IT-Services::Evop

Informations- und Anleitungswebseite für die IT-Ausstattung (Hardware + Software) des EVOP 2019-Workshops work in progress

IT-Services::Evop - Loginserver

Der zur Verfügung gestellte Server ist erreichbar unter dem Namen evop2019login und läuft unter Linux (Debian "Stretch"). Sein lokaler Storagebereich für Daten hat eine Größe von 16 TB (davon sind zur Zeit noch 2,3 TB frei).

IT-Services::Evop - Fileserver - Sicherung

Folgende Sicherungssysteme sind aktiv:

• RAID - Schutz vor physikalischem Festplattenausfall
• Backup - nächtliches Kopieren des Inhaltes der Verzeichnisse unterhalb von /srv/ auf einen dezidierten Backup-Server

IT-Services::Evop - Desktop-PCs

• Neben dem Login-Server stehen im Workshop-Raum 30 Desktop-PCs jeweils mit folgender Ausstattung zur Verfügung:
  • Betriebssystem: Linux (Debian "Buster")
  • CPU: Intel i5 (8. Generation)
  • 16 GB RAM
  • Grafikkarte: NVidia GForce 730
  • lokaler Massenspeicher: 250 GB NVMe SSD
  • 27" TFT-Monitor
• Die Desktop-PCs heißen evop01.imp.fu-berlin.de , evop02.imp... , …, evop30.imp.fu-berlin.de

IT-Services::Evop - Desktop-PCs - Sicherung

Von den Desktop-PCs erfolgt keine Datensicherung.

IT-Services::Evop - WLAN-Zugang

Es stehen für mitgebrachte Geräte zwei Möglichkeiten zur Verfügung, wie diese per WLAN Internetzugang bekommen können: Für Workshop-Teilnehmende, deren Heimateinrichtung am eduroam -Verbund teilnimmt oder die für die Veranstaltung mit einem FU-Account ausgestattet wurden, kann das eduroam -Funknetz benutzt werden. Darüberhinaus steht den Workshop-Teilnehmern ein temporäres WLAN conference für die Zeit des Workshops zur Verfügung.

Alternative 1: WLAN-Zugang via eduroam

• Anleitung zur eduroam -Nutzung mit FU-Account
• Anleitung zur eduroam -Nutzung durch Gäste der Freien Universität

Alternative 2: WLAN-Zugang via conference -Netz

Einbuchen in das WLAN-Netz mit dem Namen (SSID) conference . Es muss dann ein Zugangs-Schlüssel eingegeben werden, der für 14 Tage gültig ist (und daher im Verlauf des Workshops einmal gewechselt werden muss!).

• 1. WLAN-Key gültig 04.03.-17.03.2019: …. (bitte beim Veranstalter erfragen)
• 1. WLAN-Key gültig 18.03.-29.03.2019: … (bitte beim Veranstalter erfragen)

Weitere Hinweise zur Benutzung des conference -WLANs finden Sie hier:

• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANKonferenz
• https://www.zedat.fu-berlin.de/WLANConference (englische Version)

IT-Services::Evop - Software-Ausstattung

Der Login-Server und die Desktop-PCs laufen unter Debian Linux. Auf ihnen steht folgende Software-Ausstattung zur Verfügung:

