
43,5 |
66 |
109,5 |
4466846 |
66 |
56 |
122 |
4467173 |
34 |
44 |
78 |
4468784 |
66 |
55 |
121 |
4469399 |
40 |
60 |
100 |
4469744 |
67 |
58 |
125 |
4473468 |
64,5 |
59 |
123,5 |
4474140 |
58 |
56 |
114 |
4474686 |
52 |
69 |
121 |
4476041 |
61 |
60 |
121 |
4477511 |
45 |
48 |
93 |
4478949 |
55 |
48 |
103 |
4478998 |
42,5 |
63 |
115,5 |
Fall Ihr Ergebnis nicht in der Liste auftaucht, Sie nicht mitgeschrieben haben und/oder Ihnen Punkte fehlen,
melden Sie sich bitte bei einem der Tutoren.
Klausur
Die Klausur wurde ausgewertet. Unten die vorläufigen Ergebnisse.
xxx3149 |
58 |
2.7 |
xxx1739 |
42.5 |
4.0 |
xxx9063 |
42 |
4.0 |
xxx1135 |
58.5 |
2.7 |
xxx0196 |
29 |
5.0 |
xxx5235 |
58.5 |
2.7 |
xxx6742 |
53 |
3.0 |
xxx3598 |
67.5 |
2.0 |
xxx3144 |
62.5 |
2.3 |
xxx7511 |
25.5 |
5.0 |
xxx8232 |
64 |
2.3 |
xxx4398 |
44.5 |
3.7 |
xxx4484 |
40 |
4.0 |
xxx8784 |
54.5 |
3.0 |
xxx9744 |
66.5 |
2.0 |
xxx0719 |
66.5 |
2.0 |
xxx4969 |
58 |
2.7 |
xxx0068 |
46.5 |
3.7 |
xxx3057 |
64.5 |
2.3 |
xxx2710 |
50 |
3.3 |
xxx8427 |
41.5 |
4.0 |
xxx3224 |
46 |
3.7 |
xxx6041 |
51 |
3.3 |
xxx5606 |
71.5 |
1.7 |
xxx6846 |
74.5 |
1.3 |
xxx2669 |
26 |
5.0 |
xxx8306 |
59.5 |
2.7 |
xxx6435 |
45 |
3.7 |
xxx5402 |
42 |
4.0 |
xxx5280 |
72 |
1.7 |
xxx4140 |
56 |
3.0 |
xxx8435 |
68 |
2.0 |
xxx8973 |
59 |
2.7 |
xxx8949 |
46 |
3.7 |
xxx3445 |
55.5 |
3.0 |
xxx3468 |
46.5 |
3.7 |
xxx4686 |
59 |
2.7 |
xxx9223 |
41 |
4.0 |
xxx5186 |
66 |
2.0 |
xxx5174 |
74.5 |
1.3 |
xxx8963 |
36 |
5.0 |
xxx0560 |
54.5 |
3.0 |
xxx7173 |
38.5 |
5.0 |
xxx9399 |
47.5 |
3.7 |
xxx9384 |
52 |
3.3 |
xxx2052 |
62.5 |
2.3 |
xxx4895 |
17 |
5.0 |
xxx2952 |
62.5 |
2.3 |
2. Klausur
xxx0196 |
15.5 |
5.0 |
xxx7511 |
17 |
5.0 |
xxx0178 |
83 |
1.0 |
xxx8054 |
62 |
2.3 |
xxx7260 |
82 |
1.0 |
xxx8963 |
54 |
3.0 |
xxx7173 |
34 |
5.0 |
xxx7616 |
71 |
1.7 |
Mailingliste
Bitte in die Mailingliste unter
https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS11/ einschreiben.
Allgemeine, relevante Bücher
- Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
- David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
- Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4