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News

Oral exams: Friday, 17 July 2015, 8 a.m. - 2 p.m., R 142, A6

General Information

SWS/credit hrs: 2+2+2 , credits: 10 ECTS

Lecturers: Alexander Bockmayr, Martin Vingron, Mohammad Sadeh
Tutors: Therese Lorenz, Mahsa Ghanbari

Language: Englisch

Ziel: Das Ziel der Veranstaltung ist das Kennenlernen grundlegender mathematischer und algorithmischer Konzepte im Bereich der Modellierung, Simulation und Analyse molekularer Netzwerke im Rahmen der algorithmischen Systembiologie. Die Studierenden lernen eine biologische oder medizinische Fragestellung zu analysieren, zu gegebenen Daten einen passenden Modellierungsansatz auszuwählen und umzusetzen, sowie die Ergebnisse zu beurteilen und zu kommunizieren.

Inhalte: Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:
- Modellierung biochemischer Netzwerke mit gewöhnlichen Differentialgleichungen
- Diskrete Modellierung regulatorischer Netzwerke
- Constraintbasierte Modellierung metabolischer Netzwerke
- Stochastische und hybride Modellierung

Dates

  Time Location
Lecture Friday 10 - 12 Arnimallee 6 SR 025/026
Exercise Friday 12 - 14 Arnimallee 6 SR 025/026
Seminar Monday 10 - 12 Arnimallee 6 SR 025/026

Lecture Schedule (FU Part)

Date Lecturer Topic Lecture Material Aditional Material
13.04.2015 Bockmayr Introduction to systems biology Slides Article
17.04.2015 Bockmayr
Bockmayr
Continuous modeling: reaction networks,
phase plane analysis
Slides
XPP Software
Sontag, Chap.2.6
20.04.2015 Lorenz Exercises COPASI Software Netzwerkanalyse_Ex1.pdf
24.04.2015 Bockmayr
Bockmayr
Continuous modeling: stability analysis Slides Ingalls, Chap.4.1,4.2
27.04.2015 Lorenz Exercises
04.05.2015 Bockmayr Continuous modeling: bifurcation analysis Slides Sontag, Chap.2.9
08.05.2015 Bockmayr
Bockmayr
Discrete modeling: Thomas formalism Slides Review article
11.05.2015 Lorenz Exercises
15.05.2015 Bockmayr
Bockmayr
Discrete modeling: Model checking Slides
18.05.2015 Lorenz Exercises
22.05.2015 Bockmayr
Lorenz
Constraint-based modeling
Exercises
Slides Article
29.05.2015 Bockmayr
Lorenz
Constraint-based modeling
Exercises
Slides Article
01.06.2015 A. Arguello
J. Schulze
Constraint-based modeling
Seminar: Cyanobacterial biofuels
  Article1 Article2
CellNetAnalyzer Software
05.06.2015 Bockmayr
Bockmayr
Stochastic modeling Slides1
Slides2
Article
Online Lecture
08.06.2015 F. Heyl
I. Ziska
Discrete modeling
Seminar: T-helper cell plasticity
Article
GINsim Software
12.06.2015 T. Krannich
M. Rams
R. Alberdi Vallejo
S. Jacob
Continuous modeling
Seminar
Stochastic modeling
Seminar
Article1 Article2
Cell Cycle Page
Article1 Article2
StochPy Software
15.06.2015 -
10.07.2015
MPI
13.07.2015 Questions/Answers
17.07.2015 Oral exams

Materials

Systems biology

Continuous modeling

Discrete modeling

Constraint-based modeling

Stochastic modeling

Tutorial

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Exercises:

Für die aktive Teilnahme gilt: Anwesenheit in den Übungen und die regelmäßige Abgabe der Hausaufgaben (50% der Gesamtpunkte)

Exercise sheet 1 (due 24.04.): Netzwerkanalyse_Ex1.pdf

Exercise sheet 2 (due 01.05.): Netzwerkanalyse_Ex2.pdf
Xpp-File for the first Example: Ex2_Example1.ode

Exercise sheet 3 (due 15.05.): Netzwerkanalyse_Ex3.pdf

Exercise sheet 4 (due 22.05.): Netzwerkanalyse_Ex4.pdf

Exercise sheet 5 (due 29.05.): Netzwerkanalyse_Ex5.pdf

AdditionalMaterialNetzwerk15

To get access to the additional material (including slides), please send an e-mail including your zedat-accountname to Therese Lorenz: therese.lorenz@fu-berlin.de
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