Ich habe mir schon einmal ein paar Gedanken zu meinem Projekt gemacht und würde gerne einen Vergleich von bwa - Burrows-Wheeler Alignment Tool und dem Bowtie anstellen. Im Rahmen meiner Arbeitsstelle würde diese Arbeit auch sehr auf Interesse stoßen, da man sich bei einem Datensatz, der mir zur Verfügung gestellt wird, fragt wie Unterschiede zustande kommen. Die Fragen die hierbei im Vordergrund stehen sind:

Warum Unterschiede zwischen diesen beiden Methoden entstehen und wo diese liegen.

Speziell würde ich ich mich auf die Fragestellung
  1. Wie sich das gapped-Alignment von BWA im Vergleich zum ungapped-Alignment von Bowtie verhaelt (werden bei Bowtie falsch positive SNVs (single nucleotide variant) gecalled?)
  2. Warum BWA teilweise weniger mapped (Frage: unmapped = schlechte Quality?)
konzentrieren und in Zusammenhang mit meiner Projektarbeit klären.

Ich habe einmal den Projekt Vorschlag mit den Anregungen vom Freitag überarbeitet... und im pdf Vormat hier online gestellt.

REINERT: Das ist eine gute Projekt-Idee. Ich würde mit 2) beginnen. Manuel Holtgrewe arbeitete auch einem Read mapper Benchmark dessen Version man in diesem Zusammenhang schon verwenden kann.

Notes:
  • Acc für den Zugriff auf einen Arbeitsrechner
  • BWA und Bowtie gegen RaserS100 vergleichen
    • mappen der Daten auf das menschlich Genome
    • tool zur Visualisierung der Reads (David)
    • Auswertung:
      • was wird gefunden was wird nicht gefunden
      • was wird mit zu schlechten Scores gefunden
      • Unterschiede in:
        • Eingabe Daten (Eigenschaften)
        • Qualities (Reads, Alignments)

  • Wenn alles läuft kann noch ein Vergleich mit MAQ angestellt werden

(mit daten in dennen beide gleich gut sein sollen)
  • bowtie erster Datensatz (fertig)
  • bwa erster Datensatz (fertig)
  • rasers2 in progress

Hannes:
  • Razers2 run auf beiden Datensätzen
  • Auswertung des Memory verbrauchs und Zeitaufwand
Basti:
  • Qualitie analyse

Scripte ins svn stellen!!

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Topic revision: r9 - 16 Jul 2010, SebastianThieme
 
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