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Analyse von Genexpressionsprofilen

Titel: Entwicklung einer Webapplikation zur Analyse von Genexpressionsprofilen

Dozenten: Marc Bonin, Pascal Schendel, PD Dr. med. Thomas Häupl

Maximale Teilnehmerzahl: 8

Zeitraum/Vorbesprechungstermin: 1. Märzwoche

Ort: Charité - Universitätsmedizin Berlin, AG Häupl / AG Bioinformatik, Virchowweg 11, 10117 Berlin

Kurze inhaltliche Beschreibung:

  • Einarbeitung in die theoretischen Grundlagen über DNA-Microarrays (Herstellung, Hybridisierung & Auswertung)
  • Einführung in das Software-Paket "R" zur Analyse von Microarraydaten (Affymetrix & Illumina)
  • Entwicklung / Optimierung eines "R"-Skripts zur automatischen Qualitätsanalyse von Microarraydaten (Chipinformationen, Scanbild, Histogramme, Intensitäten, Qualitätskontrolle, Normalisierung, ...)
  • Entwicklung einer Webapplikation zur Qualitätsanalyse von Microarraydaten (PHP, JavaScript)
  • Github, SVN (Eclipse) 

Quantitative Aufteilung:

Praktische Programmierarbeit:  60 %
Soft Skills: 40 %

Verwendete Programmiersprache(n): PHP, JavaScript, R

Schwierigkeitsgrad (Acht Sterne verteilt auf drei Bereiche):

Programmieren ****
Biologie/Chemie **
Projektmanagement **

Unbedingt erforderliche Vorkenntnisse: Kenntnisse in PHP, Java & R

Kontaktadresse, Webseite:

marc.bonin@charite.de

http://www.charite-bioinformatik.de

Präsentation: http://www.charite-bioinformatik.de/files/ppt/softwarepraktikum_2020.pdf

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