V+Ü Advanced Algorithms for Bioinformatics (P4)
(19590)
Erster Review am 29.05. im Tutorium| Type | Vorlesung + Übung | |||||||||||||||
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| Instructor | Knut Reinert | |||||||||||||||
| Credit Points | 4 + 4 | |||||||||||||||
| Time |
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Student Profile
MSc students of Bioinformatics: In the new "Studienordnung": Pflichtmodul P4.
Termine:
Beginn Vorlesung: 17.4.
Klausur: 29.06.09 // 14-16 // Taku 9, SR 006
Nachklausur: tbd.
Review 2: 26.06.09 im Tutorium
Code Review der Praktikumsaufgaben: tbd.
Abgabe der Praktikumsberichte: beim Codereview
Wöchentliches Praktikumstreffen: tbd. - Anwesenheitspflicht!
Slides & Scripts
-
script-07-SuffixArrays.pdf (additional material here)
Exercises
Each week the students have to work through their assignments. It is not necessary to hand in the solutions. However, we strongly encourage to solve the problems for yourself. The week after the assignments the solutions are discussed in the exercises.
Exercises-05.pdf (sol. ManberMyers)
Results Exam 1:
| Mat: | Note |
| xxx9164 | 2,3 |
| xxx9924 | 4,0 |
| xxx1559 | 3,7 |
| xxx1934 | 1,0 |
| xxx348 | 2,3 |
| xxx7240 | 1,0 |
| xxx5896 | 1,7 |
| xxx9510 | 2,0 |
| xxx6568 | 1,3 |
| xxx6541 | 2,3 |
| xxx3097 | 1,3 |
| xxx869 | 1,7 |
| xxx1361 | 2,3 |
| xxx5406 | 3,0 |
| xxx085 | 1,3 |
| xxx1450 | 1,3 |
| xxx4609 | 2,3 |
| xxx5602 | 3,0 |
| xxx2442 | 3,0 |
| xxx4013 | 2,7 |
Reviews
There will be two reviews to check whether you worked through the exercise assignments. Students have to pass those reviews in order to have their "aktive Teilnahme" confirmed!
Praktikum
Regeln
Die Teilnehmer bearbeiten die Themen in Gruppen. Zum Ende des Praktikums muss jede Gruppe ihr Programm kurz vorführen und Fragen dazu beantworten ("Code Review"). Jeder Teilnehmer muss während des Code Reviews anwesend sein und Fragen zum Programm beantworten können.
Außerdem fertigt jede Gruppe einen Abschlussbericht an, der auf ein bis zwei Seiten die Problemstellung, die gewählte Lösung sowie die Ergebnisse zusammenfasst. Der Abschlussbericht wird spätestens zum Zeitpunkt des Code Reviews abgegeben.
ThemenListe.pdf