Software-Pakete

Software	Version	Source
Stacks 2	2.3e	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
vsearch	2.12.0	https://github.com/torognes/vsearch
pear	0.9.11	https://www.h-its.org/downloads/pear-academic/ http://www.exelixis-lab.org/web/software/pear
MultiQC	1.8.dev0	https://multiqc.info/
PICARD	2.8.2	https://broadinstitute.github.io/picard/
MRBAYES		http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html
trimmomatic		http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
STAR		https://github.com/alexdobin/STAR
Qgis		https://qgis.org/en/site/forusers/download.html
Canu (Assembler)	v1.8	https://github.com/marbl/canu
GATK	3.6	https://software.broadinstitute.org/gatk/download/auth?package=GATK-archive&version=3.6-0-g89b7209
VEP		https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html
BMGE		ftp://ftp.pasteur.fr/pub/gensoft/projects/BMGE/
PREQUAL		https://github.com/simonwhelan/prequal
PHYLOBAYES MPI		https://github.com/bayesiancook/pbmpi (http://megasun.bch.umontreal.ca/People/lartillot/www/downloadmpi.html)
Structure	v2.3.4	https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/html/structure.html
fastStructure		https://github.com/rajanil/fastStructure
FastME	2.1.5	https://gite.lirmm.fr/atgc/FastME/
TreeMix		https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/wiki/Home
PGDSpider		http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/
Genepop		https://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm
Distruct		https://rosenberglab.stanford.edu/distruct.html
ASTRAL		https://github.com/smirarab/ASTRAL
augustus		http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
genscan		http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
maker		http://yandell.topaz.genetics.utah.edu/maker_downloads/F625/EB04/C67D/326EDA5692CF4F71A69A161EBB81/maker-2.31.9.tgz
blast		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
exonerate		https://www.ebi.ac.uk/about/vertebrate-genomics/software/exonerate
Repeat Masker		http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
igvtools + IGV Genome browser		https://software.broadinstitute.org/software/igv/
anaconda		https://www.anaconda.com/download/#linux
anaconda Python 3		Teil der anaconda-Installation
BioPython installed with conda		installiertes anaconda
pyVCF		https://github.com/jamescasbon/PyVCF
B dadi		https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi
cowsay		cowsay
SRA toolkit		https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
fastq-pair		https://github.com/linsalrob/fastq-pair
fastQC		http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
cutadapt		https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
fastx-Toolkit		http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
bowtie2		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
segemehl		http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/
bwa		http://bio-bwa.sourceforge.net/
subread package		http://subread.sourceforge.net/
bamaddrg		https://github.com/ekg/bamaddrg
freebayes		https://github.com/ekg/freebayes
vcflib		https://github.com/vcflib/vcflib
Cufflinks		https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks
IQTREE		http://www.iqtree.org/#download
RAxML		https://github.com/stamatak/standard-RAxML
Mafft		https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/linux.html
Orthofinder		http://www.stevekellylab.com/software/orthofinder
BLAST+		https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
Docker CE		via SALT: classes:docker.ce
pyspark-notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/pyspark-notebook/
Jupyter notebook		https://hub.docker.com/r/jupyter/
Canu (Assembler)		https://github.com/marbl/canu
bowtie		http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/
mummer4		https://github.com/mummer4/mummer
samtools	1.7	http://www.htslib.org/, Sourcen: https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.7/samtools-1.7.tar.bz2
bcftools	1.6	https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.6/bcftools-1.6.tar.bz2
vcftools		https://vcftools.github.io/man_latest.html
R
Stacks	v1.48	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/ http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-1.48.tar.gz
plink	1.9	https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
Bayescan	2.1	http://cmpg.unibe.ch/software/BayeScan/download.html
Rstudio		https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
bokeh		https://bokeh.pydata.org/en/0.10.0/docs/user_guide/notebook.html
abctoolbox		http://cmpg.unibe.ch/software/ABCtoolbox/
rnacount		https://github.com/qbicsoftware/rnacount
duk		http://duk.sourceforge.net/
arlecore		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
arlsumstats		http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html
beast2	2.4.8	http://www.beast2.org/
jmodeltest2		https://github.com/ddarriba/jmodeltest2
qiime2		https://qiime2.org/
get_homologues		https://github.com/eead-csic-compbio/get_homologues
metaphlan2		http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan2
fastsimcoal26		http://cmpg.unibe.ch/software/fastsimcoal2/
transeq		http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/transeq.html
megahit		https://github.com/voutcn/megahit
ray meta		https://github.com/sebhtml/ray
seqret		https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/

R packages

• acepack
• ade4
• adegenet
• agricolae
• ape
• assertthat
• base64enc
• Biostrings
• bitops
• boot
• catools
• chron
• class
• cluster
• coda
• codetools
• CoDiNA
• colorspace
• crayon
• data.table
• dbi
• deldir
• dichromat
• digest
• doparallel
• dplyr
• evaluate
• foreach
• foreign
• formula
• futile.logger
• futile.options
• gdata
• genepop
• getopt
• ggplot2
• gmodels
• gplots
• gridbase
• gridextra
• gtable
• gtools
• highr
• hmisc
• htmltable
• htmltools
• httpuv
• httr
• igraph
• irlba
• iterators
• jsonlite
• kernsmooth
• knitr
• labeling
• lambda.r
• lattice
• latticeextra
• lazyeval
• learnbayes
• littler
• magrittr
• markdown
• MASS
• matrix
• memoise
• mgcv
• mime
• munsell
• nlme
• nmf
• nnet
• ouch
• permute
• phytools
• pkgkitten
• pkgmaker
• plyr
• PopGenome
• r6
• rcolorbrewer
• rcpp
• rcurl
• registry
• reshape2
• rlist
• rngtools
• rpart
• rsqlite
• rstudioapi
• scales
• segmented
• seqinr
• shiny
• sm
• snow
• sourcetools
• sp
• spatial
• spdep
• stringi
• stringr
• survival
• tibble
• tidyverse
• vegan
• vioplot
• viridis
• wTO
• xml
• xml2
• xtable
• yaml

(all from https://cran.r-project.org/web/packages/)

Bioconductor packages

• annotate
• annotationdbi
• biobase
• biocgenerics
• biocparallel
• biomart
• biomaRt
• biostrings
• DESeq2
• EdgeR
• genefilter
• geneplotter
• genomeinfodb
• genomicranges
• iranges
• limma
• org.Hs.eg.db
• preprocessCore
• s4vectors
• summarizedexperiment
• topGO
• xvector

(all from https://bioconductor.org/packages/)