Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2017
(19401511 (S) und 19401513 (P))

Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" - SeqAn - für BSc-Studenten.

Alle Zeiten sind s.t., also wie außerhalb der Uni zu verstehen. wink

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.
Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regelmäßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.

Anmeldung: siehe http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/studienablauf/projektmanagement.html

Ansprechpartner: hannes.hauswedell [ät] fu-berlin.de

C++ Ressourcen

Voraussetzungen

Man sollte Erfahrung oder zumindest sehr viel Begeisterung mitbringen für:

  • C++
  • Knifflige Programmierprobleme und Debugging
  • Performance-Optimierungen

TeilnehmerInnen

Nr. Name
1  
2  
3  
4  

Aufteilung auf die Teilprojekte

Teilprojekt StudentIn BetreuerIn
1. Assessment of off-target effects of non-coding RNAs   Jongkyu Kim
2. Read mapper: Einfacher, exakter read mapper   Christopher Pockrandt
3. Vectorized Needleman-Wunsch   Marcel Ehrhardt
4. TBA   Jörg Winkler  

Zeitplan

Datum Termin/Dauer Ort Inhalt
Mo 13.03.2017 – Fr 17.03.2017 10-18Uhr A6-SR 007/008 Tutorials
... ... ... Ausarbeitung der Projektpläne (selbstständig)
Mo 03.04.2017 9-12h T9/051 Vorstellung der Projektpläne
... ... ... Programmieren und Anfertigen des Berichts (selbständig mit regelmäßigen Treffen)
Fr 12.05. 10-12h + 14-18h T9/053 Vorstellung der Ergebnisse

Weitere Details folgen.

Vorlagen für Abschlussbericht und Präsentationen

Der Abschlussbericht soll detailliert auf 2-3 Seiten darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus? Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört eine kurze Einführung in die Thematik. Diese sollte sich jedoch auf das wesentliche beschränken, sodass Sie noch genug Zeit haben auf den Schwerpunkt Ihres Praktikums, also die Problemlösung und Implementierung, einzugehen. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Formular für regelmäßiges progress meeting

Links

  • Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
  • SeqAn GitHub: SeqAn's GitHub repository mit allen aktuellen Informationen, Entwicklung sowie Bug Tracker und vieles mehr.
  • SeqAn Dokumentation: Die Dokumentation von dem SeqAn master branch.
  • SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
  • SeqAn Issues: Bug Tracker in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.
Topic revision: r2 - 27 Jan 2017, HannesHauswedell
 
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