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Willkommen im Wiki der Vorlesung Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik (19700)

Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.

Nachrichten

  • Nachklausur: Mi, 02. April 2014, 14-16h, Takustr. 9 / SR 005
  • Die Klausurergebnisse sind online
  • Die Klausur findet zur Vorlesungzeit im Vorlesungraum SR 005 statt
  • ACHTUNG: Habe mir einen Magen-Darm-Virus zugezogen. Morgige Übungen (10.12.) entfallen! Thimo
  • 17.10.2013: Termin der ersten Vorlesung
  • Für das Praktikum bitte in 3er-Gruppen zusammenfinden und hier eintragen.

Klausurergebnisse

2. Klausur

Matrikelnr. Punkte Note
xxx9416 59 2,7
xxx6182 64 2,3
xxx9877 33 5,0
xxx2395 54 3,0
xxx2605 36 5,0
xxx9735 55 3,0
xxx7511 54 3,0
xxx7690 49 3,7
xxx196 30 5,0

Es gab 2x eine Aufgabe 5. Zu ihrem Vorteil wurden die Punkte addiert und nur die Gesamtpunktzahl 95 angenommen. Insofern war es eine Bonusaufgabe.

Matrikelnr. Punkte Note
xxx8230 70 2,7
xxx3227 84 1,7
xxx4181 49 4,0
xxx5480 45 4,0
xxx9416 42 5,0
xxx5815 58 3,3
xxx0827 67 2,7
xxx8672 90,5 1,3
xxx7177 79 2,0
xxx1897 73 2,3
xxx1362 60 3,3
xxx9539 94 1,0
xxx4330 55 3,7
xxx1350 61 3,0
xxx4761 29 5,0
xxx6756 0 5,0
xxx9877 41 5,0
xxx4414 0 5,0
xxx1484 55 3,7
xxx2395 32 5,0
xxx9527 54 3,7
xxx1189 62 3,0
xxx4374 63 3,0
xxx0902 43 5,0
xxx7927 60 3,3
xxx7116 76 2,0
xxx5993 34 5,0
xxx2605 15 5,0
xxx9296 61 3,0
xxx9735 43 5,0
xxx4587 51 3,7
xxx2779 49 4,0
xxx7511 28 5,0
xxx2897 60,5 3,0
xxx7690 0 5,0
xxx8998 53,5 3,7
xxx0768 50 4,0

Orte und Zeiten

Veranstaltung Tag Zeit Gebäude Raum Dozent
Vorlesung Do 14-16 Takustr. 9 SR 005 Reinert
Übung I Di 8-10 Takustraße 9 SR 053 Thimo Wellner
Übung II Di 12-14 Takustraße 9 SR 006 Thimo Wellner
Praktikum I Di 12-14 Arnimallee 6 SR 017 Sascha Meiers
Praktikum II Di 14-16 Arnimallee 6 SR 017 Sascha Meiers
Praktikum III Do 8-10 Takustr. 9 SR 005 Sascha Meiers

Informationen zur LV

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Inhalte

Block Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden 17.10.-24.10
Sequenz Alignment 30.10.-14.11.
Filtering und Alignment Heuristiken 21.11.-05.12
Review 1 (Übung) Di 03.12. 12-14
Multiples Alignment 12.12-14.12.
Formale Sprachen 09.01.-16.01.
Hidden Markov Modelle 23.01.-30.01
Review 2 (Vorlesung) 06.02.2014
Klausur 13.2.2014

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

  • Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
  • Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
  • Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:
  • Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
  • Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
  • Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.
Abgabe: ACHTUNG: Es gibt nun ein Tutorenfach im Informatik-Institut, 1. Stock, Wellner

Übung Abgabe
Übung 0 freiwillig
Übung 1 25.10.
Übung 2 Ausnahme: 4.11. 12 Uhr
Übung 3 Wieder: 11.11. 12 Uhr
Übung 4 Wieder: 18.11. 15 Uhr, bitte ins FACH! BITTE DIE ÄNDERUNGEN BEACHTEN!
Übung 5 Diesmal: Fr. 22.11. 14 Uhr, IN MEIN FACH
Übung 6 Mo. 2.12. 15 Uhr
Übung 7 Fr. 20.12. 12 Uhr, der Übungszettel ist sehr klein.
Übung 8 Fr. 17.01. 14 Uhr
Übung 9 Mo. 20.01. 15 Uhr
Übung 10 Mo. 27.01. 15 Uhr

Praktikum

Alle Informationen finden sie unter AlDaBiWS13Praktikum

Ergebnisse

Reviews

Matrikelnummer Punkte

Klausur

Matrikelnummer Punkte Note

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS13/ einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4
Topic revision: r32 - 12 May 2014, KnutReinert
 
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