Willkommen zum Wiki des Praxisseminars: Rechnergestützte Systembiologie SS 2014
Aktuelles
Hier sind endlich die
Noten.
1. Termin am Mittwoch 16.04.2014, 14:15, in A 6, SR 017
SWS: 4, ECTS: 5
Dozente/in:
Heike Siebert
Tutorinnen:
Firdevs Topcu-Alici,
Kirsten Thobe
Sprache: Deutsch
Termine
| Praxisseminar |
Mi 14-18h |
Arnimallee 6 SR 017 (Bioinformatik-Pool) |
Inhalt
Im Praxisseminar geht es um die Modellierung molekularer Netzwerke mittels diskreter/logischer Methoden.
Im Laufe das Semesters werden theoretische Grundlagen erarbeitet, Tools vorgestellt und in Gruppen eigenständig Modelle
ausgesuchter Systeme auf Basis von Fachartikeln konstruiert und analysiert.
Zeitplan
| Datum |
Thema |
Zum Termin vorzubereiten/Slides |
| 16.04. |
Vorbesprechung |
|
| 23.04. |
Systembiologie und Modellierungsformalismen |
Karlebach Artikel |
| 30.04. |
Strukturanalyse (Cytoscape) |
|
| 07.05. |
Logische Modellierung I (GINsim) |
|
| 14.05. |
Logische Modellierung II (GINsim) |
|
| 21.05. |
Einstieg Modellierungsprojekt |
Stichpunkte zum gewählten GINsim Artikel: Modellkonstruktion, Validierung, Analyse, Fragestellungen, Resultate |
| 28.05. |
BoolNet und Modellierungsprojekt |
R version 3.1.0, RStudio Version 0.98.501 → nicht zwangsläufig notwendig, geht auch über R-console bitbucket, slides |
| 04.06. |
BooleanNet und Modellierungsprojekt |
slides |
| 11.06. |
Zwischenpräsentation Modellierungsprojekt |
Bericht zum bisherigen Vorgehen |
| 18.06. |
Petri Nets (Snoopy) und Modellierungsprojekt |
slides, slides2 |
| 25.06. |
Cell Net Optimizer und Modellierungsprojekt |
tutorial, slides |
| 02.07. |
Cell Collective und Modellierungsprojekt |
slides, slides2 |
| 09.07. |
Abschlussvorträge |
| 16.07. |
Abschlussvorträge |
Zeitplan für den 09.07.2013
| Zeit |
Gruppe |
| 14:15-15:00 |
Geschmacksübertragung |
| 15:00-15:45 |
Circadiane Rhythmen |
| 15:45-16:30 |
mTor Signalweg |
| 16:45-17:30 |
Geruchsübertragung |
| 17:30-18:15 |
Asthma |
Arbeitsaufträge und vorzubereitende Beiträge
- Artikel und Modell aus dem GINsim model repository: Artikel durcharbeiten und Modellanalyse in GINsim soweit möglich reproduzieren; Stichpunkte sammeln zu Fragestellungen, Modellkonstruktion, Validation, Analyse und Schlussfolgerungen im Artikel
- Software Vorstellung: 90 Minuten Unterrichtseinheit zum Umgang mit der Software vorbereiten, Besonderheiten/Eignung der Software für bestimmte Fragestellungen und Kritikpunkte heraus stellen, Modell und Analyse aus den zugehörigen Anwendungsartikeln zur Illustration vorstellen
- Zwischenpräsentation: Formloser Kurzvortrag zum bisherigen Vorgehen (15-20 min), insbes. Vorstellen des biologischen System, Fragestellung, erstes Modell und ggf Analyse, Ausblick, Probleme (gelöst und ungelöst)
- Abschlussvortrag (30 min + 15 min Diskussion, präsentiert von allen Gruppenmitgliedern): ausgewählte Inhalte, die strukturierte systembiologische Netzwerkanalyse dokumentieren; (Folien)appendix mit vollständigen Daten zu Konstruktion und Analyse
Material
Seminarthemen
Die Materialien sind als Grundlage gedacht. Es kann gerne ein bisschen in Eigenregie recherchiert werden.
CNA
Webseite
Anwendung: Saez-Rodriguez et al., 2007,
T Cell Signaling
Cell Collective
Website with tutorials and models (account required to access models)
Papers:
The Cell Collective,
Bio-Logic Builder,
application
Petri Nets
Papers:
background,
application
Software
Snoopy
BoolNet
Website
Papers:
background and
application
BooleanNet
Website
Background,
application
Cell Net Optimizer
Website
Anwendung
Odefy
Website with download and documentation
Background and application
paper