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Workflows for Next Generation Sequencing in KNIME

DozentIn(en): Sandro Andreotti

Maximale Teilnehmerzahl: 8

Zeitraum/Vorbesprechungstermin:

Ort:

Kurze inhaltliche Beschreibung:

In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von Next Generation Sequencing (NGS) Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden komplexe professionelle Datenanalysepipelines für aktuelle Forschungsprojekte in unserer Gruppe entwickeln. Dabei werden sie verschiedene Workflowsysteme (z.B. KNIME, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Neben der Workflow-Programmierung erlangen die Teilnehmer ein umfangreiches Wissen über existierende Bioinformatik-Software im Bereich NGS.

Quantitative Aufteilung: (in %)

Praktische Programmierarbeit: 50%
Soft Skills: 50%

Verwendete Programmiersprache(n):

R, Python oder andere Skriptsprache

Schwierigkeitsgrad (Acht Sterne verteilt auf drei Bereiche):

A Programmieren ****
B Biologie/Chemie *
C Projektmanagement ***

Erforderliche Vorkenntnisse: R

Kontaktadresse, Webseite/Link:

https://www.bsc.fu-berlin.de/TeachingAndWorkshops/SoSe20/Software_Praktikum_Workflows/index.html

Präsentation: https://www.bsc.fu-berlin.de/TeachingAndWorkshops/SoSe20/Software_Praktikum_Workflows/Vorstellung_Workflows.pdf

Sandro Andreotti

eVV WiSe 20/21