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AlDaBi (WiSe 2014)

Willkommen im Wiki der Vorlesung Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik (LV-Nr. siehe Orte und Zeiten)

Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum.

Nachrichten

  • Nachklausur: Donnerstag, 16.04.2015, 16-18h, Takustr. 9 / großer Hörsaal
  • Die Ergebnisse der Klausur sind online (s.u.)
  • Die Klausur findet im SR 005 statt (anstelle der Vorlesung)

Orte und Zeiten

Veranstaltung Tag Zeit Gebäude Raum Dozent LV-Nummer
Vorlesung Do 14-16 Takustr. 9 SR 005 Reinert 19400001
Übung I Di 8-10 Takustraße 9 SR 053 Thiel 19400002
Übung II Di 12-14 Takustraße 9 SR 006 Gallo 19400002
Praktikum I Di 12-14 Arnimallee 6 RR 017 Schulze 19400130
Praktikum II Di 14-16 Arnimallee 6 RR 017 Schulze 19400130
Praktikum III Do 8-10 Takustr. 9 SR 005 Rahn 19400130

Einteilungslisten für die Übungen Dienstags 8-10/12-14 Uhr: Liste8-10.pdf, Liste12-14.pdf

Informationen zur LV

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Inhalt

Block Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden 16.10.-23.10
Sequenz Alignment 30.10.-14.11.
Filtering und Alignment Heuristiken 21.11.-04.12
Review 1 (Übung) Di 02.12. 12-14
Multiples Alignment 11.12-18.12.
Formale Sprachen 08.01.-15.01.
Hidden Markov Modelle 22.01.-29.01
Review 2 (Vorlesung) 05.02.2014
Klausur 12.2.2014

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

  • Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
  • Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
  • Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
  • Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
  • Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
  • Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe:

Übung Abgabe

Praktikum

Alle Informationen finden sie unter (AlDaBiWS14Praktikum)

Ergebnisse

1. Review

Matrikelnummer Punkte

****012 70
****021 57
****038 63.5
****046 62.5
****060 69
****061 65.5
****129 66
****168 57.5
****173 70.5
****213 69
****220 41
****260 57.5
****267 49
****280 39
****288 53.5
****382 66
****385 49
****398 50
****423 64
****424 54
****433 71.5
****478 73.5
****532 70
****555 45
****559 58
****579 64
****684 47.5
****686 66
****737 48
****751 52
****770 83.5
****779 51.5
****811 69.5
****836 67
****844 67.5
****850 59.5
****853 52
****870 47.5
****881 68
****891 40
****895 41.5

2. Review

Matrikelnummer Punkte

****012 75.5
****213 72.5
****220 66.5
****260 56.5
****532 57
****555 54.5
****686 82.5
****737 61
****770 87
****850 81.5
****853 74
****881 63.5
****891 75.5

Klausur

Matrikelnummer Punkte Note
xxx9779 65,5 2,3
xxx8012 84 1,3
xxx3853 61 2,7
xxx1220 60,5 2,7
xxx196 33 5,0
xxx8737 53,5 3,3
xxx2168 62,5 2,7
xxx6812 59 3,0
xxx4038 71 2,0
xxx3280 53 3,3
xxx2478 77 1,7
xxx8424 69 2,3
xxx5385 30,5 5,0
xxx6756 66 2,3
xxx9060 40 4,0
xxx9267 30 5,0
xxx9850 76,5 1,7
xxx2836 61 2,7
xxx5532 62 2,7
xxx6382 60 3,0
xxx9213 62 2,7
xxx3423 56 3,0
xxx2021 76 1,7
xxx4895 24 5,0
xxx2260 66 2,3
xxx6559 55 3,3
xxx3686 77 1,7
xxx6870 50,5 3,3
xxx8288 59,5 3,0
xxx3398 56 3,0
xxx3433 49 3,7
xxx4579 86,5 1,0
xxx6770 84 1,3
xxx9555 41 4,0
xxx8061 57 3,0
xxx2891 53 3,3
xxx881 78 1,7
xxx9046 57 3,0
xxx2684 19 5,0
xxx4414 55 3,3
xxx8751 50,5 3,3
xxx9877 45 4,0
xxx4844 52,5 3,3

2. Klausur

xxx5385 54 3,0
xxx4761 18 5,0
xxx2684 35 5,0

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter (https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBiWS14) einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
Topic revision: r17 - 26 Sep 2016, KnutReinert
 
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