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Willkommen im Vorlesungs-Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2012

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Klausurergebnisse

Ergebnisse Nachklausur

Allgemeine Informationen

SWS: 3+1+2
Credits: 10 ECTS
Dozent: Alexander Bockmayr, Martin Vingron,
Sprache: Deutsch/Englisch

Inhalt

Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:
  • Modellierung, Simulation, experimentelle Untersuchung und Visualisierung molekularer und zellulärer Netzwerke
  • Konzepte neuronaler Kodierung, mathematische Beschreibungsformen neuronaler Prozesse im Vergleich zu experimentellen Beobachtungstechniken und zugehörige statistische Auswertungsverfahren
  • stochastische und statistische Analyse komplexer Datenmengen und Zeitreihen aus biologischen oder medizinischen datengebenden Verfahren und ihre Visualisierung oder Konzeptualisierung

Termine (ab 14.5.2012)

Vorlesung/Übung Mo 10.00-11.30h Arnimallee 6 SR 025/026
Vorlesung/Übung Fr 10.15-11.45h Arnimallee 6 SR 025/026
Seminar: Mo 12.30-14.00h Arnimallee 6 SR 025/026

Vorlesungsplan

Für den ersten Teil der Veranstaltung am MPI Molekulare Genetik, siehe http://lectures.molgen.mpg.de/algsysbio12/index.html

Datum Veranstaltung Thema Vortragender Materialien
Mo 14.5. Vorlesung Introduction A. Bockmayr Slides Article
Fr 18.5. Vorlesung/Übung Constraint-based modeling A. Bockmayr Slides Article
Mo 21.5.: 10.00-11.30 Vorlesung/Übung Constraint-based modeling A. Bockmayr Slides
Mo 21.5.: 12.30-14.00 Vorlesung/Übung Constraint-based modeling A. Bockmayr Article
Fr 25.5. Vorlesung/Übung Constraint-based modeling A. Bockmayr Exercises
Mo 28.5. Pfingstmontag      
Fr 1.6. Vorlesung/Übung Discrete modeling A. Bockmayr Slides
Article Book
Mo 4.6.: 10.00-11.30 Seminar Constraint-based modeling I S. Richter I. Bachmann
D. Mehnert
COBRA
Slides
Mo 4.6.: 12.30-14.00 Seminar Constraint-based modeling II R. Otto
J. Ibn-Salem
TIGER
Slides
Fr 8.6. Vorlesung/Übung Discrete modeling A. Bockmayr Slides
Mo 11.6.: 10.00-11.30 Vorlesung/Übung Discrete modeling A. Bockmayr Slides
Mo 11.6.: 12.30-14.00 Seminar Discrete modeling W. W. Rong
E. Schnapka
GinSim
Slides
Fr 15.6. Vorlesung/Übung Discrete modeling A. Bockmayr Slides
Exercises
Fr 15.6.
ab 11.45 Uhr
Info-
Veranstaltung
Reform des
Master-Studiengangs
   
Mo 18.6.: 10.00-11.30 Vorlesung/Übung Continuous modeling A. Bockmayr  
Mo 18.6.: 12.30-14.00 Seminar Piecewise-linear modeling M. Rauer S. Duwal
S. Giese
GNA
Slides
Fr 22.6. Vorlesung/Übung Continuous modeling A. Bockmayr Slides
XPP Software
Mo 25.6.: 10.00-11.30 Vorlesung/Übung Continuous modeling A. Bockmayr Slides
Exercises
Mo 25.6.: 12.30-14.00 Seminar Hybrid modeling S. Kolbe M. Osterland
T. von Falkenhausen
Biocham
Slides
Fr 29.6. Vorlesung/Übung Continuous modeling A. Bockmayr Slides
Mo 2.7.: 10.00-11.30 Seminar Continuous modeling I N.J. Wendel D. Schmoldt
M. Seeger
Copasi
Slides
Mo 2.7.: 12.30-14.00 Seminar Continuous modeling II S. Molnos K. El Amrani
M. Hussain
Bioparkin
Slides
Fr 6.7.: 10.15-11.45 Vorlesung/Übung Stochastic modeling A. Bockmayr Slides 1
Online-Lecture
Fr 6.7.: 12.00-13.30 Vorlesung/Übung Stochastic modeling A. Bockmayr Slides 2
Mo 9.7.: 10.00-11.30 Seminar Petri nets L. Kuhnke F. Kreuchwig
P. Pett
Slides
Snoopy
Mo 9.7.: 12.30-14.00 Seminar Stochastic Petri Nets K. Stenin M. Pawletta
M. Günther
Slides
Snoopy
Fr 13.7. Klausurvorbereitung   A. Bockmayr Exercises
Di 17.7. Klausur      

Literatur

Constraint-based modeling

Discrete modeling

Continuous modeling

Stochastic modeling
  • Gillespie D. Numerical simulation for biochemical kinetics. In: Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology, Chapter 16, 2006 (Bibliothek)
  • Gillespie D. A rigorous derivation of the chemical master equation Physica A 1992; 188: 404-425

In der FB-Bibliothek

  • Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology. MIT Press, 2006
  • Braun M. Differential Equations and Their Applications. 4th ed, Springer, 1993.
  • Strogatz SH. Nonlinear Dynamics and Chaos, Westview Press, 2001.
  • Wilkinson DJ. Stochastic Modelling for Systems Biology. Chapman & Hall/CRC, 2006

Kommentare

 
Topic revision: r39 - 06 Jun 2013, AlexanderBockmayr
 
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