You are here: Wiki>AgMathLife Web>MolnetzAWS13 (16 Apr 2014, KatjaGeiger)Edit

Willkommen zum Vorlesungs-Wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2012/2013

Aktuelles

Results of the examination

The second exam will be held on 11 April 2013, 10:15-11:45, SR 108/109 Arnimallee 6.

Allgemeine Informationen

SWS: 3, ECTS: 6
Dozenten: Alexander Bockmayr (AB), Heike Siebert (HS)
Sprache: Deutsch

Termine

Vorlesung: Fr 14-16h Arnimallee 3 SR 119
Übung: Di 12-14h Arnimallee 3 SR 119

Inhalt

Fortgeschrittene Kenntnisse in der Modellierung und Simulation biochemischer, biophysikalischer oder biologischer Eigenschaften
molekularer Netzwerke, insbesondere in Hinsicht der Verknüpfung von experimentellen Ergebnissen, mathematischem Modell
und algorithmischer Umsetzung. Die Studentinnen und Studenten werden in die Lage versetzt, Modelle für molekulare Netzwerke
zu entwerfen und kritisch zu bewerten; sie lernen algorithmische Methoden zur Analyse solcher Modelle kennen, können ihre Aussagekraft
einschätzen und gewinnen eigene Anwendungserfahrungen.

Planung

Date Type Lecturer Topic Lecture Material Additional Material
19.10.12 Lecture A. Bockmayr Metabolic network analysis Slides OrthThielePalsson10
26.10.12 Lecture A. Bockmayr Metabolic pathways Slides Rezola et al. 09
30.10.12 Exercises A. Bockmayr   Exercises  
02.11.12 Lecture A. Müller Thermodynamic constraints Slides Müller12
09.11.12 Lecture A. Bockmayr Regulatory FBA Slides CovertSchillingPalsson01
13.11.12 Exercises A. Bockmayr   Exercises  
16.11.12 Lecture H. Siebert Introduction Cellular Automata slides  
16.11.12 Lecture H. Siebert 1-d CAs slides  
27.11.12 Exercises H. Siebert   problem sheet  
29.11.12 Lecture H. Siebert 1-d CAs (cont.)    
07.12.12 Lecture H. Siebert Probabilistic CAs slides  
11.12.12 Exercises H. Siebert   problem sheet  
14.12.12 Lecture H. Siebert Growth models slides  
21.12.12 Lecture H. Siebert Lattice Gas CAs slides  
08.01.13 Exercises H. Siebert   problem sheet  
11.01.13 Lecture A. Bockmayr Petri nets Slides Survey
18.01.13 Lecture A. Bockmayr Petri nets II Slides PalinkasBockmayr11
22.01.13 Exercises A. Bockmayr   Exercises Solution
25.01.13 Lecture A. Bockmayr Petri nets III Slides PalinkasBockmayr11
01.02.13 Lecture A. Bockmayr Hybrid modeling I Slides  
05.02.13 Exercises A. Bockmayr   Exercises  
08.02.13 Lecture A. Bockmayr Hybrid modeling II Slides1 Slides2 SiebertBockmayr08
18.02.13 Exam

Weiterführende Literatur

Topic Article Supplementary Material
Genome-Scale Metabolic Networks TerzerMaynardCovertStelling09  
Flux Balance Analysis OrthThielePalsson10 Supplementary Tutorial
COBRA Toolbox Schellenberger et al. 11 COBRA
Flux Coupling Analysis Larhlimi et al. 12 F2C2
Elementary Flux Modes deFiguieredo et al. 09 efmtool
Minimal Metabolic Behaviors LarhlimiBockmayr09, Rezola et al. 09  
Regulatory FBA CovertSchillingPalsson01, CovertPalsson03
Hybrid automata AlurHenzingerLaferrierePappas00


Cellular Automata

A. Wuensche, M. Lesser, The Global Dynamics of Cellular Automata: An Atlas of Basin of Attraction Fields of One-Dimensional Cellular Automata, Perseus Books, 1992.

G. B. Ermentrout, L. Edelstein-Keshet, Cellular Automata Approaches to Biological Modeling, J. theor. Biol. 160, 97-133, 1993.

A. Deutsch, S. Dorman, Cellular Automaton Modeling of Biological Pattern Formation, Birkhäuser, Boston, 2005.
I have a copy of the book in my office. Anyone interested can have a look and photocopy stuff if needed.

Mindestanforderung

Aktive und regelmäßige Teilnahme an den Übungen, Bestehen der Klausur

Kommentar

 

Topic revision: r42 - 16 Apr 2014, KatjaGeiger
 
  • Printable version of this topic (p) Printable version of this topic (p)