Die Vorlesung gibt eine Einführung in grundlegende algorithmische Techniken und Datenstrukturen für Strings und Graphen. Dabei stehen bioinformatische Fragestellungen im Vordergrund.

Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester.

Die Folien der Vorlesung werden jeweils vor der Vorlesung ins Netz gestellt. Zusätzlich gibt es am Anfang jedes Kapitels eine Liste, in der die Quellen und Hintergrundliteratur zum jeweiligen Thema zu finden sind. Hier sind drei Bücher, die gut als Einführung geeignet sind (diese befinden sich auch im Handapparat der Fachbereichsbibliothek):

Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8

R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3

David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7

Allgemeine Informationen zur Vorlesung und Übungen

Prüfungen

Die zweistündige Vorlesung wird durch eine Prüfung abgeschlossen und bewertet.

Für die Klausur sind Taschenrechner erlaubt!

Skript

1. Alle Infos der Einführung
   intro.pdf
    
2. Stringmatching
   stringmatching.pdf
    
3. Pairwise Alignment
    
4. Blast
    
5. Languages
    
6. Hidden Markov Models
    
7. Clustering
    
8. Expectation Maximization
    
9. Multiple Alignment

Übungen

Die Tutoren sind Herrn Paul Pyl und Herr Michael Bartel.

Übungsblätter

1. Übung:
   A1.pdf
   
   
2. Übung:
   A2.pdf    aldabism-data.tar.bz2      aldabism-data.tar.gz     aldabism-data.zip 
   

Aktive Teilnahme

Die beiden Übungsklausuren (Reviews) finden statt: