BMP Rezeptor brainstorming

09 Aug 2023 - 17:03 | Version 4 | UnknownUser

Die Frage "was ist der Nutzen von 2 Rezeptortypen vs. 1 Rezeptortyp" ist biologisch interessant und kann durch eine Kombination von Simulation und Experiment betrachtet werden.
Weitergehende Frage: Es gibt verschiedene Outputs je nach Regulation von Rezeptortyp 1 oder 2. Um sowas zu simulieren werden noch weitere Infos gebraucht.
Unser Plan: Wir bauen erstmal sinnvolle Assoziations/Dissoziationsdaten in unser Modell ein, simulieren es in 3D, und schreiben die Ergebnisse auf.
Wie gehts bei Euch weiter?

Experiment:

Könnt Ihr uns Daten schicken, in dem z.B. der Signaloutput abhängig von Konzentration des Liganden, und/oder den Rezeptorkonzentrationen gemessen wurde?
Könnt Ihr uns die Assoziations/Dissoziationsraten aus dem Microarray-Experiment schicken?
Das ideale Experiment zur Bestätigung der Simulation würde für gegebene Konzentration von Rezeptor 1, Rezeptor 2 und Ligand, die lokale Konzentration des Liganden abhängig von der Entfernung von der Membran messen.
Weniger ideal, aber immer noch gut: Konzentration des Liganden in der Nähe der Membran (z.B. mit Ulrike's Einzelmolekültracking).
Kann man intrinische Fluoreszenz des Liganden nutzen, um ihn zu detektieren (z.B. Tryptophan)?
Kann man, wenn man nur mit Rezeptor 1 oder Rezeptor 2 arbeitet, einen extrinsischen Marker an den Liganden anbringen, der die Bindung nicht stört?

3d-Simulation von Rezeptor-Membran-Ligand System machen und die Verteilung vom Ligand im Raum berechnen, abhängig von den Konzentrationen der Players * How to calculate the distribution in practice? 3D Histogram? (MH)
Visualisierung
- 3D visualization and movement has been implemented, particles are represented by differently colored spheres. Do we need more for the receptor project? (MH)
was fehlt noch?
- Atm, we use just a scalar diffusion constant for each particle type. Hence, using this scheme without any restraining potential we cannot restrict the receptors to stay in plane. Either we think about how to implement a potential soon, or, as a workaround, introduce diffusion constants for each spatial dimension, e.g., setting D_z = 0 for receptors. (MH)