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Dieses Tutorial sollte euch an die OpenMS library heranführen damit ihr die Funktionalität und Konzepte kennenlernt. Am besten nutzt ihr folgende Quellen:

• OpenMS Tutorial
• TOPP und TOPPView Tutorial
• OpenMS Documentation

Übung 1

Im projects Verzeichnis befindet sich ein Unterordner projects mit einem Beispiel aus dem OpenMS Tutorial. Erweitert dieses Beispiel, so dass:

• eine kleine FASTA Datei mit Peptidsequenzen eingelesen wird (Klassen: FastaFile).
• für jede der Peptidsequenzen das theoretische Spektrum simuliert wird (B-Ionen mit Intensität 1, Y-Ionen mit Intensität 2) (Klassen: AASequence, TheoreticalSpectrumGenerator, Param)
• die simulierten Spektren in einer mzML Datei speichert. (Klassen: MzMLFile)

Übung 2

Spielt ein bischen mit der Klasse EmpiricalFormula:

• Erzeugt einige Moleküle und gebt das Molekül, seine Monoisotopische Masse und seine Isotopenverteilung auf der Kommandozeile aus.

Übung 3

Get the normal 20 amino acids from ResidueDB and output for each:

• full name
• 3 - letter code
• 1 - letter code
• monoisotopic weight
• average weight

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